PyMOL, установите Python Molecular Graphics в Ubuntu с помощью Flatpak

о PyMOL

В следующей статье мы рассмотрим PyMol. Молекулярная графика Python - это программа, которая позволит нам манипулировать и визуализировать молекулы, и который мы можем установить в Ubuntu благодаря его пакету Flatpak. Это один из немногих инструментов визуализации с открытым исходным кодом, доступных для использования в структурной биологии.

Что касается части Py в названии этой программы, она относится к тому факту, что она расширяема благодаря языку программирования Python. Согласно которому, может быть расширен для выполнения сложного анализа молекулярных структур с использованием библиотек, доступных для Python, как они? NumPy или пылаб.

PyMOL - это молекулярная программа просмотра с открытым исходным кодом, созданная Уорреном Лайфордом Делано и продаваемая компанией Delano Scientific LLC, которая занимается созданием общедоступных инструментов для научных и образовательных сообществ. Эта программа также подходит для создания высококачественных 3D-изображений небольших молекул и биологических макромолекул. PyMOL может загружать, манипулировать и визуализировать молекулы из различных форматов и источников.. Программой можно легко управлять через графический интерфейс на основе меню или из большого количества сочетания клавиш и / или скрипты. А Raytracer интегрирован для создания высококачественных изображений для созданных просмотров.

примеры пимола

Это коммерческий продукт, но большая часть его исходного кода доступна из его репозитория по адресу GitHub бесплатно по разрешительной лицензии. Этот проект поддерживается Schrödinger и в конечном итоге финансируется всеми, кто приобретает лицензию PyMOL.

Общие характеристики PyMOL

Настройки PyMOL Adanaced

  • Программа предлагает качественную графику. Встроенный трассировщик лучей добавляет тени и глубину в любую сцену. Мы также можем выполнить внешний рендеринг.
  • Создать видео может быть так же просто, как загрузка нескольких Файлы PDB и нажмите кнопку воспроизведения.
  • Изображения можно копировать и вставлять прямо в PowerPoint и Keynote.. Неподвижные изображения и визуализированные последовательности могут быть созданы в формате PNG и как видео QuickTime.
  • Лас- произвольные логические выражения упростить просмотр и редактирование.
  • Учетная запись поверхностные интерпретации хорошо, также поддерживаются сетчатые поверхности.
  • мультфильмы с PyMOL их легко создавать и обрабатывать.
  • Программа позволит нам управлять им из командной строки и из графического интерфейса.

PyMOL работает

  • Структуры можно вырезать, видоизменять и собирать на лету и пишем в стандартные файлы (ПДБ, МОЛ/СДФ).
  • Это приложение можно установить на просмотр, анализ и подготовка графических изображений белков и экспериментальных структурных данных (например, кристаллографическая, ЯМР и электронная микроскопия).
  • Один из лучших способов управления PyMOL - это многоразовые скрипты., который может быть написан на командном языке или Python.
  • Кросс-платформенный код. Он имеет единую базу кода и совместим с Unix, Macintosh и Windows, используя OpenGL и Python, в дополнение к небольшому набору внешних зависимостей с открытым исходным кодом.
  • Разработка пользовательского интерфейса сосредоточен в первую очередь на возможностях, а не на простоте использования для новых пользователей.
  • Сено единый монолитный командно-ориентированный программный интерфейс.

Это лишь некоторые из возможностей этой программы. Они могут подробно проконсультируйтесь со всеми из них Wiki проект.

Установите PyMOL в Ubuntu через Flatpak

Эту программу можно найти по адресу Flathub. Для установить Python Molecular Graphics в Ubuntu через Flatpak, необходимо, чтобы эта технология была включена в нашем оборудовании. Если вы используете Ubuntu 20.04 и у вас его нет, вы можете продолжить гид коллега написал об этом в этом блоге.

Когда вы можете установить этот тип пакета на свой компьютер, вам просто нужно открыть терминал (Ctrl + Alt + T) и использовать в нем следующую команду, чтобы установить программу через Flatpak:

установить с помощью Flatpak

flatpak install --user https://flathub.org/repo/appstream/org.pymol.PyMOL.flatpakref

Если вам нужно обновить программу, когда доступна новая версия, в терминале нужно только выполнить команду:

flatpak --user update org.pymol.PyMOL

После установки мы можем запустить программу из меню «Приложения» или из любой другой имеющейся у нас панели запуска приложений. Мы также можем выполнить в терминале (Ctrl + Alt + T) команду:

пимол пусковая установка

flatpak run org.pymol.PyMOL

деинсталляция

Если хочешь удалите Python Molecular Graphics со своего компьютера, вам просто нужно открыть терминал (Ctrl + Alt + T) и запустить в нем:

удалить PyMOL

flatpak uninstall org.pymol.PyMOL

PyMOL - это мощный молекулярный просмотрщик и рендерер. Его можно использовать для подготовки показателей качества публикации, для обмена интерактивными результатами или для создания предварительно визуализированной анимации. Сегодня многие ученые по всему миру регулярно используют PyMOL для этих задач. Пользователи, которые хотят узнать больше об этой программе или о том, как она работает, могут перейти к веб-страница или Wiki проект.


Будьте первым, чтобы комментировать

Оставьте свой комментарий

Ваш электронный адрес не будет опубликован. Обязательные для заполнения поля помечены *

*

*

  1. Ответственный за данные: Мигель Анхель Гатон
  2. Назначение данных: контроль спама, управление комментариями.
  3. Легитимация: ваше согласие
  4. Передача данных: данные не будут переданы третьим лицам, кроме как по закону.
  5. Хранение данных: база данных, размещенная в Occentus Networks (ЕС)
  6. Права: в любое время вы можете ограничить, восстановить и удалить свою информацию.