PyMOL, ಫ್ಲಾಟ್‌ಪ್ಯಾಕ್ ಬಳಸಿ ಉಬುಂಟುನಲ್ಲಿ ಪೈಥಾನ್ ಮಾಲಿಕ್ಯುಲರ್ ಗ್ರಾಫಿಕ್ಸ್ ಅನ್ನು ಸ್ಥಾಪಿಸಿ

PyMOL ಬಗ್ಗೆ

ಮುಂದಿನ ಲೇಖನದಲ್ಲಿ ನಾವು PyMol ಅನ್ನು ನೋಡೋಣ. ಪೈಥಾನ್ ಆಣ್ವಿಕ ಗ್ರಾಫಿಕ್ಸ್ ಆಗಿದೆ ಅಣುಗಳನ್ನು ಕುಶಲತೆಯಿಂದ ಮತ್ತು ದೃಶ್ಯೀಕರಿಸಲು ನಮಗೆ ಅನುಮತಿಸುವ ಒಂದು ಪ್ರೋಗ್ರಾಂ, ಮತ್ತು ಅದರ ಫ್ಲಾಟ್‌ಪ್ಯಾಕ್ ಪ್ಯಾಕೇಜ್‌ಗೆ ಧನ್ಯವಾದಗಳು ನಾವು ಉಬುಂಟುನಲ್ಲಿ ಸ್ಥಾಪಿಸಬಹುದು. ರಚನಾತ್ಮಕ ಜೀವಶಾಸ್ತ್ರದಲ್ಲಿ ಬಳಸಲು ಲಭ್ಯವಿರುವ ಕೆಲವು ತೆರೆದ ಮೂಲ ದೃಶ್ಯೀಕರಣ ಸಾಧನಗಳಲ್ಲಿ ಇದು ಒಂದಾಗಿದೆ.

ಈ ಪ್ರೋಗ್ರಾಂನ ಹೆಸರಿನ ಪೈ ಭಾಗಕ್ಕೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದಂತೆ, ಇದು ಪೈಥಾನ್ ಪ್ರೋಗ್ರಾಮಿಂಗ್ ಭಾಷೆಗೆ ಧನ್ಯವಾದಗಳು ವಿಸ್ತರಿಸಬಹುದಾದ ಅಂಶವನ್ನು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ. ಅದರ ಪ್ರಕಾರ, ಪೈಥಾನ್‌ಗೆ ಲಭ್ಯವಿರುವ ಗ್ರಂಥಾಲಯಗಳನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಆಣ್ವಿಕ ರಚನೆಗಳ ಸಂಕೀರ್ಣ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯನ್ನು ಮಾಡಲು ವಿಸ್ತರಿಸಬಹುದು, ಅವರು ಇದ್ದಂತೆ ನಂಬಿ ಅಥವಾ ಪೈಲ್ಯಾಬ್.

