पुढील लेखात आपण PyMol वर एक नजर टाकणार आहोत. पायथन मॉलिक्युलर ग्राफिक्स आहे एक प्रोग्राम जो आम्हाला रेणू हाताळण्यास आणि दृश्यमान करण्यास अनुमती देईल, आणि आम्ही Ubuntu मध्ये त्याच्या Flatpak पॅकेजबद्दल धन्यवाद स्थापित करू शकतो. स्ट्रक्चरल बायोलॉजीमध्ये वापरण्यासाठी उपलब्ध असलेल्या काही ओपन सोर्स व्हिज्युअलायझेशन टूल्सपैकी हे एक आहे.
या प्रोग्रॅमच्या नावाच्या Py भागाबाबत, तो Python प्रोग्रामिंग लँग्वेजमुळे विस्तारण्यायोग्य आहे या वस्तुस्थितीचा संदर्भ देतो. त्यानुसार, पायथनसाठी उपलब्ध लायब्ररी वापरून आण्विक संरचनांचे जटिल विश्लेषण करण्यासाठी विस्तारित केले जाऊ शकते, जसे ते आहेत सुन्न किंवा पायलॅब.
PyMOL हे वॉरेन लायफोर्ड डेलानो यांनी तयार केलेले आणि डेलानो सायंटिफिक एलएलसी द्वारे विपणन केलेले एक मुक्त स्रोत आण्विक दर्शक आहे, जी वैज्ञानिक आणि शैक्षणिक समुदायांसाठी सर्वत्र सुलभ साधने तयार करण्यासाठी समर्पित कंपनी आहे. हा कार्यक्रम लहान रेणू आणि जैविक मॅक्रोमोलेक्यूल्सच्या उच्च-गुणवत्तेच्या 3D प्रतिमा तयार करण्यासाठी देखील योग्य आहे. PyMOL मध्ये विविध स्वरूप आणि स्रोतांमधून रेणू लोड करण्याची, हाताळण्याची आणि दृश्यमान करण्याची क्षमता आहे.. प्रोग्राम मेनू-आधारित GUI द्वारे किंवा मोठ्या संख्येने सहजपणे नियंत्रित केला जाऊ शकतो कीबोर्ड शॉर्टकट आणि/किंवा स्क्रिप्ट. ए उपलब्ध आहे रेट्रेसर व्युत्पन्न केलेल्या दृश्यांसाठी उच्च दर्जाच्या प्रतिमा व्युत्पन्न करण्यासाठी एकत्रित.
हे एक व्यावसायिक उत्पादन आहे, परंतु त्याचा बहुतेक स्त्रोत कोड त्याच्या रेपॉजिटरी येथे उपलब्ध आहे GitHub अनुज्ञेय परवान्या अंतर्गत विनामूल्य. या प्रकल्पाची देखरेख श्रोडिंगर द्वारे केली जाते आणि शेवटी PyMOL परवाना प्राप्त करणार्‍या प्रत्येकाद्वारे निधी दिला जातो.
PyMOL ची सामान्य वैशिष्ट्ये
- कार्यक्रम दर्जेदार ग्राफिक्स देते. अंगभूत किरण ट्रेसर कोणत्याही दृश्यात सावल्या आणि खोली आणतो. आम्ही बाह्यरित्या देखील प्रस्तुत करू शकतो.
- व्हिडिओ तयार करा एकाधिक लोड करण्याइतके सोपे असू शकते PDB फाइल्स आणि प्ले दाबा.
- प्रतिमा थेट PowerPoint आणि Keynote मध्ये कॉपी आणि पेस्ट केल्या जाऊ शकतात. स्थिर प्रतिमा आणि प्रस्तुत अनुक्रम PNG स्वरूपात आणि QuickTime व्हिडिओ म्हणून व्युत्पन्न केले जाऊ शकतात.
- अगोदर निर्देश केलेल्या बाबीसंबंधी बोलताना अनियंत्रित तार्किक अभिव्यक्ती पाहणे आणि संपादन करणे सोपे करा.
- खाते पृष्ठभाग व्याख्या चांगले, आणि जाळीदार पृष्ठभाग देखील समर्थित आहेत.
- अगोदर निर्देश केलेल्या बाबीसंबंधी बोलताना PyMOL सह व्यंगचित्रे ते तयार करणे आणि प्रस्तुत करणे सोपे आहे.
- कार्यक्रम आम्हाला परवानगी देईल कमांड लाइन आणि GUI वरून ते नियंत्रित करा.
- माशीवर संरचना कापल्या जाऊ शकतात, बदलल्या जाऊ शकतात आणि पुन्हा एकत्र केल्या जाऊ शकतात आणि मानक फाइल्सवर लिहा (PDB, MOL/SDF).
