PyMOL, instalirajte Python Molecular Graphics na Ubuntu koristeći Flatpak

o PyMOL-u

U sljedećem članku ćemo pogledati PyMol. Python Molecular Graphics je program koji će nam omogućiti da manipuliramo i vizualiziramo molekule, i koje možemo instalirati u Ubuntu zahvaljujući njegovom Flatpak paketu. Ovo je jedan od rijetkih alata za vizualizaciju otvorenog koda koji su dostupni za korištenje u strukturnoj biologiji.

Što se tiče Py dijela naziva ovog programa, on se odnosi na činjenicu da je proširiv zahvaljujući programskom jeziku Python. prema kojem, može se proširiti za obavljanje složene analize molekularnih struktura koristeći biblioteke dostupne za Python, kakvi jesu numpy ili pylab.

PyMOL je molekularni preglednik otvorenog koda koji je kreirao Warren Lyford Delano, a plasirao ga je Delano Scientific LLC, kompanija posvećena stvaranju univerzalno dostupnih alata za naučne i obrazovne zajednice. Ovaj program je također pogodan za proizvodnju visokokvalitetnih 3D slika malih molekula i bioloških makromolekula. PyMOL ima mogućnost učitavanja, manipulacije i vizualizacije molekula iz različitih formata i izvora.. Program se može lako kontrolisati preko GUI-ja baziranog na meniju ili iz velikog broja prečice na tastaturi i/ili skripte. A ray tracer integriran za generiranje visokokvalitetnih slika za generirane prikaze.

primjeri pimola

Ovo je komercijalni proizvod, ali većina njegovog izvornog koda je dostupna iz njegovog spremišta na GitHub besplatno uz dozvolu. Ovaj projekat održava Schrödinger i na kraju ga finansiraju svi koji steknu PyMOL licencu.

Opće karakteristike PyMOL-a

PyMOL Adanaced postavke

  • Program nudi kvalitetnu grafiku. Ugrađeni ray tracer unosi senke i dubinu u bilo koju scenu. Možemo i eksterno renderovati.
  • Kreirajte videozapise može biti jednostavno kao i višestruko učitavanje PDB datoteke i pritisnite play.
  • Slike se mogu kopirati i zalijepiti direktno u PowerPoint i Keynote. Mirne slike i prikazane sekvence mogu se generirati u PNG formatu i kao QuickTime video zapisi.
  • u proizvoljnih logičkih izraza olakšajte pregled i uređivanje.
  • Račun sa površinske interpretacije dobre, a mrežaste površine su također podržane.
  • u crtani filmovi sa PyMOL-om lako ih je kreirati i prikazati.
  • Program će nam to omogućiti kontrolirajte ga iz komandne linije i iz GUI.

PyMOL radi

  • Strukture se mogu rezati, mutirati i ponovo sastavljati u hodu i pisati u standardne fajlove (PDB, MOL/SDF).
  • Ova aplikacija se može instalirati na pregledati, analizirati i pripremiti grafičke slike proteina i eksperimentalne strukturne podatke (npr. kristalografska, NMR-bazirana i elektronska mikroskopija).
  • Jedan od najboljih načina za kontrolu PyMOL-a je korištenje skripti za višekratnu upotrebu, koji može biti napisan u komandnom jeziku ili Python-u.
  • Cross-platform code. Ima jednu bazu koda i kompatibilan je sa Unixom, Macintoshom i Windowsom, koristeći OpenGL i Python, kao i mali skup vanjskih ovisnosti otvorenog koda.
  • Razvoj korisničkog interfejsa prvenstveno se fokusirao na mogućnosti, a ne na jednostavnost korištenja za nove korisnike.
  • sijeno jedan monolitni programski interfejs orijentisan na komande.

Ovo su samo neke od karakteristika ovog programa. Oni mogu detaljno se posavjetujte sa svima njima Wiki projekta.

Instalirajte PyMOL na Ubuntu putem Flatpak-a

Ovaj program možete pronaći na adresi Flatub. Za instalirajte Python Molecular Graphics na Ubuntu putem Flatpaka, neophodno je da ova tehnologija bude omogućena u našoj opremi. Ako koristite Ubuntu 20.04, a nemate ga, možete nastaviti Vodič kolega je o tome pisao na ovom blogu.

Kada možete da instalirate ovu vrstu paketa na svoj računar, potrebno je samo da otvorite terminal (Ctrl + Alt + T) i upotrebite sledeću komandu u njemu da instalirajte program preko Flatpak-a:

instalirajte sa flatpakom

flatpak install --user https://flathub.org/repo/appstream/org.pymol.PyMOL.flatpakref

U slučaju da vam zatreba ažurirajte program, kada je dostupna nova verzija, u terminalu je potrebno samo izvršiti naredbu:

flatpak --user update org.pymol.PyMOL

Nakon instalacije možemo pokrenite program iz menija Aplikacije ili bilo kojeg drugog pokretača aplikacija koji imamo na raspolaganju. Također možemo izvršiti u terminalu (Ctrl + Alt + T) naredbu:

pymol launcher

flatpak run org.pymol.PyMOL

Deinstaliraj

U slučaju da želite deinstalirajte Python Molecular Graphics sa svog računara, samo trebate otvoriti terminal (Ctrl + Alt + T) i pokrenuti u njemu:

deinstalirajte PyMOL

flatpak uninstall org.pymol.PyMOL

PyMOL je sposoban molekularni preglednik i renderer. Može se koristiti za pripremu figura kvaliteta publikacije, za dijeljenje interaktivnih rezultata ili za generiranje unaprijed renderiranih animacija. Danas mnogi naučnici širom svijeta rutinski koriste PyMOL za ove zadatke. Korisnici koji žele saznati više o ovom programu ili kako on funkcionira, mogu idite na web stranica ili Wiki projekta.


Sadržaj članka pridržava se naših principa urednička etika. Da biste prijavili grešku, kliknite ovdje.

Budite prvi koji komentarišete

Ostavite komentar

Vaša e-mail adresa neće biti objavljena.

*

*

  1. Za podatke odgovoran: Miguel Ángel Gatón
  2. Svrha podataka: Kontrola neželjene pošte, upravljanje komentarima.
  3. Legitimacija: Vaš pristanak
  4. Komunikacija podataka: Podaci se neće dostavljati trećim stranama, osim po zakonskoj obavezi.
  5. Pohrana podataka: Baza podataka koju hostuje Occentus Networks (EU)
  6. Prava: U bilo kojem trenutku možete ograničiti, oporaviti i izbrisati svoje podatke.

bool(tačno)