Buscando como hacer para pegar subtítulos a un archivo de video encontré esta interesante lista de comandos en los foros de Ubuntu-Ar, créditos para el usuario Mauro22 de dicho foro.

WMV -> AVI
mencoder infile.wmv -ofps 23.976 -ovc lavc -oac copy -o outfile.avi

FLV -> AVI
ffmpeg -i archivo.flv nombreArchivoSalida.avi

FLV -> MPEG
ffmpeg -i video_descargado.flv nuevonombre_video.mpeg

FLV -> MP3
ffmpeg -i videofile.flv -f mp3 audiofile.mp3

MP3 -> OGG
mp32ogg music.mp3 music.ogg

WMA -> MP3
ffmpeg -i ficheroEntrada.wma -f mp3 -ab 192 ficheroSalida.mp3

MP3 -> AMR
ffmpeg -i music.mp3 -acodec amr_nb -ar 8000 -ac 1 -ab 32 music.amr

WAV -> AMR
ffmpeg -i music.wav -acodec amr_nb -ar 8000 -ac 1 -ab 32 music.amr

MPG -> MP3
ffmpeg -i video.mpg -f mp3 audio_track.mp3

AVI -> FLV
ffmpeg -i movie.avi -acodec mp3 -ar 11025 movie.flv

MPG -> FLV
ffmpeg -i pelicula.mpg -vcodec flv -y pelicula.flv

3GP -> AVI
ffmpeg -i movie.3gp -vcodec mpeg4 -acodec mp3 movie.avi

AVI -> VCD
Añadiendo la opción -hq usa alta calidad.
ffmpeg -i myfile.avi -target pal-vcd myfile_vcd.mpg

MPEG -> 3GP
ffmpeg -i archivo.mpeg -s qcif -r 12 -ac 1 -ar 8000 -b 30 -ab 12 salida.3gp

O también con más calidad:

ffmpeg -i archivo.mpeg -s qcif -r 15 -ac 1 -ar 8000 -b 256000 -ab 15 salida.3gp

MPEG -> XviD
ffmpeg -i pelicula.mpg -acodec mp3 -vcodec xvid -b 687 pelicula.avi

PEGAR SUBTITULOS A AVI
mencoder -ovc lavc -oac mp3lame pelicula.avi -o pelicula_con_subtitulos.avi -sub subtitulos.srt

ROTAR VIDEO
rotar 90 grados e invertir (0)
rotar 90 grados (1)
rotar 90 grados en sentido antihorario (2)
rotar 90 grados en sentido antihorario e invertir (3)
mencoder -vf rotate=1 -oac copy -ovc lavc entrada.avi -o salida.avi

RMVB -> AVI
mencoder -oac mp3lame -lameopts cbr=128 -ovc xvid -xvidencopts bitrate=1200 video_entrada.rmvb -o video_salida.avi