V nasledujúcom článku sa pozrieme na Avogadro. Toto je bezplatná otvorená aplikácia pre molekulárne úpravy pre GNU / Linux, Windows a MacOS. Toto je program, ktorý je možné použiť v výpočtová chémia, molekulárne modelovanie, bioinformatika, náuka o materiáloch a mnoho ďalších oblastí.
Aplikácia sa používa v VTK pre možnosti analýzy a vizualizácie. Podporuje tiež objemovú reprezentáciu bodových údajov alebo prúdových čiar vektorových polí. Ponúka flexibilné a kvalitné vykreslenie a výkonnú architektúru doplnkov. Je o jednoduchý a ľahko použiteľný softvér pripravený na použitie študentmi a výskumnými pracovníkmi. Avogadro je slobodný softvér, ktorý môžete redistribuovať a / alebo upravovať podľa podmienok GNU General Public License, vydanej Free Software Foundation, verzie 2 licencie alebo ktorejkoľvek neskoršej verzie.
Na rozdiel od iných webových / 2D / 3D molekulárnych prehliadačov, Avogadro používa priamo OpenGL a ponúka natívne desktopové balíčky. Táto aplikácia využíva súbor štandardov, ktoré počítačovým programom umožňujú používať funkcie vykreslenia hardvéru 2D / 3D (GPU). Avogadro podporuje hotové viacvláknové výpočty a spracovanie, má interaktívne nástroje, príkazy a vlastné skripty Pythonu.
Všeobecná charakteristika lieku Avogadro
- Je to multiplatformový program, takže ho môžeme použiť v Gnu / Linux, Windows a Mac OSX.
- To je svetelný program ponúka vysoký výkon.
- Napriek všetkému, čo ponúka, nejaké má minimálne hardvérové požiadavky.
- Program je preložené do rôznych jazykov, aké sú; Čínština, francúzština, nemčina, taliančina, ruština, španielčina a niektoré ďalšie.
- Jeho rozhranie je jasné a ľahko použiteľný.
- Zahŕňa veľkú sadu nástroje na meranie, zarovnanie, vizualizáciu, manipuláciu a kreslenie.
- Tiež nás ponúkne rozšírenia dodávané so správcom rozšírení.
- Umožní nám to import z rôznych aplikácií.
- Podporuje mnoho otvorených formátov.
- Budeme schopní pozri periodickú tabuľku.
- Môžeme vytvárať 2D a 3D modely molekúl.
- Umožňuje vložiť, vytvoriť a upraviť vopred určené moduly (DNA, RNA, fragmenty, ÚSMEVY, peptid, polymér).
- Vizualizácia máp elektrostatického potenciálu.
- Použitie analýza atómov v molekulách (Bader): QTAIM a WFN.
- Interakcie molekula-povrch.
- Môžeme manipulovať, merať a zarovnávať pomocou nástrojov. Môžeme tiež rátať s nástroje na výber, automatické otáčanie a automatickú optimalizáciu.
- Tím Spoločnosť Avogadro ponúka všetkým používateľom súbor tutoriály aby vývojári mohli pomáhať, kompilovať zo zdroja a prispievať vašimi rozšíreniami. Zverejňujú tiež jasnú dokumentáciu API.
Nainštalujte si Avogadro na Ubuntu
Avogadro je k dispozícii ako balenie flatpak pre systém Ubuntu. Pred inštaláciou tohto programu musíme mať túto technológiu povolenú v našom systéme. Ak ho stále nemáte a používate Ubuntu 20.04, môžete pokračovať Sprievodca ktoré pred chvíľou napísal kolega na tento blog.
Ak už máte v systéme povolenú túto technológiu, môžete pokračovať v inštalácii. Musíte len otvoriť terminál (Ctrl + Alt + T) a spustiť v ňom nasledujúci príkaz nainštalujte Avogadro:
flatpak install flathub org.openchemistry.Avogadro2
Po inštalácii môžete spustiť program hľadajú džbán v našom tíme. Molekulárny editor Avogadro môžete otvoriť aj pomocou nasledujúceho príkazu v termináli:
flatpak run org.openchemistry.Avogadro2
uninstall
na odstráňte tento program, budeme musieť otvoriť iba terminál (Ctrl + Alt + T) a vykonať v ňom príkaz:
flatpak uninstall org.openchemistry.Avogadro2
Avogadro je pokročilý prehliadač a editor molekúl, ktorý je navrhnutý pre použitie na viacerých platformách v oblastiach, ako je výpočtová chémia, molekulárne modelovanie, bioinformatika, náuka o materiáloch a súvisiace oblasti. Čo je viac ponúka flexibilné kvalitné vykreslenie s výkonnou architektúrou doplnkov.
Tento softvér je projektom s otvoreným zdrojovým kódom, ktorého cieľom je využívať na celom svete bez obmedzenia všetci vývojári, výskumníci a študenti, ktorí chcú. Môže Získajte viac informácií o tomto programe na webová stránka projektu alebo z tvojho stránku na GitHub.