Avogadro, uređujte i vizualizirajte molekule pomoću ovog programa otvorenog koda

o avogadru

U sljedećem ćemo članku pogledati Avogadro. Ovo je besplatna aplikacija za molekularno uređivanje otvorenog koda za Gnu / Linux, Windows i MacOS. To je program koji se može koristiti u računalna kemija, molekularno modeliranje, bioinformatika, znanost o materijalima i mnoga druga područja.

Aplikacija se koristi u VTK za mogućnosti analize i vizualizacije. Također podržava prikaz volumena za podatke o točkama ili linije protoka za vektorska polja. Nudi fleksibilno, visokokvalitetno prikazivanje i moćnu plug-in arhitekturu. Je o jednostavan i jednostavan softver, spreman za upotrebu od strane učenika i istraživača. Avogadro je besplatni softver koji možete distribuirati i / ili modificirati pod uvjetima Opće javne licence GNU-a, koju je objavila Zaklada za slobodni softver, bilo verzije 2 licence ili bilo koje novije verzije.

Za razliku od ostalih mrežnih 2D / 3D molekularnih gledatelja, Avogadro izravno koristi OpenGL i nudi matične pakete za stolna računala. Ova aplikacija koristi skup standarda koji računalnim programima omogućuju upotrebu 2D / 3D hardverskih funkcija prikaza (GPU). Avogadro podržava izrađeno višenitno računanje i obradu, ima interaktivne alate, naredbe i prilagođene Python skripte.

Opće karakteristike Avogadra

molekula sumporne kiseline

  • To je multiplatformni program, tako da ga možemo koristiti u Gnu / Linuxu, Windowsima i Mac OSX-ima.
  • To je lagani program nude visoke performanse.
  • Unatoč svemu što nudi, ima ih ponešto minimalni hardverski zahtjevi.
  • Program je prevedeno na različite jezike, takvi kakvi jesu; Kineski, francuski, njemački, talijanski, ruski, španjolski i neki drugi.
  • Sučelje mu je jasno i jednostavan za upotrebu.
  • Uključuje veliki skup alati za mjerenje, poravnavanje, vizualizaciju, manipulaciju i crtanje.
  • Također će nam ponuditi proširenja u paketu s upraviteljem proširenja.
  • Dopustit će nam uvoz iz raznih aplikacija.
  • Podržava mnoge otvorene formate.

periodni sustav elemenata

  • Mi ćemo biti u mogućnosti konzultirajte periodni sustav.
  • Možemo izgraditi 2D i 3D modele molekula.
  • Omogućuje vam umetanje, izgradnju i izmjenu unaprijed dizajniranih modula (DNA, RNA, fragment, SMILES, peptid, polimer).
  • Vizualizacija mapa elektrostatičkog potencijala.
  • Korištenje analiza atoma u molekulama (Bader): QTAIM i WFN.
  • Interakcije molekule i površine.

tvoreći molekule

  • Možemo manipulirati, mjeriti i poravnati s alatima. Također možemo računati alati za odabir, automatsko okretanje i automatsku optimizaciju.
  • Tim Avogadro nudi svim korisnicima set tutorijali tako da programeri mogu pomoći, sastaviti iz izvora i pridonijeti vašim proširenjima. Oni također objavljuju jasnu API dokumentaciju.

Instalirajte Avogadro na Ubuntu

Avogadro je dostupan kao a flatpak paket za Ubuntu sustav. Prije instaliranja ovog programa, u našem sustavu moramo omogućiti ovu tehnologiju. Ako ga još uvijek nemate i koristite Ubuntu 20.04, možete nastaviti Vodič da je kolega napisao na ovom blogu maloprije.

Kada je ova tehnologija već omogućena na vašem sustavu, možete nastaviti s instalacijom. Samo trebate otvoriti terminal (Ctrl + Alt + T) i u njemu pokrenuti sljedeću naredbu za instalirajte Avogadro:

instalirati avogadro

flatpak install flathub org.openchemistry.Avogadro2

Nakon instalacije možete pokrenite program tražeći vrč u našem timu. Također možete otvoriti molekularni uređivač Avogadro pomoću sljedeće naredbe u terminalu:

vrč avogadro

flatpak run org.openchemistry.Avogadro2

deinstalirati

u ukloni ovaj program, trebat ćemo samo otvoriti terminal (Ctrl + Alt + T) i izvršiti naredbu u njemu:

deinstalirati avogadro

flatpak uninstall org.openchemistry.Avogadro2

Avogadro je napredni preglednik i urednik molekula, koji je dizajniran za upotrebu na više platformi u poljima kao što su računalna kemija, molekularno modeliranje, bioinformatika, znanost o materijalima i srodna područja. Što je više nudi prikazivanje fleksibilne kvalitete s moćnom arhitekturom dodataka.

Ovaj je softver projekt otvorenog koda, čiji je cilj da ga koriste svi programeri, istraživači i studenti koji žele, bez ograničenja. Može dobiti više informacija o ovom programu na web stranica projekta ili od vašeg stranica na GitHubu.


Budite prvi koji će komentirati

Ostavite svoj komentar

Vaša email adresa neće biti objavljen. Obavezna polja su označena s *

*

*

  1. Za podatke odgovoran: Miguel Ángel Gatón
  2. Svrha podataka: Kontrola neželjene pošte, upravljanje komentarima.
  3. Legitimacija: Vaš pristanak
  4. Komunikacija podataka: Podaci se neće dostavljati trećim stranama, osim po zakonskoj obvezi.
  5. Pohrana podataka: Baza podataka koju hostira Occentus Networks (EU)
  6. Prava: U bilo kojem trenutku možete ograničiti, oporaviti i izbrisati svoje podatke.