I neste artikkel skal vi ta en titt på Avogadro. Dette er et gratis program med åpen kildekode, molekylær redigering for Gnu / Linux, Windows og MacOS. Det er et program som kan brukes i beregningskjemi, molekylær modellering, bioinformatikk, materialvitenskap og mange andre felt.
Søknaden brukes i VTK for analyse- og visualiseringsmuligheter. Den støtter også volumrepresentasjon for punktdata eller strømningslinjer for vektorfelt. Det tilbyr fleksibel gjengivelse av høy kvalitet og en kraftig plug-in-arkitektur. Er om en enkel og brukervennlig programvare, klar til bruk av studenter og forskere. Avogadro er gratis programvare som du kan distribuere og / eller endre under vilkårene i GNU General Public License, publisert av Free Software Foundation, enten versjon 2 av lisensen eller en hvilken som helst nyere versjon.
I motsetning til andre nettbaserte 2D / 3D-molekylære seere, Avogadro bruker OpenGL direkte og tilbyr native desktop-pakker. Denne applikasjonen bruker et sett med standarder som tillater dataprogrammer å bruke maskinvare 2D / 3D-gjengivelsesfunksjoner (GPU). Avogadro støtter out-of-the-box multi-threaded beregning og prosessering, har interaktive verktøy, kommandoer og tilpassede Python-skript.
Generelle egenskaper ved Avogadro
- A multiplatform-program, slik at vi kan bruke den i Gnu / Linux, Windows og Mac OSX.
- Det er et lett program tilbyr høy ytelse.
- Til tross for alt det tilbyr, har den noe minimumskrav til maskinvare.
- Programmet er oversatt til forskjellige språk, som de er; Kinesisk, fransk, tysk, italiensk, russisk, spansk og noen andre.
- Grensesnittet er klart og enkel å bruke.
- Inkluderer et stort sett med verktøy for måling, justering, visualisering, manipulering og tegning.
- Det vil også tilby oss utvidelser som følger med utvidelseslederen.
- Vil tillate oss importere fra forskjellige applikasjoner.
- Støtter mange åpne formater.
- Vi klarer det se periodisk tabell.
- Det kan vi bygge 2D- og 3D-molekylmodeller.
- Lar deg sette inn, bygge og endre forhåndsdesignede moduler (DNA, RNA, Fragment, SMILES, Peptide, Polymer).
- Visualisering av elektrostatiske potensielle kart.
- Bruken av analyse av atomer i molekyler (Bader): QTAIM og WFN.
- Interaksjoner mellom molekyl og overflate.
- Det kan vi manipulere, måle og justere med verktøy. Vi kan også stole på valg, automatisk rotering og automatisk optimalisering av verktøy.
- Teamet av Avogadro tilbyr alle brukere et sett med tutorials slik at utviklere kan hjelpe, kompilere fra kilde og bidra med utvidelsene dine. De publiserer også tydelig API-dokumentasjon.
Installer Avogadro på Ubuntu
Avogadro er tilgjengelig som en flatpak-pakke for Ubuntu-system. Før vi installerer dette programmet, må vi ha denne teknologien aktivert i systemet vårt. Hvis du fortsatt ikke har det, og du bruker Ubuntu 20.04, kan du fortsette Guiden som en kollega skrev på denne bloggen for en stund siden.
Når du allerede har aktivert denne teknologien på systemet ditt, kan du fortsette med installasjonen. Du trenger bare å åpne en terminal (Ctrl + Alt + T) og kjøre følgende kommando i den til installer Avogadro:
flatpak install flathub org.openchemistry.Avogadro2
Etter installasjonen kan du kjør programmet leter etter kannen på laget vårt. Du kan også åpne Avogadro molekylærredaktør ved å bruke følgende kommando i terminalen:
flatpak run org.openchemistry.Avogadro2
avinstallere
Til fjern dette programmet, vi trenger bare å åpne en terminal (Ctrl + Alt + T) og utføre kommandoen i den:
flatpak uninstall org.openchemistry.Avogadro2
Avogadro er en avansert molekylviser og redaktør, som er designet for bruk på tvers av plattformer innen felt som beregningskjemi, molekylær modellering, bioinformatikk, materialvitenskap og relaterte områder. Hva mer tilbyr fleksibel kvalitetsgjengivelse med en kraftig plugin-arkitektur.
Denne programvaren er et open source-prosjekt, som tar sikte på å bli brukt over hele verden uten begrensninger av alle utviklere, forskere og studenter som ønsker det. Det kan få mer informasjon om dette programmet på prosjektnettsted eller fra din side på GitHub.