PyMOL ಎಂಬುದು ವಾರೆನ್ ಲೈಫೋರ್ಡ್ ಡೆಲಾನೊ ಅವರಿಂದ ರಚಿಸಲ್ಪಟ್ಟ ಮತ್ತು ಡೆಲಾನೊ ಸೈಂಟಿಫಿಕ್ LLC ನಿಂದ ಮಾರಾಟವಾದ ಮುಕ್ತ ಮೂಲ ಆಣ್ವಿಕ ವೀಕ್ಷಕವಾಗಿದೆ, ಇದು ವೈಜ್ಞಾನಿಕ ಮತ್ತು ಶೈಕ್ಷಣಿಕ ಸಮುದಾಯಗಳಿಗೆ ಸಾರ್ವತ್ರಿಕವಾಗಿ ಪ್ರವೇಶಿಸಬಹುದಾದ ಸಾಧನಗಳನ್ನು ರಚಿಸಲು ಮೀಸಲಾಗಿರುವ ಕಂಪನಿಯಾಗಿದೆ. ಸಣ್ಣ ಅಣುಗಳು ಮತ್ತು ಜೈವಿಕ ಸ್ಥೂಲ ಅಣುಗಳ ಉತ್ತಮ ಗುಣಮಟ್ಟದ 3D ಚಿತ್ರಗಳನ್ನು ತಯಾರಿಸಲು ಈ ಪ್ರೋಗ್ರಾಂ ಸೂಕ್ತವಾಗಿದೆ. PyMOL ವಿವಿಧ ಸ್ವರೂಪಗಳು ಮತ್ತು ಮೂಲಗಳಿಂದ ಅಣುಗಳನ್ನು ಲೋಡ್ ಮಾಡುವ, ಕುಶಲತೆಯಿಂದ ಮತ್ತು ದೃಶ್ಯೀಕರಿಸುವ ಸಾಮರ್ಥ್ಯವನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ.. ಪ್ರೋಗ್ರಾಂ ಅನ್ನು ಮೆನು ಆಧಾರಿತ GUI ಮೂಲಕ ಅಥವಾ ಹೆಚ್ಚಿನ ಸಂಖ್ಯೆಯ ಮೂಲಕ ಸುಲಭವಾಗಿ ನಿಯಂತ್ರಿಸಬಹುದು ಕೀಬೋರ್ಡ್ ಶಾರ್ಟ್‌ಕಟ್‌ಗಳು ಮತ್ತು / ಅಥವಾ ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಟ್‌ಗಳು. ಎ ಲಭ್ಯವಿದೆ ರೇಟ್ರೇಸರ್ ರಚಿತವಾದ ವೀಕ್ಷಣೆಗಳಿಗಾಗಿ ಉತ್ತಮ ಗುಣಮಟ್ಟದ ಚಿತ್ರಗಳನ್ನು ರಚಿಸಲು ಸಂಯೋಜಿಸಲಾಗಿದೆ.

ಪೈಮೋಲ್ ಉದಾಹರಣೆಗಳು

ಇದು ವಾಣಿಜ್ಯ ಉತ್ಪನ್ನವಾಗಿದೆ, ಆದರೆ ಅದರ ಹೆಚ್ಚಿನ ಮೂಲ ಕೋಡ್ ಅದರ ರೆಪೊಸಿಟರಿಯಿಂದ ಲಭ್ಯವಿದೆ GitHub ಅನುಮತಿ ಪರವಾನಗಿ ಅಡಿಯಲ್ಲಿ ಉಚಿತವಾಗಿ. ಈ ಯೋಜನೆಯನ್ನು ಶ್ರೋಡಿಂಗರ್ ನಿರ್ವಹಿಸುತ್ತಾರೆ ಮತ್ತು ಅಂತಿಮವಾಗಿ PyMOL ಪರವಾನಗಿಯನ್ನು ಪಡೆದುಕೊಳ್ಳುವ ಪ್ರತಿಯೊಬ್ಬರಿಂದ ಹಣವನ್ನು ನೀಡಲಾಗುತ್ತದೆ.

