I den næste artikel skal vi tage et kig på PyMol. Python Molecular Graphics er et program, der giver os mulighed for at manipulere og visualisere molekyler, og at vi kan installere i Ubuntu takket være dens Flatpak-pakke. Dette er et af de få open source visualiseringsværktøjer, der er tilgængelige til brug i strukturel biologi.
Hvad angår Py-delen af navnet på dette program, henviser det til det faktum, at det kan udvides takket være Python-programmeringssproget. Ifølge hvilken kan udvides til at udføre kompleks analyse af molekylære strukturer ved hjælp af biblioteker tilgængelige for Python, som de er nusset eller pylab.
PyMOL er en open source molekylær viewer skabt af Warren Lyford Delano og markedsført af Delano Scientific LLC, som er en virksomhed dedikeret til at skabe universelt tilgængelige værktøjer til de videnskabelige og uddannelsesmæssige samfund. Dette program er også velegnet til at producere højkvalitets 3D-billeder af små molekyler og biologiske makromolekyler. PyMOL har evnen til at indlæse, manipulere og visualisere molekyler fra en række forskellige formater og kilder.. Programmet kan nemt styres via en menubaseret GUI eller fra et stort antal tastaturgenveje og/eller scripts. EN strålesporer Integreret til at generere billeder i høj kvalitet til de genererede visninger.
Dette er et kommercielt produkt, men det meste af dens kildekode er tilgængelig fra dens lager på GitHub gratis under en tilladelig licens. Dette projekt vedligeholdes af Schrödinger og i sidste ende finansieret af alle, der erhverver en PyMOL-licens.
Generelle karakteristika for PyMOL
- Programmet tilbyder kvalitetsgrafik. En indbygget ray tracer bringer skygger og dybde til enhver scene. Vi kan også rendere eksternt.
- Opret videoer kan være så simpelt som at indlæse flere PDB filer og tryk på play.
- Billeder kan kopieres og indsættes direkte i PowerPoint og Keynote. Stillbilleder og gengivne sekvenser kan genereres i PNG-format og som QuickTime-videoer.
- den vilkårlige logiske udtryk gør visning og redigering let.
- Konto med overfladefortolkninger god, og mesh-overflader understøttes også.
- masse tegnefilm med PyMOL de er nemme at skabe og gengive.
- Programmet tillader os styre det fra kommandolinjen og fra GUI.
- Strukturer kan skæres, muteres og samles igen i farten og skriv til standardfiler (FBF, MOL/SDF).
- Denne applikation kan installeres til se, analysere og udarbejde grafiske billeder af proteiner og eksperimentelle strukturelle data (fx krystallografisk, NMR-baseret og elektronmikroskopi).
- En af de bedste måder at kontrollere PyMOL på er gennem genanvendelige scripts, som kan skrives i kommandosprog eller Python.
- Cross-platform kode. Den har en enkelt kodebase og er kompatibel med Unix, Macintosh og Windows, ved hjælp af OpenGL og Python, foruden et lille sæt eksterne open source-afhængigheder.
- Udvikling af brugergrænsefladen har primært fokuseret på muligheder, ikke brugervenlighed for nye brugere.
- Der en enkelt monolitisk kommando-orienteret programmeringsgrænseflade.
Dette er blot nogle af funktionerne i dette program. Det kan de hør dem alle detaljeret fra Wiki af projektet.
Installer PyMOL på Ubuntu via Flatpak
Dette program kan findes på Flathub. For installer Python Molecular Graphics på Ubuntu via Flatpak, er det nødvendigt at have denne teknologi aktiveret i vores udstyr. Hvis du bruger Ubuntu 20.04 og ikke har det, kan du fortsætte Guiden en kollega skrev om det på denne blog.
Når du kan installere denne type pakke på din computer, er det kun nødvendigt at åbne en terminal (Ctrl + Alt + T) og bruge følgende kommando i den for at installer programmet gennem Flatpak:
flatpak install --user https://flathub.org/repo/appstream/org.pymol.PyMOL.flatpakref
Hvis du har brug for det opdater programmet, når en ny version er tilgængelig, er det i en terminal kun nødvendigt at udføre kommandoen:
flatpak --user update org.pymol.PyMOL
Efter installationen kan vi start programmet fra applikationsmenuen eller enhver anden applikationsstarter, som vi har tilgængelig. Vi kan også udføre kommandoen i terminalen (Ctrl + Alt + T):
flatpak run org.pymol.PyMOL
afinstallere
Hvis du vil afinstallere Python Molecular Graphics fra din computer, du skal bare åbne en terminal (Ctrl + Alt + T) og køre i den:
flatpak uninstall org.pymol.PyMOL
PyMOL er en dygtig molekylær fremviser og renderer. Det kan bruges til at udarbejde tal i publikationskvalitet, til at dele interaktive resultater eller til at generere præ-renderede animationer. I dag bruger mange forskere rundt omkring regelmæssigt PyMOL til disse opgaver. Brugere, der ønsker at vide mere om dette program, eller hvordan det fungerer, kan gå til webside eller Wiki af projektet.