A következő cikkben megnézzük Avogadrót. Ez egy ingyenes, nyílt forráskódú, molekuláris szerkesztő alkalmazás a Gnu / Linux, a Windows és a MacOS számára. Ez egy olyan program, amely használható számítási kémia, molekuláris modellezés, bioinformatika, anyagtudomány és még sok más terület.
Az alkalmazást a VTK elemzési és megjelenítési képességek. Támogatja a kötet ábrázolását a pontadatokhoz vagy az áramvonalakat a vektor mezőkhöz. Rugalmas, kiváló minőségű megjelenítést és erőteljes plug-in architektúrát kínál. Kb egy egyszerű és könnyen használható szoftver, amely a hallgatók és a kutatók számára is használható. Az Avogadro egy ingyenes szoftver, amelyet terjeszthet és / vagy módosíthat a Free Software Foundation által közzétett GNU General Public License, a licenc 2. verziójának vagy bármely újabb verziójának feltételei szerint.
Más webalapú 2D / 3D molekuláris nézőktől eltérően Az Avogadro közvetlenül az OpenGL-t használja és natív asztali csomagokat kínál. Ez az alkalmazás olyan szabványokat használ, amelyek lehetővé teszik a számítógépes programok számára a 2D / 3D hardveres megjelenítési funkciók használatátGPU). Az Avogadro támogatja a dobozon kívüli, többszálas számítást és feldolgozást, rendelkezik interaktív eszközökkel, parancsokkal és egyedi Python-szkriptekkel.
Avogadro általános jellemzői
- Ez egy többplatformos program, így használhatjuk Gnu / Linux, Windows és Mac OSX rendszerekben.
- van könnyű program nagy teljesítményt nyújt.
- Annak ellenére, hogy mindent kínál, van néhány minimális hardverkövetelmények.
- A program az különféle nyelvekre lefordítva, mint ők; Kínai, francia, német, olasz, orosz, spanyol és még néhányan.
- A kezelőfelülete egyértelmű és könnyen használható.
- Nagy készletet tartalmaz mérési, igazítási, megjelenítési, manipulációs és rajzeszközök.
- Ez felajánlja nekünk is a kiterjesztések kezelőjével együtt.
- Megengedi nekünk import különféle alkalmazásokból.
- Sok nyitott formátumot támogat.
- Képesek leszünk nézze meg a periódusos táblázatot.
- Tudunk építsen 2D és 3D molekulamodelleket.
- Lehetővé teszi előre tervezett modulok beszúrását, felépítését és módosítását (DNS, RNS, töredék, Mosolyok, peptid, polimer).
- Az elektrosztatikus potenciáltérképek megjelenítése.
- A molekulák atomjainak elemzése (Rosszabb): QTAIM és WFN.
- Molekula-felület kölcsönhatások.
- Tudunk manipulálni, mérni és igazítani az eszközöket. Számíthatunk rá is eszközök kiválasztása, automatikus elforgatása és automatikus optimalizálása.
- A csapat Az Avogadro minden felhasználónak egy sor készletet kínál oktatóanyagok így a fejlesztők segíthetnek, forrásból összeállíthatják és hozzájárulhatnak a bővítményekhez. Egyértelmű API dokumentációt is közzétesznek.
Telepítse az Avogadro-t az Ubuntura
Avogadro az elérhető a flatpak csomag az Ubuntu rendszerhez. A program telepítése előtt engedélyeznünk kell ezt a technológiát a rendszerünkben. Ha még mindig nincs, és az Ubuntu 20.04-et használja, folytathatja Az útmutató hogy egy kolléga írt erre a blogra egy ideje.
Ha már engedélyezte ezt a technológiát a rendszerén, folytathatja a telepítést. Csak meg kell nyitnia egy terminált (Ctrl + Alt + T), és futtatnia kell benne a következő parancsot telepítse az Avogadrót:
flatpak install flathub org.openchemistry.Avogadro2
A telepítés után megteheti futtassa a programot a korsót keresi csapatunkból. Megnyithatja az Avogadro molekulaszerkesztőt a terminál következő parancsával:
flatpak run org.openchemistry.Avogadro2
eltávolítást
hogy távolítsa el ezt a programot, csak meg kell nyitnunk egy terminált (Ctrl + Alt + T), és végre kell hajtanunk benne a parancsot:
flatpak uninstall org.openchemistry.Avogadro2
Az Avogadro egy fejlett molekulanéző és -szerkesztő, amelyet platformokon keresztüli felhasználásra terveztek olyan területeken, mint a számítási kémia, a molekuláris modellezés, a bioinformatika, az anyagtudomány és a kapcsolódó területek. Mi több rugalmas minőségi megjelenítést kínál hatékony plugin architektúrával.
Ez a szoftver egy nyílt forráskódú projekt, amelynek célja, hogy minden fejlesztő, kutató és hallgató korlátozás nélkül használhassa, aki akar. Az tud további információ erről a programról: projekt honlapja vagy a te oldal a GitHubon.