PyMOL ನ ಸಾಮಾನ್ಯ ಗುಣಲಕ್ಷಣಗಳು

PyMOL ಅಡಾನೆಸ್ಡ್ ಸೆಟ್ಟಿಂಗ್‌ಗಳು

  • ಪ್ರೋಗ್ರಾಂ ಗುಣಮಟ್ಟದ ಗ್ರಾಫಿಕ್ಸ್ ನೀಡುತ್ತದೆ. ಅಂತರ್ನಿರ್ಮಿತ ರೇ ಟ್ರೇಸರ್ ಯಾವುದೇ ದೃಶ್ಯಕ್ಕೆ ನೆರಳುಗಳು ಮತ್ತು ಆಳವನ್ನು ತರುತ್ತದೆ. ನಾವು ಬಾಹ್ಯವಾಗಿಯೂ ನಿರೂಪಿಸಬಹುದು.
  • ವೀಡಿಯೊಗಳನ್ನು ರಚಿಸಿ ಬಹುವನ್ನು ಲೋಡ್ ಮಾಡುವಷ್ಟು ಸರಳವಾಗಿರಬಹುದು PDB ಫೈಲ್‌ಗಳು ಮತ್ತು ಪ್ಲೇ ಒತ್ತಿರಿ.
  • ಚಿತ್ರಗಳನ್ನು ನೇರವಾಗಿ ಪವರ್‌ಪಾಯಿಂಟ್ ಮತ್ತು ಕೀನೋಟ್‌ಗೆ ನಕಲಿಸಬಹುದು ಮತ್ತು ಅಂಟಿಸಬಹುದು. ಸ್ಟಿಲ್ ಚಿತ್ರಗಳು ಮತ್ತು ಸಲ್ಲಿಸಿದ ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು PNG ಸ್ವರೂಪದಲ್ಲಿ ಮತ್ತು ಕ್ವಿಕ್‌ಟೈಮ್ ವೀಡಿಯೊಗಳಾಗಿ ರಚಿಸಬಹುದು.
  • ದಿ ಅನಿಯಂತ್ರಿತ ತಾರ್ಕಿಕ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿಗಳು ವೀಕ್ಷಣೆ ಮತ್ತು ಸಂಪಾದನೆಯನ್ನು ಸುಲಭಗೊಳಿಸಿ.
  • ಖಾತೆಯೊಂದಿಗೆ ಮೇಲ್ಮೈ ವ್ಯಾಖ್ಯಾನಗಳು ಉತ್ತಮ, ಮತ್ತು ಜಾಲರಿ ಮೇಲ್ಮೈಗಳು ಸಹ ಬೆಂಬಲಿತವಾಗಿದೆ.
  • ದಿ PyMOL ಜೊತೆ ಕಾರ್ಟೂನ್ಗಳು ಅವರು ರಚಿಸಲು ಮತ್ತು ನಿರೂಪಿಸಲು ಸುಲಭ.
  • ಪ್ರೋಗ್ರಾಂ ನಮಗೆ ಅನುಮತಿಸುತ್ತದೆ ಆಜ್ಞಾ ಸಾಲಿನಿಂದ ಮತ್ತು GUI ನಿಂದ ಅದನ್ನು ನಿಯಂತ್ರಿಸಿ.

