PyMOL, instal Python Molecular Graphics di Ubuntu menggunakan Flatpak

tentang PyMOL

Pada artikel berikutnya kita akan melihat PyMol. Grafik Molekuler Python adalah sebuah program yang memungkinkan kita untuk memanipulasi dan memvisualisasikan molekul, dan itu dapat kita instal di Ubuntu berkat paket Flatpak-nya. Ini adalah salah satu dari sedikit alat visualisasi open source yang tersedia untuk digunakan dalam biologi struktural.

Adapun bagian Py dari nama program ini, mengacu pada fakta bahwa itu dapat diperluas berkat bahasa pemrograman Python. Menurut yang mana, dapat diperluas untuk melakukan analisis kompleks struktur molekul menggunakan perpustakaan yang tersedia untuk Python, sebagaimana adanya JumlahPy atau pylab.

PyMOL adalah penampil molekuler open source yang dibuat oleh Warren Lyford Delano dan dipasarkan oleh Delano Scientific LLC, yang merupakan perusahaan yang didedikasikan untuk menciptakan alat yang dapat diakses secara universal untuk komunitas ilmiah dan pendidikan. Program ini juga cocok untuk menghasilkan gambar 3D berkualitas tinggi dari molekul kecil dan makromolekul biologis. PyMOL memiliki kemampuan untuk memuat, memanipulasi, dan memvisualisasikan molekul dari berbagai format dan sumber.. Program dapat dengan mudah dikontrol melalui GUI berbasis menu atau dari sejumlah besar pintasan keyboard dan/atau skrip. A tersedia pelacak sinar Terintegrasi untuk menghasilkan gambar berkualitas tinggi untuk tampilan yang dihasilkan.

contoh pimol

Ini adalah produk komersial, tapi sebagian besar kode sumbernya tersedia dari repositori di GitHub gratis di bawah lisensi permisif. Proyek ini dikelola oleh Schrödinger dan pada akhirnya didanai oleh semua orang yang memperoleh lisensi PyMOL.

Karakteristik umum PyMOL

Pengaturan PyMOL Adanaced

  • Programnya menawarkan grafis berkualitas. Pelacak sinar bawaan menghadirkan bayangan dan kedalaman ke pemandangan apa pun. Kami juga dapat merender secara eksternal.
  • Buat Video bisa sesederhana memuat banyak file PDB dan tekan putar.
  • Gambar dapat disalin dan ditempel langsung ke PowerPoint dan Keynote. Gambar diam dan urutan yang diberikan dapat dihasilkan dalam format PNG dan sebagai video QuickTime.
  • itu ekspresi logis arbitrer membuat tampilan dan pengeditan menjadi mudah.
  • Akun dengan interpretasi permukaan baik, dan permukaan mesh juga didukung.
  • Los kartun dengan PyMOL mereka mudah dibuat dan dirender.
  • Program ini akan memungkinkan kita kendalikan dari baris perintah dan dari GUI.

PyMOL berfungsi

  • Struktur dapat dipotong, dimutasi, dan dipasang kembali dengan cepat dan menulis ke file standar (PDB, MOL/SDF).
  • Aplikasi ini dapat diinstal ke melihat, menganalisis, dan menyiapkan gambar grafis protein dan data struktural eksperimental (misalnya kristalografi, berbasis NMR dan mikroskop elektron).
  • Salah satu cara terbaik untuk mengontrol PyMOL adalah melalui skrip yang dapat digunakan kembali, yang dapat ditulis dalam bahasa perintah atau Python.
  • Kode lintas platform. Ini memiliki basis kode tunggal dan kompatibel dengan Unix, Macintosh dan Windows, menggunakan OpenGL dan Python, di samping satu set kecil dependensi open source eksternal.
  • Pengembangan antarmuka pengguna telah berfokus terutama pada kemampuan, bukan kemudahan penggunaan bagi pengguna baru.
  • Jerami antarmuka pemrograman berorientasi perintah monolitik.

Ini hanya beberapa fitur dari program ini. Mereka bisa konsultasikan semuanya secara detail dari wiki dari proyek tersebut.

Instal PyMOL di Ubuntu melalui Flatpak

Program ini dapat ditemukan tersedia di Flathub. Untuk instal Python Molecular Graphics di Ubuntu melalui Flatpak, teknologi ini harus diaktifkan di peralatan kami. Jika Anda menggunakan Ubuntu 20.04 dan tidak memilikinya, Anda dapat melanjutkan Petunjuk seorang rekan menulis di blog ini tentang hal itu.

Ketika Anda dapat menginstal paket jenis ini di komputer Anda, Anda hanya perlu membuka terminal (Ctrl + Alt + T) dan gunakan perintah berikut di dalamnya untuk instal program melalui Flatpak:

instal dengan flatpak

flatpak install --user https://flathub.org/repo/appstream/org.pymol.PyMOL.flatpakref

Jika Anda membutuhkan perbarui program, ketika versi baru tersedia, di terminal hanya perlu menjalankan perintah:

flatpak --user update org.pymol.PyMOL

Setelah instalasi, kita bisa memulai program dari menu Aplikasi atau peluncur aplikasi lain yang kami miliki. Kami juga dapat menjalankan di terminal (Ctrl + Alt + T) perintah:

peluncur pimol

flatpak run org.pymol.PyMOL

Copot pemasangan

Jika Anda mau uninstall Python Molecular Graphics dari komputer Anda, Anda hanya perlu membuka terminal (Ctrl + Alt + T) dan jalankan di dalamnya:

hapus instalan PyMOL

flatpak uninstall org.pymol.PyMOL

PyMOL adalah penampil dan penyaji molekul yang cakap. Ini dapat digunakan untuk menyiapkan gambar berkualitas publikasi, untuk membagikan hasil interaktif, atau untuk menghasilkan animasi yang telah dirender sebelumnya. Saat ini, banyak ilmuwan di seluruh dunia secara rutin menggunakan PyMOL untuk tugas-tugas ini. Pengguna yang ingin tahu lebih banyak tentang program ini atau cara kerjanya, dapat pergi ke situs web atau wiki dari proyek tersebut.


Isi artikel mengikuti prinsip kami etika editorial. Untuk melaporkan kesalahan, klik di sini.

Jadilah yang pertama mengomentari

tinggalkan Komentar Anda

Alamat email Anda tidak akan dipublikasikan.

*

*

  1. Penanggung jawab data: Miguel Ángel Gatón
  2. Tujuan data: Mengontrol SPAM, manajemen komentar.
  3. Legitimasi: Persetujuan Anda
  4. Komunikasi data: Data tidak akan dikomunikasikan kepada pihak ketiga kecuali dengan kewajiban hukum.
  5. Penyimpanan data: Basis data dihosting oleh Occentus Networks (UE)
  6. Hak: Anda dapat membatasi, memulihkan, dan menghapus informasi Anda kapan saja.