- हा अनुप्रयोग स्थापित केला जाऊ शकतो प्रथिने आणि प्रायोगिक संरचनात्मक डेटाच्या ग्राफिकल प्रतिमा पहा, विश्लेषण करा आणि तयार करा (उदा. क्रिस्टलोग्राफिक, एनएमआर-आधारित आणि इलेक्ट्रॉन मायक्रोस्कोपी).
- PyMOL नियंत्रित करण्याचा एक उत्तम मार्ग म्हणजे पुन्हा वापरता येण्याजोग्या स्क्रिप्टद्वारे, जे कमांड लँग्वेज किंवा पायथनमध्ये लिहिले जाऊ शकते.
- क्रॉस-प्लॅटफॉर्म कोड. यात एकल कोड बेस आहे जो OpenGL आणि Python वापरून Unix, Macintosh आणि Windows शी सुसंगत आहे, तसेच ओपन सोर्स बाह्य अवलंबनांचा एक छोटा संच आहे.
- वापरकर्ता इंटरफेसचा विकास ने प्रामुख्याने क्षमतांवर लक्ष केंद्रित केले आहे, नवीन वापरकर्त्यांसाठी वापरण्याच्या सुलभतेवर नाही.
- आहे एकल मोनोलिथिक कमांड-ओरिएंटेड प्रोग्रामिंग इंटरफेस.
या कार्यक्रमाची ही काही वैशिष्ट्ये आहेत. ते करू शकतात च्या सर्वांचा सविस्तर सल्ला घ्या विकी प्रकल्प.
फ्लॅटपॅक मार्गे उबंटूवर पायमोल स्थापित करा
हा कार्यक्रम येथे उपलब्ध आहे फ्लॅथब. साठी फ्लॅटपॅक मार्गे उबंटूवर पायथन मॉलिक्युलर ग्राफिक्स स्थापित करा, आमच्या उपकरणांमध्ये हे तंत्रज्ञान सक्षम असणे आवश्यक आहे. जर तुम्ही Ubuntu 20.04 वापरत असाल आणि तुमच्याकडे नसेल, तर तुम्ही सुरू ठेवू शकता मार्गदर्शक एका सहकाऱ्याने या ब्लॉगवर याबद्दल लिहिले.
जेव्हा तुम्ही तुमच्या कॉम्प्युटरवर या प्रकारचे पॅकेज इन्स्टॉल करू शकता, तेव्हा तुम्हाला फक्त टर्मिनल (Ctrl + Alt + T) उघडावे लागेल आणि त्यामध्ये खालील कमांड वापरा. Flatpak द्वारे प्रोग्राम स्थापित करा:
flatpak install --user https://flathub.org/repo/appstream/org.pymol.PyMOL.flatpakref
आपल्याला आवश्यक असल्यास प्रोग्राम अपडेट करा, नवीन आवृत्ती उपलब्ध असताना, टर्मिनलमध्ये फक्त कमांड कार्यान्वित करणे आवश्यक आहे:
flatpak --user update org.pymol.PyMOL
स्थापनेनंतर, आम्ही करू शकतो कार्यक्रम सुरू करा ऍप्लिकेशन्स मेनूमधून किंवा आमच्याकडे उपलब्ध असलेल्या इतर कोणत्याही ऍप्लिकेशन लाँचरमधून. आपण टर्मिनलमध्ये (Ctrl + Alt + T) कमांड देखील कार्यान्वित करू शकतो:
flatpak run org.pymol.PyMOL
विस्थापित करा
तुम्हाला हवे असल्यास तुमच्या संगणकावरून Python Molecular Graphics अनइंस्टॉल करा, तुम्हाला फक्त टर्मिनल उघडावे लागेल (Ctrl + Alt + T) आणि त्यामध्ये कार्यान्वित करा:
flatpak uninstall org.pymol.PyMOL
PyMOL एक सक्षम आण्विक दर्शक आणि प्रस्तुतकर्ता आहे. हे प्रकाशन-गुणवत्तेचे आकडे तयार करण्यासाठी, परस्पर परिणाम सामायिक करण्यासाठी किंवा पूर्व-प्रस्तुत अॅनिमेशन तयार करण्यासाठी वापरले जाऊ शकते. आज, आजूबाजूचे अनेक शास्त्रज्ञ या कामांसाठी नियमितपणे PyMOL वापरतात. ज्या वापरकर्त्यांना या प्रोग्रामबद्दल किंवा ते कसे कार्य करते याबद्दल अधिक जाणून घ्यायचे आहे, ते करू शकतात वर जा वेब पेज किंवा विकी प्रकल्प.