PyMOL ಕಾರ್ಯನಿರ್ವಹಿಸುತ್ತಿದೆ

  • ರಚನೆಗಳನ್ನು ಕತ್ತರಿಸಬಹುದು, ರೂಪಾಂತರಗೊಳಿಸಬಹುದು ಮತ್ತು ಫ್ಲೈನಲ್ಲಿ ಮರುಜೋಡಿಸಬಹುದು ಮತ್ತು ಪ್ರಮಾಣಿತ ಫೈಲ್‌ಗಳಿಗೆ ಬರೆಯಿರಿ (PDB, MOL / SDF).
  • ಈ ಅಪ್ಲಿಕೇಶನ್ ಅನ್ನು ಸ್ಥಾಪಿಸಬಹುದು ಪ್ರೋಟೀನ್‌ಗಳು ಮತ್ತು ಪ್ರಾಯೋಗಿಕ ರಚನಾತ್ಮಕ ದತ್ತಾಂಶಗಳ ಚಿತ್ರಾತ್ಮಕ ಚಿತ್ರಗಳನ್ನು ವೀಕ್ಷಿಸಿ, ವಿಶ್ಲೇಷಿಸಿ ಮತ್ತು ಸಿದ್ಧಪಡಿಸಿ (ಉದಾ. ಸ್ಫಟಿಕಶಾಸ್ತ್ರ, NMR ಆಧಾರಿತ ಮತ್ತು ಎಲೆಕ್ಟ್ರಾನ್ ಮೈಕ್ರೋಸ್ಕೋಪಿ).
  • PyMOL ಅನ್ನು ನಿಯಂತ್ರಿಸಲು ಉತ್ತಮ ಮಾರ್ಗವೆಂದರೆ ಮರುಬಳಕೆ ಮಾಡಬಹುದಾದ ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಟ್‌ಗಳ ಮೂಲಕ, ಇದನ್ನು ಆಜ್ಞಾ ಭಾಷೆ ಅಥವಾ ಪೈಥಾನ್‌ನಲ್ಲಿ ಬರೆಯಬಹುದು.
  • ಕ್ರಾಸ್ ಪ್ಲಾಟ್‌ಫಾರ್ಮ್ ಕೋಡ್. ಇದು ಓಪನ್ ಸೋರ್ಸ್ ಬಾಹ್ಯ ಅವಲಂಬನೆಗಳ ಒಂದು ಸಣ್ಣ ಸೆಟ್ ಜೊತೆಗೆ OpenGL ಮತ್ತು Python ಅನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು Unix, Macintosh ಮತ್ತು Windows ಗೆ ಹೊಂದಿಕೆಯಾಗುವ ಏಕೈಕ ಕೋಡ್ ಬೇಸ್ ಅನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ.
  • ಬಳಕೆದಾರ ಇಂಟರ್ಫೇಸ್ನ ಅಭಿವೃದ್ಧಿ ಪ್ರಾಥಮಿಕವಾಗಿ ಸಾಮರ್ಥ್ಯಗಳ ಮೇಲೆ ಕೇಂದ್ರೀಕರಿಸಿದೆ, ಹೊಸ ಬಳಕೆದಾರರಿಗೆ ಬಳಸಲು ಸುಲಭವಲ್ಲ.
  • ಹೇ ಏಕ ಏಕಶಿಲೆಯ ಕಮಾಂಡ್-ಓರಿಯೆಂಟೆಡ್ ಪ್ರೋಗ್ರಾಮಿಂಗ್ ಇಂಟರ್ಫೇಸ್.

ಇವುಗಳು ಈ ಕಾರ್ಯಕ್ರಮದ ಕೆಲವು ವೈಶಿಷ್ಟ್ಯಗಳಾಗಿವೆ. ಅವರಿಂದ ಸಾಧ್ಯ ಅವೆಲ್ಲವನ್ನೂ ವಿವರವಾಗಿ ನೋಡಿ ವಿಕಿ ಯೋಜನೆಯ.

Flatpak ಮೂಲಕ ಉಬುಂಟುನಲ್ಲಿ PyMOL ಅನ್ನು ಸ್ಥಾಪಿಸಿ

ಈ ಪ್ರೋಗ್ರಾಂ ಅನ್ನು ಇಲ್ಲಿ ಕಾಣಬಹುದು ಫ್ಲಾಥಬ್. ಫಾರ್ ಫ್ಲಾಟ್‌ಪ್ಯಾಕ್ ಮೂಲಕ ಉಬುಂಟುನಲ್ಲಿ ಪೈಥಾನ್ ಆಣ್ವಿಕ ಗ್ರಾಫಿಕ್ಸ್ ಅನ್ನು ಸ್ಥಾಪಿಸಿ, ನಮ್ಮ ಉಪಕರಣಗಳಲ್ಲಿ ಈ ತಂತ್ರಜ್ಞಾನವನ್ನು ಸಕ್ರಿಯಗೊಳಿಸುವುದು ಅವಶ್ಯಕ. ನೀವು ಉಬುಂಟು 20.04 ಅನ್ನು ಬಳಸಿದರೆ ಮತ್ತು ಅದನ್ನು ಹೊಂದಿಲ್ಲದಿದ್ದರೆ, ನೀವು ಮುಂದುವರಿಸಬಹುದು ಮಾರ್ಗದರ್ಶಕ ಅದರ ಬಗ್ಗೆ ಸಹೋದ್ಯೋಗಿಯೊಬ್ಬರು ಈ ಬ್ಲಾಗ್‌ನಲ್ಲಿ ಬರೆದಿದ್ದಾರೆ.

