U sljedećem članku ćemo pogledati Avogadro. Ovo je besplatna aplikacija za molekularno uređivanje otvorenog koda za Gnu / Linux, Windows i MacOS. To je program u kojem se može koristiti računska hemija, molekularno modeliranje, bioinformatika, nauka o materijalima i mnoga druga područja.
Aplikacija se koristi u VTK za mogućnosti analize i vizualizacije. Podržava i predstavljanje volumena za podatke o točkama ili linije protoka za vektorska polja. Nudi fleksibilno, visokokvalitetno prikazivanje i moćnu arhitekturu dodataka. Is about jednostavan i lak za upotrebu softver spreman za upotrebu od strane učenika i istraživača. Avogadro je besplatni softver koji možete distribuirati i / ili modificirati pod uvjetima GNU General Public License, koju je objavila Free Software Foundation, bilo verzije 2 licence ili bilo koje novije verzije.
Za razliku od ostalih mrežnih 2D / 3D molekularnih pregledača, Avogadro direktno koristi OpenGL i nudi izvorne radne pakete. Ova aplikacija koristi skup standarda koji računalnim programima omogućavaju upotrebu 2D / 3D hardverskih funkcija prikaza (GPU). Avogadro podržava izrađeno višenitno računanje i obradu, ima interaktivne alate, naredbe i prilagođene Python skripte.
Opšte karakteristike Avogadra
- To je a multiplatform program, tako da ga možemo koristiti u Gnu / Linux, Windows i Mac OSX.
- Gotovo je lagani program nude visoke performanse.
- Uprkos svemu što nudi, ima ih minimalni hardverski zahtjevi.
- Program je prevedeno na različite jezike, kakvi jesu; Kineski, francuski, njemački, talijanski, ruski, španski i neki drugi.
- Njegov interfejs je jasan i jednostavan za upotrebu.
- Uključuje veliki set alati za mjerenje, poravnanje, vizualizaciju, manipulaciju i crtanje.
- Također će nam ponuditi proširenja u paketu s upraviteljem proširenja.
- Dozvoliće nam uvoz iz različitih aplikacija.
- Podržava mnoge otvorene formate.
- Moći ćemo konsultujte periodni sistem.
- Možemo izgraditi 2D i 3D modele molekula.
- Omogućuje vam umetanje, izgradnju i izmjenu unaprijed dizajniranih modula (DNA, RNA, fragment, SMILES, peptid, polimer).
- Vizualizacija mapa elektrostatičkog potencijala.
- Korištenje analiza atoma u molekulima (Bader): QTAIM i WFN.
- Interakcije molekula-površina.
- Možemo manipulirati, mjeriti i poravnati s alatima. Takođe možemo računati alate za odabir, automatsko okretanje i automatsku optimizaciju.
- Tim Avogadro nudi svim korisnicima set tutorijali za programere koji pomažu, kompajliraju iz izvora i doprinose vašim proširenjima. Oni također objavljuju jasnu API dokumentaciju.
Instalirajte Avogadro na Ubuntu
Avogadro je dostupan kao a flatpak paket za Ubuntu sistem. Prije instaliranja ovog programa, u našem sistemu moramo omogućiti ovu tehnologiju. Ako ga još uvijek nemate i koristite Ubuntu 20.04, možete nastaviti Vodič koje je kolega napisao na ovom blogu prije nekog vremena.
Kada je ova tehnologija već omogućena na vašem sistemu, možete nastaviti s instalacijom. Samo trebate otvoriti terminal (Ctrl + Alt + T) i u njemu pokrenuti sljedeću naredbu za instalirajte Avogadro:
flatpak install flathub org.openchemistry.Avogadro2
Nakon instalacije možete pokrenite program tražimo bacač u našem timu. Također možete otvoriti molekularni uređivač Avogadro pomoću sljedeće naredbe u terminalu:
flatpak run org.openchemistry.Avogadro2
Deinstaliraj
para uklonite ovaj program, trebat ćemo samo otvoriti terminal (Ctrl + Alt + T) i izvršiti naredbu u njemu:
flatpak uninstall org.openchemistry.Avogadro2
Avogadro je napredni pregledač i urednik molekula, koji je dizajniran za višeplatformnu upotrebu u poljima kao što su računska kemija, molekularno modeliranje, bioinformatika, nauka o materijalima i srodna područja. Šta više nudi prikazivanje fleksibilnog kvaliteta sa moćnom arhitekturom dodataka.
Ovaj softver je projekat otvorenog koda, čiji je cilj da ga koriste svi programeri, istraživači i studenti koji žele, bez ograničenja. Može dodatne informacije o ovom programu potražite na web stranica projekta ili od vašeg stranica na GitHub-u.