PyMOL, telepítse a Python Molecular Graphics-ot az Ubuntura a Flatpak használatával

a PyMOL-ról

A következő cikkben a PyMol-t fogjuk megnézni. A Python Molecular Graphics az egy program, amely lehetővé teszi molekulák manipulálását és megjelenítését, és hogy a Flatpak csomagnak köszönhetően Ubuntuban is telepíthetjük. Ez egyike azon kevés nyílt forráskódú vizualizációs eszközöknek, amelyek a szerkezetbiológiában használhatók.

Ami a program nevének Py részét illeti, az arra utal, hogy a Python programozási nyelvnek köszönhetően bővíthető. Aszerint, kiterjeszthető molekuláris szerkezetek komplex elemzésére a Python számára elérhető könyvtárak segítségével, mint ők numpy vagy pylab.

A PyMOL egy nyílt forráskódú molekuláris megjelenítő, amelyet Warren Lyford Delano hozott létre, és a Delano Scientific LLC forgalmaz, amely egy olyan vállalat, amely a tudományos és oktatási közösségek számára univerzálisan hozzáférhető eszközök létrehozásával foglalkozik. Ez a program alkalmas kis molekulák és biológiai makromolekulák kiváló minőségű 3D képeinek előállítására is. A PyMOL számos formátumból és forrásból képes molekulákat betölteni, manipulálni és megjeleníteni.. A program egyszerűen vezérelhető menü alapú grafikus felhasználói felületen vagy nagyszámú felületről billentyűparancsok és/vagy szkriptek. A rendelkezésre áll sugárkövetõ program Integrált, hogy kiváló minőségű képeket generáljon a generált nézetekhez.

példák a pymolra

Ez egy kereskedelmi termék, de forráskódjának nagy része elérhető a tárhelyéről a címen GitHub ingyenes engedély alapján. Ezt a projektet a Schrödinger tartja karban, és végső soron mindenki finanszírozza, aki megszerzi a PyMOL licencet.

A PyMOL általános jellemzői

PyMOL Adanaced beállítások

  • A program minőségi grafikát kínál. A beépített sugárkövető árnyékokat és mélységet visz minden jelenetbe. Külsőleg is renderelhetjük.
  • Videók létrehozása lehet olyan egyszerű, mint több betöltése PDB fájlok és nyomja meg a play gombot.
  • A képeket közvetlenül a PowerPointba és a Keynote-ba lehet másolni és beilleszteni. Állóképek és renderelt sorozatok generálhatók PNG formátumban és QuickTime videóként.
  • az tetszőleges logikai kifejezések megkönnyíti a megtekintést és a szerkesztést.
  • Fiók a következővel: felszíni értelmezések jó, és a hálós felületek is támogatottak.
  • sok rajzfilmek PyMOL-lal könnyen létrehozhatók és renderelhetők.
  • A program lehetővé teszi számunkra parancssorból és grafikus felhasználói felületről vezérelheti.

PyMOL működik

  • A szerkezetek menet közben vághatók, mutálhatók és újra összeállíthatók és írjon szabványos fájlokba (EKT, MOL / SDF).
  • Ez az alkalmazás telepíthető a fehérjék és kísérleti szerkezeti adatok grafikus képeinek megtekintése, elemzése és elkészítése (például krisztallográfiai, NMR-alapú és elektronmikroszkópos).
  • A PyMOL vezérlésének egyik legjobb módja az újrafelhasználható szkriptek, amely parancsnyelven vagy Pythonban írható.
  • Platformok közötti kód. Egyetlen kódalappal rendelkezik, és kompatibilis a Unix, Macintosh és Windows operációs rendszerekkel, OpenGL-t és Pythont használ, valamint néhány külső, nyílt forráskódú függőséget.
  • A felhasználói felület fejlesztése elsősorban a képességekre összpontosított, nem az új felhasználók könnyű használatára.
  • Ott egyetlen monolitikus parancs-orientált programozási felület.

Ez csak néhány a program funkciói közül. Ők tudnak részletesen konzultáljon mindegyikkel az wiki a projektről.

Telepítse a PyMOL-t az Ubuntu-ra Flatpakon keresztül

Ez a program a következő címen érhető el Flathub. For telepítse a Python Molecular Graphics-ot az Ubuntu-ra Flatpakon keresztül, szükséges, hogy ezt a technológiát engedélyezzük berendezésünkben. Ha Ubuntu 20.04-et használ, és nincs meg, folytathatja Az útmutató egy kolléga írt erről a blogon.

Amikor telepítheti ezt a típusú csomagot a számítógépére, csak meg kell nyitnia egy terminált (Ctrl + Alt + T), és a következő parancsot kell használnia. telepítse a programot a Flatpakon keresztül:

telepítse flatpak segítségével

flatpak install --user https://flathub.org/repo/appstream/org.pymol.PyMOL.flatpakref

Ha szüksége van rá frissítse a programot, ha új verzió érhető el, egy terminálban csak a parancsot kell végrehajtani:

flatpak --user update org.pymol.PyMOL

A telepítés után tudjuk indítsa el a programot az Alkalmazások menüből vagy bármely más elérhető alkalmazásindítóból. A terminálban (Ctrl + Alt + T) is végrehajthatjuk a következő parancsot:

pymol indító

flatpak run org.pymol.PyMOL

eltávolítást

Ha akarod távolítsa el a Python Molecular Graphics szoftvert a számítógépéről, csak meg kell nyitnia egy terminált (Ctrl + Alt + T), és futnia kell benne:

távolítsa el a PyMOL-t

flatpak uninstall org.pymol.PyMOL

A PyMOL egy alkalmas molekuláris megjelenítő és megjelenítő. Használható publikációs minőségű ábrák készítésére, interaktív eredmények megosztására, vagy előre renderelt animációk generálására. Napjainkban világszerte sok tudós használja rutinszerűen a PyMOL-t ezekre a feladatokra. Azok a felhasználók, akik többet szeretnének tudni erről a programról vagy annak működéséről, megtehetik menj a weboldal vagy a wiki a projektről.


A cikk tartalma betartja a szerkesztői etika. A hiba bejelentéséhez kattintson a gombra itt.

Legyen Ön az első hozzászóló

Hagyja megjegyzését

E-mail címed nem kerül nyilvánosságra.

*

*

  1. Az adatokért felelős: Miguel Ángel Gatón
  2. Az adatok célja: A SPAM ellenőrzése, a megjegyzések kezelése.
  3. Legitimáció: Az Ön beleegyezése
  4. Az adatok közlése: Az adatokat csak jogi kötelezettség alapján továbbítjuk harmadik felekkel.
  5. Adattárolás: Az Occentus Networks (EU) által üzemeltetett adatbázis
  6. Jogok: Bármikor korlátozhatja, helyreállíthatja és törölheti adatait.