ನಿಮ್ಮ ಕಂಪ್ಯೂಟರ್‌ನಲ್ಲಿ ಈ ರೀತಿಯ ಪ್ಯಾಕೇಜ್ ಅನ್ನು ನೀವು ಸ್ಥಾಪಿಸಿದಾಗ, ಟರ್ಮಿನಲ್ ಅನ್ನು ತೆರೆಯುವುದು (Ctrl + Alt + T) ಮತ್ತು ಅದರಲ್ಲಿ ಈ ಕೆಳಗಿನ ಆಜ್ಞೆಯನ್ನು ಬಳಸುವುದು ಮಾತ್ರ ಅಗತ್ಯವಾಗಿರುತ್ತದೆ Flatpak ಮೂಲಕ ಪ್ರೋಗ್ರಾಂ ಅನ್ನು ಸ್ಥಾಪಿಸಿ:

ಫ್ಲಾಟ್‌ಪ್ಯಾಕ್‌ನೊಂದಿಗೆ ಸ್ಥಾಪಿಸಿ

flatpak install --user https://flathub.org/repo/appstream/org.pymol.PyMOL.flatpakref

ನಿಮಗೆ ಅಗತ್ಯವಿದ್ದರೆ ಪ್ರೋಗ್ರಾಂ ಅನ್ನು ನವೀಕರಿಸಿ, ಹೊಸ ಆವೃತ್ತಿಯು ಲಭ್ಯವಿದ್ದಾಗ, ಟರ್ಮಿನಲ್‌ನಲ್ಲಿ ಆಜ್ಞೆಯನ್ನು ಕಾರ್ಯಗತಗೊಳಿಸಲು ಮಾತ್ರ ಇದು ಅಗತ್ಯವಾಗಿರುತ್ತದೆ:

flatpak --user update org.pymol.PyMOL

ಅನುಸ್ಥಾಪನೆಯ ನಂತರ, ನಾವು ಮಾಡಬಹುದು ಪ್ರೋಗ್ರಾಂ ಅನ್ನು ಪ್ರಾರಂಭಿಸಿ ಅಪ್ಲಿಕೇಶನ್‌ಗಳ ಮೆನು ಅಥವಾ ನಾವು ಲಭ್ಯವಿರುವ ಯಾವುದೇ ಇತರ ಅಪ್ಲಿಕೇಶನ್ ಲಾಂಚರ್‌ನಿಂದ. ನಾವು ಟರ್ಮಿನಲ್‌ನಲ್ಲಿ (Ctrl + Alt + T) ಆಜ್ಞೆಯನ್ನು ಸಹ ಕಾರ್ಯಗತಗೊಳಿಸಬಹುದು:

ಪೈಮೋಲ್ ಲಾಂಚರ್

flatpak run org.pymol.PyMOL

ಅಸ್ಥಾಪಿಸು

ನೀವು ಬಯಸಿದರೆ ನಿಮ್ಮ ಕಂಪ್ಯೂಟರ್‌ನಿಂದ ಪೈಥಾನ್ ಆಣ್ವಿಕ ಗ್ರಾಫಿಕ್ಸ್ ಅನ್ನು ಅನ್‌ಇನ್‌ಸ್ಟಾಲ್ ಮಾಡಿ, ನೀವು ಕೇವಲ ಟರ್ಮಿನಲ್ ಅನ್ನು ತೆರೆಯಬೇಕು (Ctrl + Alt + T) ಮತ್ತು ಅದರಲ್ಲಿ ರನ್ ಮಾಡಿ:

