در مقاله بعدی قصد داریم نگاهی به PyMol بیاندازیم. گرافیک مولکولی پایتون است برنامه ای که به ما امکان دستکاری و تجسم مولکول ها را می دهدو به لطف بسته Flatpak آن می توانیم در اوبونتو نصب کنیم. این یکی از معدود ابزارهای تجسم منبع باز موجود برای استفاده در زیست شناسی ساختاری است.
در مورد قسمت Py از نام این برنامه باید گفت که به لطف زبان برنامه نویسی پایتون قابل توسعه است. بر اساس آن، را می توان برای انجام تجزیه و تحلیل پیچیده ساختارهای مولکولی با استفاده از کتابخانه های موجود برای پایتون گسترش داد، همانطور که هستند NumPy یا پیلاب
PyMOL یک نمایشگر مولکولی منبع باز است که توسط وارن لیفورد دلانو ایجاد شده و توسط Delano Scientific LLC، که شرکتی برای ایجاد ابزارهای قابل دسترس جهانی برای جوامع علمی و آموزشی است، به بازار عرضه شده است. این برنامه همچنین برای تولید تصاویر سه بعدی با کیفیت بالا از مولکول های کوچک و ماکرومولکول های بیولوژیکی مناسب است. PyMOL توانایی بارگذاری، دستکاری و تجسم مولکول ها را از فرمت ها و منابع مختلف دارد.. این برنامه را می توان به راحتی از طریق یک رابط کاربری گرافیکی مبتنی بر منو یا تعداد زیادی از آن کنترل کرد میانبرهای صفحه کلید و/یا اسکریپت ها آ اشعه ردیاب یکپارچه برای تولید تصاویر با کیفیت بالا برای نماهای تولید شده.
این یک محصول تجاری است، اما بیشتر کد منبع آن از مخزن آن در دسترس است GitHub رایگان تحت مجوز مجاز. این پروژه توسط شرودینگر نگهداری می شود و در نهایت توسط هر کسی که مجوز PyMOL را دریافت می کند، تامین مالی می شود.
مشخصات عمومی PyMOL
- این برنامه گرافیک با کیفیت ارائه می دهد. یک ردیاب پرتو داخلی، سایه ها و عمق را به هر صحنه ای می آورد. ما همچنین می توانیم به صورت خارجی رندر کنیم.
- فیلم ایجاد کنید می تواند به سادگی بارگذاری چندگانه باشد فایل های PDB و play را فشار دهید.
- تصاویر را می توان مستقیماً در PowerPoint و Keynote کپی و جایگذاری کرد. تصاویر ثابت و دنباله های رندر شده را می توان در فرمت PNG و به عنوان ویدیوهای QuickTime تولید کرد.
- این عبارات منطقی دلخواه مشاهده و ویرایش را آسان کنید.
- دارد تفاسیر سطحی خوب، و سطوح مش نیز پشتیبانی می شوند.
- ل کارتون با PyMOL ایجاد و رندر آنها آسان است.
- این برنامه به ما امکان می دهد آن را از خط فرمان و از رابط کاربری گرافیکی کنترل کنید.
- سازه ها را می توان برش داد، جهش داد و دوباره سرهم کرد و روی فایل های استاندارد بنویسید (PDB، MOL / SDF).
- این اپلیکیشن قابل نصب می باشد مشاهده، تجزیه و تحلیل و تهیه تصاویر گرافیکی از پروتئین ها و داده های ساختاری تجربی (به عنوان مثال، میکروسکوپ کریستالوگرافی، مبتنی بر NMR و میکروسکوپ الکترونی).
- یکی از بهترین راه ها برای کنترل PyMOL از طریق اسکریپت های قابل استفاده مجدد است، که می تواند به زبان دستوری یا پایتون نوشته شود.
- کد بین پلتفرمی. این دارای یک پایه کد واحد است که با یونیکس، مکینتاش و ویندوز، با استفاده از OpenGL و Python، علاوه بر مجموعه کوچکی از وابستگی‌های خارجی منبع باز، سازگار است.
- توسعه رابط کاربری در درجه اول بر قابلیت ها تمرکز کرده است، نه سهولت استفاده برای کاربران جدید.
- آنجا یک رابط برنامه نویسی یکپارچه دستور گرا.
اینها تنها بخشی از ویژگی های این برنامه است. آنها می توانند با همه آنها در مورد جزئیات مشورت کنید ویکی پروژه.
PyMOL را روی اوبونتو از طریق Flatpak نصب کنید
این برنامه را می توان در آدرس موجود یافت فلاطباست. برای گرافیک مولکولی پایتون را روی اوبونتو از طریق Flatpak نصب کنید، لازم است که این فناوری در تجهیزات ما فعال باشد. اگر از اوبونتو 20.04 استفاده می کنید و آن را ندارید، می توانید ادامه دهید راهنما یکی از همکاران در این وبلاگ در مورد آن نوشت.
هنگامی که می توانید این نوع بسته را بر روی رایانه خود نصب کنید، فقط کافی است یک ترمینال (Ctrl + Alt + T) باز کنید و از دستور زیر در آن استفاده کنید. برنامه را از طریق Flatpak نصب کنید:
flatpak install --user https://flathub.org/repo/appstream/org.pymol.PyMOL.flatpakref
در صورت نیاز برنامه را به روز کنید، هنگامی که یک نسخه جدید در دسترس است، در ترمینال فقط لازم است دستور زیر را اجرا کنید:
flatpak --user update org.pymol.PyMOL
پس از نصب ، می توانیم شروع برنامه از منوی برنامه‌ها یا هر راه‌انداز برنامه دیگری که در دسترس داریم. همچنین می توانیم در ترمینال (Ctrl + Alt + T) دستور زیر را اجرا کنیم:
flatpak run org.pymol.PyMOL
حذف نصب کنید
در صورت تمایل گرافیک مولکولی پایتون را از رایانه خود حذف کنید، فقط باید یک ترمینال (Ctrl + Alt + T) باز کنید و در آن اجرا کنید:
flatpak uninstall org.pymol.PyMOL
PyMOL یک نمایشگر و رندر مولکولی توانمند است. می توان از آن برای تهیه ارقام با کیفیت انتشار، به اشتراک گذاری نتایج تعاملی، یا تولید انیمیشن های از پیش رندر شده استفاده کرد. امروزه بسیاری از دانشمندان در سراسر جهان به طور معمول از PyMOL برای این کارها استفاده می کنند. کاربرانی که می خواهند در مورد این برنامه یا نحوه عملکرد آن بیشتر بدانند، می توانند رفتن به سایت اینترنتی یا ویکی پروژه.
اولین کسی باشید که نظر