Algo que siempre me pasaba con Conky era que al darle click al icono de mostrar el escritorio, conky se minimizaba, no era/es molesto, tal es así que nunca me había preocupado por encontrar la solución, leyendo los foros de Ubuntu-ar, encontré a alguien al que si le importaba esto, (aunque la consulta original se referia a Screenlets, pero la solución sirve igualmente para conky) y un usuario que le daba la solución.

Lo que debemos hacer es ir a Sistema > Preferencias > configuracion avanzada de efectos de escritorio.

Buscamos el plugin Windows Rules

Dentro de la configuracion de window rules pone en el campo “saltar barra de tareas“, esto “class=conky“

y activamos la casilla “habilitar window rules“, entramos en general options y deshabilitamos la casilla que dice “hide skip taskbar windows“

Con esto ya tenemos nuestro conky fijo en el escritorioy de ahí no se moverá

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