PyMOL ಅನ್ನು ಅಸ್ಥಾಪಿಸಿ

flatpak uninstall org.pymol.PyMOL

PyMOL ಒಂದು ಸಮರ್ಥ ಆಣ್ವಿಕ ವೀಕ್ಷಕ ಮತ್ತು ರೆಂಡರರ್ ಆಗಿದೆ. ಪ್ರಕಟಣೆ-ಗುಣಮಟ್ಟದ ಅಂಕಿಅಂಶಗಳನ್ನು ತಯಾರಿಸಲು, ಸಂವಾದಾತ್ಮಕ ಫಲಿತಾಂಶಗಳನ್ನು ಹಂಚಿಕೊಳ್ಳಲು ಅಥವಾ ಪೂರ್ವ-ನಿರೂಪಿತ ಅನಿಮೇಷನ್‌ಗಳನ್ನು ರಚಿಸಲು ಇದನ್ನು ಬಳಸಬಹುದು. ಇಂದು, ಪ್ರಪಂಚದಾದ್ಯಂತದ ಅನೇಕ ವಿಜ್ಞಾನಿಗಳು ಈ ಕಾರ್ಯಗಳಿಗಾಗಿ PyMOL ಅನ್ನು ವಾಡಿಕೆಯಂತೆ ಬಳಸುತ್ತಾರೆ. ಈ ಪ್ರೋಗ್ರಾಂ ಅಥವಾ ಅದು ಹೇಗೆ ಕಾರ್ಯನಿರ್ವಹಿಸುತ್ತದೆ ಎಂಬುದರ ಕುರಿತು ಇನ್ನಷ್ಟು ತಿಳಿದುಕೊಳ್ಳಲು ಬಯಸುವ ಬಳಕೆದಾರರು ಮಾಡಬಹುದು ಗೆ ಹೋಗಿ ವೆಬ್ ಪುಟ ಅಥವಾ ವಿಕಿ ಯೋಜನೆಯ.


ಲೇಖನದ ವಿಷಯವು ನಮ್ಮ ತತ್ವಗಳಿಗೆ ಬದ್ಧವಾಗಿದೆ ಸಂಪಾದಕೀಯ ನೀತಿ. ದೋಷವನ್ನು ವರದಿ ಮಾಡಲು ಕ್ಲಿಕ್ ಮಾಡಿ ಇಲ್ಲಿ.

ಕಾಮೆಂಟ್ ಮಾಡಲು ಮೊದಲಿಗರಾಗಿರಿ

ನಿಮ್ಮ ಅಭಿಪ್ರಾಯವನ್ನು ಬಿಡಿ

ನಿಮ್ಮ ಈಮೇಲ್ ವಿಳಾಸ ಪ್ರಕಟವಾದ ಆಗುವುದಿಲ್ಲ. ಅಗತ್ಯವಿರುವ ಜಾಗ ಗುರುತಿಸಲಾಗಿದೆ *

*

*

  1. ಡೇಟಾಗೆ ಜವಾಬ್ದಾರಿ: ಮಿಗುಯೆಲ್ ಏಂಜೆಲ್ ಗಟಾನ್
  2. ಡೇಟಾದ ಉದ್ದೇಶ: ನಿಯಂತ್ರಣ SPAM, ಕಾಮೆಂಟ್ ನಿರ್ವಹಣೆ.
  3. ಕಾನೂನುಬದ್ಧತೆ: ನಿಮ್ಮ ಒಪ್ಪಿಗೆ
  4. ಡೇಟಾದ ಸಂವಹನ: ಕಾನೂನುಬದ್ಧ ಬಾಧ್ಯತೆಯನ್ನು ಹೊರತುಪಡಿಸಿ ಡೇಟಾವನ್ನು ಮೂರನೇ ವ್ಯಕ್ತಿಗಳಿಗೆ ಸಂವಹನ ಮಾಡಲಾಗುವುದಿಲ್ಲ.
  5. ಡೇಟಾ ಸಂಗ್ರಹಣೆ: ಆಕ್ಸೆಂಟಸ್ ನೆಟ್‌ವರ್ಕ್‌ಗಳು (ಇಯು) ಹೋಸ್ಟ್ ಮಾಡಿದ ಡೇಟಾಬೇಸ್
  6. ಹಕ್ಕುಗಳು: ಯಾವುದೇ ಸಮಯದಲ್ಲಿ ನೀವು ನಿಮ್ಮ ಮಾಹಿತಿಯನ್ನು ಮಿತಿಗೊಳಿಸಬಹುದು, ಮರುಪಡೆಯಬಹುದು ಮತ್ತು ಅಳಿಸಬಹುದು.