iRASPA Molecular Visualizer / Editor, molekuláris szerkesztő és megjelenítő

az iRASPA-ról

A következő cikkben megnézzük az iRASPA-t. Ez ingyenes molekuláris szerkesztő és néző az MIT licenc alatt kiadott Gnu / Linux, MacOS és Windows rendszerekhez. Támogatja a fémeket, a fémoxidokat, a kerámiákat, a bioanyagokat, a zeolitokat, az agyagokat, a fém-szerves szerkezeteket és még sok mást. Több mint 8000 szerkezetet tartalmaz a CoRE Metal-Organic Frameworks adatbázisból. Ha kémia területén vagy más, molekulákkal foglalkozó területen dolgozik, ez a program hasznos lehet az Ön számára. A következő sorokban megnézzük, hogyan telepíthetjük az iRASPA molekuláris megjelenítőt az Ubuntuba a Snap segítségével.

Ez egy megjelenítési csomag, szerkesztési képességekkel, az anyagtudomány számára. Továbbá ezzel a programmal képesek leszünk nagy struktúrákat (atomok százezreit) kezelni, beleértve a környezeti elzáródást is, magas képkockasebességgel. Ez a szoftver kihasználni a legújabb megjelenítési technológiákat jó teljesítménnyel.

Az iRASPA-val létrehozhatunk és szerkeszthetünk struktúrákat, képeket és filmeket. Emellett környezeti elzáródással, nagy dinamikatartományú megjelenítéssel, adszorpciós felületekkel, szöveges kommentárokkal, sejtmásolatokkal és szuper cellákkal is jár. Támogatja a hengereket, gömböket, sokszögű prizmákat és szimmetriaműveleteket. A támogatott bemeneti formátumok: CIF, mmCIF, PDB, XYZ és VASP POSCAR / CONTCAR / XDATCAR. A támogatott kimeneti formátumok: CIF-, 8/16 bites, RGB / CMYK, veszteségmentes TIFF képekhez és mp4 (h264) videókhoz.

elemek iRASPA

Ez a program már készítette: David Dubbeldam (Amszterdami Egyetem, Hollandia), Sofia Calero (Pablo de Olavide Egyetem, Sevilla, Spanyolország) és Thijs Vlugt (Delfti Műszaki Egyetem, Hollandia). Számítottak Randall Q. Snurr (Északnyugati Egyetem, Evanston, USA) és Chung G. Yongchul (Kémiai és Biomolekuláris Mérnöki Iskola, Busan, Dél-Korea). Az alkalmazás a Swift 4-ben íródott.

Az IRASPA általános jellemzői

Az iRASPA működik

Az iRASPA néhány fő jellemzője:

  • Az iCloud segítségével, Az iRASPA hozzáféréssel rendelkezik a CoRE Metal-Organic Frameworks adatbázishoz, amely 4764 és 2932 atomtöltettel továbbfejlesztett struktúrát tartalmaz.
  • Minden szerkezet szűrhető (valós időben) a felhasználó által definiált paraméterek felhasználásával.
  • La A főablak a fő kezelőfelület a projektek minden részének megtekintéséhez, szerkesztéséhez és kezeléséhez. A fő részletek felületét használja, ahol a fő nézetvezérlőn (a projekt mester nézete) változás más nézetekben.
  • Szerkezetek létrehozása és szerkesztése.
  • Alkothatunk kiváló minőségű képek.
  • A környezeti elzáródás és nagy dinamikatartományú megjelenítés.
  • Képesek leszünk alkotni szerkezetek kollázsa.
  • A program lehetővé teszi számunkra szöveges kommentár.
  • Sejtreplikák és szuper sejtek.
  • Szimmetria műveletek mint űrcsoport és primitív sejt detektálás.
  • GPU kiszámítása az üreg frakcióra és a felületre pillanatok alatt.

Ezek csak az iRASPA jellemzői. Ők tudnak részletesen konzultáljon mindegyikkel a Projekt web wiki.

Telepítse az iRASPA-t az Ubuntu-ra

Az iRASPA molekuláris megjelenítő telepítéséhez a Snap segítségével az Ubuntu rendszerünkre telepítve kell lennie ehhez a technológiához. Ha nem rendelkezik ezzel a technológiával a rendszerében, akkor megteheti kövesse a bemutatott oktatóanyagot snapcraft hogy folytassa a telepítést.

Miután telepíthetjük a snap alkalmazásokat a rendszerre, megtehetjük telepítse az iRASPA Molecular Visualizer / Editor alkalmazást a snap csomagkezelőn keresztül. Ehhez csak egy terminált kell megnyitnunk (Ctrl + Alt + T), és végre kell hajtanunk a következő parancsot:

távolítsa el az iRASPA alkalmazást

sudo snap install iraspa

Ha bármikor szüksége van rá frissítse a programot, a terminálon történő futtatással:

sudo snap refresh iraspa

Indíthatjuk a programot az Alkalmazások / Board / Tevékenységek menüből vagy bármely más, a számítógépünkre telepített alkalmazásindítóból. Azt is megtehetjük indítsa el az iRASPA Molecular Visualizer / Editor alkalmazást az Ubuntuban ezzel a paranccsal a terminálban (Ctrl + Alt + T):

iraspa

eltávolítást

hogy távolítsa el az iRASPA molekuláris megtekintőt a Snap, csak egy terminált kell megnyitnunk (Ctrl + Alt + T), majd végrehajtani a következő parancsot:

Távolítsa el az iRASPA alkalmazást

sudo snap remove iraspa

A felhasználók képesek lesznek rá további információ erről a programról: projekt honlapja.


Legyen Ön az első hozzászóló

Hagyja megjegyzését

E-mail címed nem kerül nyilvánosságra. Kötelező mezők vannak jelölve *

*

*

  1. Az adatokért felelős: Miguel Ángel Gatón
  2. Az adatok célja: A SPAM ellenőrzése, a megjegyzések kezelése.
  3. Legitimáció: Az Ön beleegyezése
  4. Az adatok közlése: Az adatokat csak jogi kötelezettség alapján továbbítjuk harmadik felekkel.
  5. Adattárolás: Az Occentus Networks (EU) által üzemeltetett adatbázis
  6. Jogok: Bármikor korlátozhatja, helyreállíthatja és törölheti adatait.