Avogadro, edita y visualiza moléculas con este programa de código abierto

about avogadro

En el siguiente artículo vamos a echar un vistazo a Avogadro. Esta es una aplicación para la edición molecular, de código abierto y gratuita para Gnu/Linux, Windows y MacOS. Se trata de un programa que se puede utilizar en química computacional, modelado molecular, bioinformática, ciencia de materiales y muchos otros campos.

La aplicación se utiliza en VTK para capacidades de análisis y visualización. También admite la representación de volumen para datos puntuales o líneas de flujo para campos vectoriales. Ofrece una representación flexible de alta calidad y una potente arquitectura de complementos. Se trata de un software simple y fácil de usar, listo para ser utilizado por estudiantes e investigadores. Avogadro es un software gratuito que puede redistribuir y/o modificar según los términos de la Licencia Pública General GNU, publicada por la Free Software Foundation, ya sea la versión 2 de la Licencia o cualquier versión posterior.

A diferencia de otros visores moleculares 2D / 3D basados en la web, Avogadro usa OpenGL directamente y ofrece paquetes de escritorio nativos. Esta aplicación utiliza un conjunto de estándares que permiten que los programas informáticos utilicen funciones de renderizado de hardware 2D / 3D (GPU). Avogadro admite el procesamiento y el cálculo de subprocesos múltiples listos para usar, tiene herramientas interactivas, comandos y scripts de Python personalizados.

Características generales de Avogadro

molécula de ácido sulfúrico

  • Es un programa multiplataforma, por lo que podremos utilizarlo en Gnu/Linux, Windows y Mac OSX.
  • Se trata de un programa ligero que ofrece un alto rendimiento.
  • A pesar de todo lo que ofrece tiene unos requisitos mínimos de hardware.
  • El programa está traducido a diferentes idiomas, como son; chino, francés, alemán, italiano, ruso, español, y algunos otros.
  • Su interfaz es clara y fácil de utilizar.
  • Incluye un gran conjunto de herramientas para la medición, alineación, visualización, manipulación y dibujo.
  • También nos va a ofrecer extensiones empaquetadas con el administrador de extensiones.
  • Nos va a permitir importar desde varias aplicaciones.
  • Admite muchos formatos abiertos.

tabla periódica

  • Vamos a poder consultar la tabla periódica.
  • Podremos construir modelos de moléculas 2D y 3D.
  • Permite insertar, construir y modificar módulos prediseñados (ADN, ARN, Fragmento, SMILES, Péptido, Polímero).
  • Visualización de mapas de potencial electrostático.
  • Uso del análisis de átomos en moléculas (Bader): QTAIM y WFN.
  • Interacciones molécula-superficie.

formándo moléculas

  • Podremos manipular, medir y alinear con las herramientas. También podremos contar con herramientas de selección, de rotación automática y de optimización automática.
  • El equipo de Avogadro ofrece a todos los usuarios un conjunto de tutoriales para que los desarrolladores puedan ayudar, compilen desde la fuente y contribuyan con sus extensiones. Además también publican documentación clara de la API.

Instalar Avogadro en Ubuntu

Avogadro está disponible como un paquete flatpak para el sistema Ubuntu. Antes de la instalación de este programa, debemos disponer de esta tecnología habilitada en nuestro sistema. Si todavía no cuentas con ella y utilizas Ubuntu 20.04, puedes seguir la guía que un compañero escribió en este blog hace un tiempo.

Cuando ya tengas habilitada esta tecnología en tu sistema, puedes seguir adelante con la instalación. Solo necesitas abrir una terminal (Ctrl+Alt+T) y ejecutar en ella el siguiente comando para instalar Avogadro:

instalar avogadro

flatpak install flathub org.openchemistry.Avogadro2

Finalizada la instalación, se pude ejecutar el programa buscando el lanzador en nuestro equipo. También se puede abrir el editor molecular Avogadro utilizando el siguiente comando en la terminal:

lanzador avogadro

flatpak run org.openchemistry.Avogadro2

Desinstalar

Para eliminar este programa, tan solo vamos a necesitar abrir una terminal (Ctrl+Alt+T) y ejecutar en ella el comando:

desinstalar avogadro

flatpak uninstall org.openchemistry.Avogadro2

Avogadro es un visualizador y editor de moléculas avanzado, que está diseñado para un uso multiplataforma en campos como la  química computacional, modelado molecular, bioinformática, ciencia de materiales y áreas relacionadas. Además ofrece una representación flexible de calidad con una potente arquitectura de complementos.

Este software es un proyecto de código abierto, cuyo objetivo es ser utilizado en todo el mundo sin restricciones por todos los desarrolladores, investigadores y estudiantes que quieran. Se puede obtener más información sobre este programa en la página web del proyecto o desde su página en GitHub.


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