В следващата статия ще разгледаме Авогадро. Това е безплатно, с отворен код, приложение за молекулярно редактиране за Gnu / Linux, Windows и MacOS. Това е програма, която може да се използва в изчислителна химия, молекулярно моделиране, биоинформатика, материалознание и много други области.
Приложението се използва в VTK за възможности за анализ и визуализация. Той също така поддържа представяне на обем за точкови данни или поточни линии за векторни полета. Той предлага гъвкаво, висококачествено изобразяване и мощна архитектура на приставки. Е за прост и лесен за използване софтуер, готов за използване от студенти и изследователи. Avogadro е безплатен софтуер, който можете да разпространявате и / или модифицирате съгласно условията на Общия публичен лиценз на GNU, публикуван от Фондацията за свободен софтуер, или версия 2 на лиценза, или която и да е по-нова версия.
За разлика от други уеб базирани 2D / 3D молекулярни зрители, Avogadro използва OpenGL директно и предлага родни настолни пакети. Това приложение използва набор от стандарти, които позволяват на компютърните програми да използват 2D / 3D хардуерни функции за визуализация (GPU). Avogadro поддържа готови многонишкови изчисления и обработка, разполага с интерактивни инструменти, команди и персонализирани скриптове на Python.
Обща характеристика на Авогадро
- Това е многоплатформена програма, за да можем да го използваме в Gnu / Linux, Windows и Mac OSX.
- Е лека програма предлагаща висока производителност.
- Въпреки всичко, което предлага, има някои минимални хардуерни изисквания.
- Програмата е преведени на различни езици, каквито са; Китайски, френски, немски, италиански, руски, испански и някои други.
- Интерфейсът му е ясен и лесен за използване.
- Включва голям набор от инструменти за измерване, подравняване, визуализация, манипулация и чертане.
- Също така ще ни предложи разширения в комплект с мениджъра на разширенията.
- Ще ни позволи импортиране от различни приложения.
- Поддържа много отворени формати.
- Ще имаме възможност консултирайте се с периодичната таблица.
- Можем изграждане на 2D и 3D молекулни модели.
- Позволява ви да вмъквате, изграждате и модифицирате предварително проектирани модули (ДНК, РНК, фрагмент, усмивки, пептид, полимер).
- Визуализация на електростатични потенциални карти.
- Използване на анализ на атомите в молекулите (Bader): QTAIM и WFN.
- Молекулно-повърхностни взаимодействия.
- Можем манипулирайте, измервайте и подравнявайте с инструменти. Можем и да разчитаме инструменти за избор, автоматично завъртане и автоматично оптимизиране.
- Екипът на Avogadro предлага на всички потребители набор от уроци за разработчиците да помагат, компилират от източник и да допринасят за вашите разширения. Те също така публикуват ясна документация за API.
Инсталирайте Avogadro на Ubuntu
Авогадро е на разположение като a пакет с плосък пакет за системата Ubuntu. Преди да инсталираме тази програма, трябва да активираме тази технология в нашата система. Ако все още го нямате и използвате Ubuntu 20.04, можете да продължите Ръководството че колега е писал в този блог преди малко.
Когато тази технология вече е активирана на вашата система, можете да продължите с инсталацията. Трябва само да отворите терминал (Ctrl + Alt + T) и да изпълните следната команда в него инсталирайте Avogadro:
flatpak install flathub org.openchemistry.Avogadro2
След инсталацията можете стартирайте програмата търси стомна в нашия екип. Можете също да отворите молекулярния редактор на Avogadro, като използвате следната команда в терминала:
flatpak run org.openchemistry.Avogadro2
деинсталиране
за премахнете тази програма, ще трябва само да отворим терминал (Ctrl + Alt + T) и да изпълним командата в него:
flatpak uninstall org.openchemistry.Avogadro2
Avogadro е усъвършенстван преглед и редактор на молекули, който е предназначен за междуплатформена употреба в области като изчислителна химия, молекулярно моделиране, биоинформатика, материалознание и сродни области. Какво още предлага гъвкаво качествено изобразяване с мощна архитектура на приставки.
Този софтуер е проект с отворен код, който има за цел да се използва по целия свят без ограничения от всички разработчици, изследователи и студенти, които желаят. То може получите повече информация за тази програма на уебсайт на проекта или от вашия страница в GitHub.