iRASPA Molecular Visualizer / Editor, un editor i visualitzador molecular

about iRASPA

En el següent article anem a fer una ullada a iRASPA. aquest és un editor i visualitzador molecular gratuït per GNU / Linux, MacOS i Windows que es llança sota la llicència de MIT. Admet metalls, òxids metàl·lics, ceràmiques, biomaterials, zeolites, argiles, estructures metalo-orgàniques i més. Conté més de 8000 estructures de la bases de dades core Metall-Organic Frameworks. Si treballes en química o altres àrees que s'ocupen de molècules, aquest programa et pot ser útil. En les següents línies veurem com podem instal·lar el visor molecular iRASPA en Ubuntu a través d'Snap.

Es tracta d'un paquet de visualització, amb capacitats d'edició, dirigit a la ciència dels materials. A més amb aquest programa podrem gestionar grans estructures (centenars de milers d'àtoms), inclosa la oclusió ambiental, amb altes taxes de quadres. aquest programari aprofita les últimes tecnologies de visualització amb un bon rendiment.

amb iRASPA podrem crear i editar estructures, imatges i pel·lícules. També ve amb oclusió ambiental, renderitzat d'alt rang dinàmic, superfícies d'adsorció, anotació de text, rèpliques de cèl·lules i supercélulas. Admet cilindres, esferes i prismes poligonals i operacions de simetria. Els formats d'entrada admesos són; CIF, mmCIF, PDB, XYZ i VASP POSCAR / CONTCAR / XDATCAR. Els formats de sortida admesos són; CIF-, 8/16 bits, RGB / CMYK, TIFF sense pèrdua per a imatges i mp4 (h264) per a vídeos.

elements iRASPA

Aquest programa ha estat creat per David Dubbeldam (Universitat d'Amsterdam, Països Baixos), Sofia Calero (Universitat Pablo de Olavide, Sevilla, Espanya) I Thijs Vlugt (Universitat Tecnològica de Delft, Països Baixos). A més han comptant amb les contribucions de Randall Q. SNURR (Universitat de el Nord-oest, Evanston, EE. UU.) I Chung G. Yongchul (Escola d'Enginyeria Química i Biomolecular, Busan, Corea del Sud). L'aplicació està escrita en Swift 4.

Característiques generals de IRASPA

iRASPA funcionant

Algunes de les característiques principals de iRASPA són:

  • A través d'iCloud, iRASPA té accés a la base de dades core Metall-Organic Frameworks que conté 4764 estructures i 2932 estructures millorades amb càrregues atòmiques.
  • Totes les estructures es poden filtrar (En temps real) utilitzant paràmetres definits per l'usuari.
  • La finestra principal és la seva interfície principal per veure, editar i administrar totes les parts dels projectes. Utilitza una interfície de detalls mestres, on els canvis al controlador de vista principal (la vista mestra de el projecte) Canvien en altres vistes.
  • Creació i edició d'estructures.
  • podrem crear imatges d'alta qualitat.
  • Oclusió ambiental i renderitzat d'alt rang dinàmic.
  • Anem a poder crear collage d'estructures.
  • El programa ens va a permetre la anotació de text.
  • Rèpliques cel·lulars i supercélulas.
  • Operacions de simetria com a grup espacial i detecció de cèl·lules primitives.
  • Càlcul de GPU de fracció buida i àrees de superfície en qüestió de segons.

Aquestes són només algunes de les característiques de iRASPA. es poden consultar totes elles en detall en la Wiki web de el projecte.

Instal·lar iRASPA en Ubuntu

Per instal·lar el visor molecular iRASPA a través de Snap en el nostre sistema Ubuntu, hem de tenir suport per a aquesta tecnologia instal·lada. Si no disposes d'aquesta tecnologia en el teu sistema, pots seguir el tutorial que ofereixen a snapcraft per procedir a la instal·lació.

Una vegada que puguem instal·lar aplicacions snap en el sistema, ja podrem instal·lar iRASPA Molecular Visualizer / Editor a través d'administrador de paquets snap. Per fer-ho tan sols haurem d'obrir una terminal (Ctrl + Alt + T) i executar la següent comanda:

desinstal·lar iRASPA

sudo snap install iraspa

Si en algun moment necessites actualitzar el programa, Es pot fer executant a la terminal:

sudo snap refresh iraspa

Podrem iniciar el programa des del menú Aplicacions / Tauler / Activitats o qualsevol altre iniciador d'aplicacions instal·lat en el nostre equip. també podrem iniciar iRASPA Molecular Visualizer / Editor en Ubuntu utilitzant aquesta comanda a la terminal (Ctrl + Alt + T):

iraspa

Desinstal

Per a desinstal·lar el visor molecular iRASPA a través d' espetec, Tan sols haurem d'obrir una terminal (Ctrl + Alt + T) i després executar la següent comanda:

Desinstal iRASPA

sudo snap remove iraspa

Els usuaris podrem obtenir més informació sobre aquest programa des de la pàgina web de el projecte.


Deixa el teu comentari

La seva adreça de correu electrònic no es publicarà. Els camps obligatoris estan marcats amb *

*

*

  1. Responsable de les dades: Miguel Ángel Gatón
  2. Finalitat de les dades: Controlar l'SPAM, gestió de comentaris.
  3. Legitimació: El teu consentiment
  4. Comunicació de les dades: No es comunicaran les dades a tercers excepte per obligació legal.
  5. Emmagatzematge de les dades: Base de dades allotjada en Occentus Networks (UE)
  6. Drets: En qualsevol moment pots limitar, recuperar i esborrar la teva informació.