Авогадро, редактируйте и визуализируйте молекулы с помощью этой программы с открытым исходным кодом

В следующей статье мы рассмотрим Авогадро. Это бесплатное приложение для молекулярного редактирования с открытым исходным кодом для Gnu / Linux, Windows и MacOS. Это программа, которую можно использовать в вычислительная химия, молекулярное моделирование, биоинформатика, материаловедение и многие другие области.

Приложение используется в ВТК для анализа и визуализации. Он также поддерживает объемное представление для точечных данных или линий разнесения для векторных полей. Он предлагает гибкий высококачественный рендеринг и мощную архитектуру плагинов. Около простое и удобное в использовании программное обеспечение, готовое к использованию студентами и исследователями. Avogadro - это бесплатное программное обеспечение, которое вы можете распространять и / или изменять в соответствии с условиями Стандартной общественной лицензии GNU, опубликованной Free Software Foundation, либо версии 2 Лицензии, либо любой более поздней версии.

В отличие от других веб-программ просмотра 2D / 3D молекулярных изображений, Avogadro напрямую использует OpenGL и предлагает собственные пакеты для рабочего стола. Это приложение использует набор стандартов, которые позволяют компьютерным программам использовать функции аппаратного рендеринга 2D / 3D (GPU / ГРАФИЧЕСКИЙ ПРОЦЕССОР). Avogadro поддерживает готовые многопоточные вычисления и обработку, имеет интерактивные инструменты, команды и пользовательские сценарии Python.

Общие характеристики Авогадро

• Это мультиплатформенная программа, поэтому мы можем использовать его в Gnu / Linux, Windows и Mac OSX.
• Есть световая программа предлагая высокую производительность.
• Несмотря на все, что он предлагает, в нем есть минимальные требования к оборудованию.
• Программа переведено на разные языки, как они есть; Китайский, французский, немецкий, итальянский, русский, испанский и др..
• Его интерфейс понятен и проста в использовании.
• Включает в себя большой набор инструменты для измерения, выравнивания, визуализации, манипуляции и рисования.
• Он также предложит нам расширения в комплекте с менеджером расширений.
• Позволит нам импорт из различных приложений.
• Поддерживает множество открытых форматов.

• Мы сможем свериться с периодической таблицей.
• Мы можем строить 2D- и 3D-модели молекул.
• Позволяет вставлять, создавать и изменять готовые модули (ДНК, РНК, фрагмент, улыбки, пептид, полимер).
• Визуализация карт электростатического потенциала.
• Использование анализ атомов в молекулах (Bader): QTAIM и WFN.
• Молекула-поверхность взаимодействия.

• Мы можем манипулировать, измерять и согласовывать с инструментами. Мы также можем рассчитывать на инструменты выбора, автоповорота и автоматической оптимизации.
• команда Avogadro предлагает всем пользователям набор учебные пособия чтобы разработчики могли помогать, компилировать из исходников и вносить ваши расширения. Они также публикуют четкую документацию по API.

Установите Avogadro на Ubuntu

Авогадро доступен как плоский пакет для системы Ubuntu. Перед установкой этой программы мы должны включить эту технологию в нашей системе. Если у вас его все еще нет, но вы используете Ubuntu 20.04, вы можете продолжить гид что коллега написал в этом блоге некоторое время назад.

Если в вашей системе уже включена эта технология, вы можете продолжить установку. Вам просто нужно открыть терминал (Ctrl + Alt + T) и запустить в нем следующую команду, чтобы установить Авогадро:

flatpak install flathub org.openchemistry.Avogadro2

После установки вы можете запустить программу ищу питчера в нашей команде. Вы также можете открыть молекулярный редактор Avogadro, используя следующую команду в терминале:

flatpak run org.openchemistry.Avogadro2

деинсталляция

к удалить эту программу, нам нужно будет только открыть терминал (Ctrl + Alt + T) и выполнить в нем команду:

flatpak uninstall org.openchemistry.Avogadro2

Avogadro - это продвинутая программа просмотра и редактирования молекул, предназначенная для кроссплатформенного использования в таких областях, как вычислительная химия, молекулярное моделирование, биоинформатика, материаловедение и смежные области. Более того предлагает гибкий качественный рендеринг с мощной архитектурой плагинов.

Это программное обеспечение представляет собой проект с открытым исходным кодом, который предназначен для использования во всем мире без ограничений всеми разработчиками, исследователями и студентами, которые хотят. Может получить больше информации об этой программе на сайт проекта или из вашего страница на GitHub.