في المقالة التالية سوف نلقي نظرة على iRASPA. هذا هو محرر ومشاهد جزيئي مجاني لنظام التشغيل Gnu / Linux و MacOS و Windows الذي تم إصداره بموجب ترخيص MIT. يدعم المعادن ، أكاسيد المعادن ، السيراميك ، المواد الحيوية ، الزيوليت ، الطين ، الهياكل المعدنية العضوية ، وأكثر من ذلك. يحتوي على أكثر من 8000 بنية من قاعدة بيانات CoRE Metal-Organic Frameworks. إذا كنت تعمل في الكيمياء أو في مجالات أخرى تتعامل مع الجزيئات ، فقد يكون هذا البرنامج مفيدًا لك. في السطور التالية ، سنرى كيف يمكننا تثبيت عارض iRASPA الجزيئي في Ubuntu من خلال Snap.
إنها حزمة تصور ، مع إمكانيات التحرير ، تهدف إلى علم المواد. بالإضافة إلى ذلك ، من خلال هذا البرنامج ، سنتمكن من التعامل مع الهياكل الكبيرة (مئات الآلاف من الذرات) ، بما في ذلك الانسداد البيئي ، بمعدلات إطارات عالية. هذا البرنامج الاستفادة من أحدث تقنيات العرض بأداء جيد.
مع iRASPA يمكننا إنشاء وتحرير الهياكل والصور والأفلام. كما أنه يأتي مع الإغلاق المحيط وعرض النطاق الديناميكي العالي وأسطح الامتزاز والتعليقات التوضيحية النصية والنسخ المتماثلة للخلايا والخلايا الفائقة. يدعم عمليات الأسطوانات والمجالات والمنشورات متعددة الأضلاع وعمليات التناظر. تنسيقات الإدخال المدعومة هي ؛ CIF و mmCIF و PDB و XYZ و VASP POSCAR / CONTCAR / XDATCAR. تنسيقات الإخراج المدعومة هي ؛ CIF- ، 8/16 بت ، RGB / CMYK ، TIFF بدون فقدان للصور و mp4 (h264) لمقاطع الفيديو.
كان هذا البرنامج أنشأه ديفيد دوبيلدام (جامعة أمستردام ، هولندا) ، صوفيا كاليرو (جامعة بابلو دي أولافيد ، إشبيلية ، إسبانيا) و Thijs Vlugt (جامعة دلفت للتكنولوجيا ، هولندا). لقد اعتمدوا أيضًا على مساهمات Randall Q. Snurr (جامعة نورث وسترن ، إيفانستون ، الولايات المتحدة الأمريكية.) و Chung G. Yongchul (كلية الهندسة الكيميائية والجزيئية الحيوية ، بوسان ، كوريا الجنوبية). التطبيق مكتوب بلغة Swift 4.
الخصائص العامة لـ IRASPA
بعض الميزات الرئيسية لـ iRASPA هي:
- من خلال iCloud ، تتمتع iRASPA بإمكانية الوصول إلى قاعدة بيانات CoRE Metal-Organic Frameworks التي تحتوي على 4764 بنية و 2932 بنية معززة بشحنات ذرية.
- يمكن تصفية جميع الهياكل (في الوقت الفعلي) باستخدام معلمات يحددها المستخدم.
- La النافذة الرئيسية هي الواجهة الرئيسية لعرض جميع أجزاء المشاريع وتحريرها وإدارتها. يستخدم واجهة التفاصيل الرئيسية ، حيث يتم إجراء التغييرات على وحدة التحكم في العرض الرئيسي (العرض الرئيسي للمشروع) تغيير في وجهات النظر الأخرى.
- إنشاء وتحرير الهياكل.
- يمكننا أن نخلق صور عالية الجودة.
- الانسداد البيئي و عرض النطاق الديناميكي العالي.
- سنكون قادرين على خلق كلية الهياكل.
- البرنامج سيسمح لنا شرح نصي.
- النسخ المتماثلة للخلايا والخلايا الفائقة.
- عمليات التناظر كمجموعة فضائية و الكشف عن الخلايا البدائية.
- حساب GPU لكسر الفراغ ومساحات السطح في بضع ثوان.
هذه ليست سوى بعض ميزات iRASPA. يستطيعون استشر كل منهم بالتفصيل في ويكي الويب الخاص بالمشروع.
قم بتثبيت iRASPA على Ubuntu
لتثبيت العارض الجزيئي iRASPA من خلال Snap على نظام Ubuntu الخاص بنا ، يجب أن يكون لدينا دعم لهذه التقنية مثبتة. إذا لم يكن لديك هذه التقنية في نظامك ، يمكنك ذلك اتبع البرنامج التعليمي المقدم في snapcraft لمتابعة التثبيت.
بمجرد أن نتمكن من تثبيت تطبيقات snap على النظام ، يمكننا ذلك قم بتثبيت iRASPA Molecular Visualizer / Editor عبر مدير الحزم المفاجئة. للقيام بذلك ، سيتعين علينا فقط فتح محطة طرفية (Ctrl + Alt + T) وتنفيذ الأمر التالي:
sudo snap install iraspa
إذا احتجت في أي وقت تحديث البرنامج، يمكن القيام بذلك عن طريق التشغيل في الجهاز:
sudo snap refresh iraspa
يمكننا بدء البرنامج من قائمة التطبيقات / المجلس / الأنشطة أو أي مشغل تطبيق آخر مثبت على جهاز الكمبيوتر الخاص بنا. يمكننا أيضا ابدأ iRASPA Molecular Visualizer / Editor في أوبونتو باستخدام هذا الأمر في الطرفية (Ctrl + Alt + T):
iraspa
إلغاء
إلى قم بإلغاء تثبيت عارض iRASPA الجزيئي عبر فرقعة، سيتعين علينا فقط فتح محطة طرفية (Ctrl + Alt + T) ثم تنفيذ الأمر التالي:
sudo snap remove iraspa
سيكون المستخدمون قادرين على الحصول على مزيد من المعلومات حول هذا البرنامج من موقع المشروع.