V nasledujúcom článku sa pozrieme na iRASPA. Toto je bezplatný molekulárny editor a prehliadač pre Gnu / Linux, MacOS a Windows, ktorý je vydaný na základe licencie MIT. Podporuje kovy, oxidy kovov, keramiku, biomateriály, zeolity, íly, metaloorganické štruktúry a ďalšie. Obsahuje viac ako 8000 štruktúr z databázy CoRE Metal-Organic Frameworks. Ak pracujete v chémii alebo v iných oblastiach, ktoré sa zaoberajú molekulami, tento program vám môže byť užitočný. V nasledujúcich riadkoch uvidíme, ako môžeme nainštalovať molekulárny prehliadač iRASPA v Ubuntu prostredníctvom Snapu.
Jedná sa o vizualizačný balík s možnosťou úprav zameraný na náuku o materiáloch. Ďalej s týmto programom dokážeme zvládnuť veľké štruktúry (státisíce atómov) vrátane oklúzie prostredia s vysokými snímkovými frekvenciami. Tento softvér využívať najnovšie zobrazovacie technológie s dobrým výkonom.
S iRASPA môžeme vytvárať a upravovať štruktúry, obrázky a filmy. Dodáva sa tiež s oklúziou okolia, vykresľovaním vysokého dynamického rozsahu, adsorpčnými plochami, anotáciami textu, replikami buniek a super bunkami. Podporuje valce, gule a polygonálne hranoly a operácie symetrie. Podporované vstupné formáty sú; CIF, mmCIF, PDB, XYZ a VASP POSCAR / CONTCAR / XDATCAR. Podporované výstupné formáty sú; CIF-, 8/16 bit, RGB / CMYK, bezstratový TIFF pre obrázky a mp4 (h264) pre videá.
Tento program bol vytvoril David Dubbeldam (University of Amsterdam, Holandsko), Sofia Calero (Univerzita Pabla de Olavide, Sevilla, Španielsko) a Thijs Vlugt (Delft University of Technology, Holandsko). Rátali tiež s príspevkami Randalla Q. Snurra (Northwestern University, Evanston, USA.) a Chung G. Yongchul (Škola chemického a biomolekulárneho inžinierstva, Busan, Južná Kórea). Aplikácia je napísaná v Swift 4.
Všeobecná charakteristika IRASPA
Niektoré z hlavných funkcií iRASPA sú:
- Prostredníctvom iCloud, iRASPA má prístup do databázy CoRE Metal-Organic Frameworks obsahujúcej 4764 štruktúr a 2932 štruktúr obohatených o atómové náboje.
- Všetky štruktúry je možné filtrovať (v reálnom čase) pomocou používateľom definovaných parametrov.
- La hlavné okno je vaše hlavné rozhranie na prezeranie, úpravu a správu všetkých častí projektov. Využíva rozhranie hlavných podrobností, kde sa zmeny menia na hlavný radič pohľadu (hlavné zobrazenie projektu) zmena v iných pohľadoch.
- Vytvárajte a upravujte štruktúry.
- Môžeme vytvárať vysoko kvalitné obrázky.
- Environmentálna oklúzia a vykreslenie vysokého dynamického rozsahu.
- Budeme môcť vytvárať koláž štruktúr.
- Program nám to umožní textová anotácia.
- Bunkové repliky a super bunky.
- Symetrické operácie ako vesmírna skupina a detekcia primitívnych buniek.
- GPU výpočet prázdnej frakcie a povrchových plôch behom pár sekúnd.
To sú len niektoré z funkcií iRASPA. Môžu všetky podrobne konzultujte v dokumente Projekt web wiki.
Nainštalujte iRASPA na Ubuntu
Ak chcete nainštalovať molekulárny prehliadač iRASPA cez Snap na našom systéme Ubuntu, musíme mať nainštalovanú podporu pre túto technológiu. Ak vo svojom systéme nemáte túto technológiu, môžete postupujte podľa návodu ponúkaného v snapcraft pokračovať v inštalácii.
Keď dokážeme do systému nainštalovať snap aplikácie, môžeme nainštalujte iRASPA Molekulárny vizualizér / editor prostredníctvom správcu balíkov. Ak to chcete urobiť, budeme musieť iba otvoriť terminál (Ctrl + Alt + T) a vykonať nasledujúci príkaz:
sudo snap install iraspa
Ak kedykoľvek budete potrebovať aktualizovať program, je to možné spustením v termináli:
sudo snap refresh iraspa
Program môžeme spustiť z ponuky Aplikácie / Doska / Aktivity alebo z iného spúšťača aplikácií nainštalovaného v našom počítači. Môžeme tiež spustite iRASPA Molekulárny vizualizér / editor v Ubuntu pomocou tohto príkazu v termináli (Ctrl + Alt + T):
iraspa
uninstall
na odinštalovať molekulárny prehliadač iRASPA cez prasknutie, budeme musieť otvoriť iba terminál (Ctrl + Alt + T) a potom vykonať nasledujúci príkaz:
sudo snap remove iraspa
Používatelia budú môcť Získajte viac informácií o tomto programe od webová stránka projektu.