U sljedećem ćemo članku pogledati Avogadro. Ovo je besplatna aplikacija za molekularno uređivanje otvorenog koda za Gnu / Linux, Windows i MacOS. To je program koji se može koristiti u računalna kemija, molekularno modeliranje, bioinformatika, znanost o materijalima i mnoga druga područja.
Aplikacija se koristi u VTK za mogućnosti analize i vizualizacije. Također podržava prikaz volumena za podatke o točkama ili linije protoka za vektorska polja. Nudi fleksibilno, visokokvalitetno prikazivanje i moćnu plug-in arhitekturu. Je o jednostavan i jednostavan softver, spreman za upotrebu od strane učenika i istraživača. Avogadro je besplatni softver koji možete distribuirati i / ili modificirati pod uvjetima Opće javne licence GNU-a, koju je objavila Zaklada za slobodni softver, bilo verzije 2 licence ili bilo koje novije verzije.
Za razliku od ostalih mrežnih 2D / 3D molekularnih gledatelja, Avogadro izravno koristi OpenGL i nudi matične pakete za stolna računala. Ova aplikacija koristi skup standarda koji računalnim programima omogućuju upotrebu 2D / 3D hardverskih funkcija prikaza (GPU). Avogadro podržava izrađeno višenitno računanje i obradu, ima interaktivne alate, naredbe i prilagođene Python skripte.
Opće karakteristike Avogadra
- To je multiplatformni program, tako da ga možemo koristiti u Gnu / Linuxu, Windowsima i Mac OSX-ima.
- To je lagani program nude visoke performanse.
- Unatoč svemu što nudi, ima ih ponešto minimalni hardverski zahtjevi.
- Program je prevedeno na različite jezike, takvi kakvi jesu; Kineski, francuski, njemački, talijanski, ruski, španjolski i neki drugi.
- Sučelje mu je jasno i jednostavan za upotrebu.
- Uključuje veliki skup alati za mjerenje, poravnavanje, vizualizaciju, manipulaciju i crtanje.
- Također će nam ponuditi proširenja u paketu s upraviteljem proširenja.
- Dopustit će nam uvoz iz raznih aplikacija.
- Podržava mnoge otvorene formate.
- Mi ćemo biti u mogućnosti konzultirajte periodni sustav.
- Možemo izgraditi 2D i 3D modele molekula.
- Omogućuje vam umetanje, izgradnju i izmjenu unaprijed dizajniranih modula (DNA, RNA, fragment, SMILES, peptid, polimer).
- Vizualizacija mapa elektrostatičkog potencijala.
- Korištenje analiza atoma u molekulama (Bader): QTAIM i WFN.
- Interakcije molekule i površine.
- Možemo manipulirati, mjeriti i poravnati s alatima. Također možemo računati alati za odabir, automatsko okretanje i automatsku optimizaciju.
- Tim Avogadro nudi svim korisnicima set tutorijali tako da programeri mogu pomoći, sastaviti iz izvora i pridonijeti vašim proširenjima. Oni također objavljuju jasnu API dokumentaciju.
Instalirajte Avogadro na Ubuntu
Avogadro je dostupan kao a flatpak paket za Ubuntu sustav. Prije instaliranja ovog programa, u našem sustavu moramo omogućiti ovu tehnologiju. Ako ga još uvijek nemate i koristite Ubuntu 20.04, možete nastaviti Vodič da je kolega napisao na ovom blogu maloprije.
Kada je ova tehnologija već omogućena na vašem sustavu, možete nastaviti s instalacijom. Samo trebate otvoriti terminal (Ctrl + Alt + T) i u njemu pokrenuti sljedeću naredbu za instalirajte Avogadro:
flatpak install flathub org.openchemistry.Avogadro2
Nakon instalacije možete pokrenite program tražeći vrč u našem timu. Također možete otvoriti molekularni uređivač Avogadro pomoću sljedeće naredbe u terminalu:
flatpak run org.openchemistry.Avogadro2
deinstalirati
u ukloni ovaj program, trebat ćemo samo otvoriti terminal (Ctrl + Alt + T) i izvršiti naredbu u njemu:
flatpak uninstall org.openchemistry.Avogadro2
Avogadro je napredni preglednik i urednik molekula, koji je dizajniran za upotrebu na više platformi u poljima kao što su računalna kemija, molekularno modeliranje, bioinformatika, znanost o materijalima i srodna područja. Što je više nudi prikazivanje fleksibilne kvalitete s moćnom arhitekturom dodataka.
Ovaj je softver projekt otvorenog koda, čiji je cilj da ga koriste svi programeri, istraživači i studenti koji žele, bez ograničenja. Može dobiti više informacija o ovom programu na web stranica projekta ili od vašeg stranica na GitHubu.