У следећем чланку ћемо погледати Авогадро. Ово је бесплатна апликација за молекуларно уређивање отвореног кода за Гну/Линук, Виндовс и МацОС. Ово је програм који се може користити у рачунарска хемија, молекуларно моделирање, биоинформатику, науку о материјалима и многе друге области.
Апликација се користи у ВТК за могућности анализе и визуелизације. Такође подржава приказивање запремине за податке о тачкама или линије тока за векторска поља. Нуди флексибилно, висококвалитетно приказивање и моћну архитектуру додатака. Је око једноставан и лак за коришћење софтвер, спреман да га користе студенти и истраживачи. Авогадро је бесплатни софтвер који можете редистрибуирати и/или модификовати под условима ГНУ Опште јавне лиценце, коју је објавила Фондација за слободни софтвер, било да је то верзија 2 лиценце или било која каснија верзија.
За разлику од других веб-базираних 2Д/3Д молекуларних прегледача, Авогадро директно користи ОпенГЛ и нуди изворне десктоп пакете. Ова апликација користи скуп стандарда који омогућавају рачунарским програмима да користе функције 2Д/3Д хардверског приказивања (ГПУ). Авогадро подржава вишенитну обраду и рачунање из кутије, има интерактивне алате, команде и прилагођене Питхон скрипте.
Опште карактеристике Авогадра
- То је мултиплатформ програм, тако да га можемо користити у Гну/Линук-у, Виндовс-у и Мац ОСКС-у.
- То је лагани програм нудећи високе перформансе.
- Упркос свему што нуди, има нешто минимални хардверски захтеви.
- Програм је преведено на различите језике, пошто су; Кинески, француски, немачки, италијански, руски, шпански и неки други.
- Његов интерфејс је јасан и једноставан за употребу.
- Укључује велики сет алати за мерење, поравнање, визуелизацију, манипулацију и цртање.
- Такође ће нам понудити екстензије упаковане са менаџером екстензија.
- Дозволиће нам увоз из разних апликација.
- Подржава многе отворене формате.
- Ми ћемо бити у стању консултујте периодни систем.
- Можемо праве 2Д и 3Д моделе молекула.
- Омогућава вам да убаците, изградите и модификујете унапред дизајниране модуле (ДНК, РНК, Фрагмент, Осмех, Пептид, Полимер).
- Преглед мапа електростатичког потенцијала.
- Употреба анализа атома у молекулима (бадер): КТАИМ и ВФН.
- Интеракције молекул-површина.
- Можемо манипулисати, мерити и ускладити са алатима. Такође можемо да рачунамо на алати за избор, аутоматско ротирање и аутоматску оптимизацију.
- Тим Авогадро нуди свим корисницима сет од туторијали тако да програмери могу помоћи, градити из извора и допринети својим екстензијама. Поред тога, они такође објављују јасну АПИ документацију.
Инсталирајте Авогадро на Убунту
Авогадро је доступан као а флатпак пакет за Убунту систем. Пре инсталирања овог програма, морамо имати омогућену ову технологију на нашем систему. Ако га још увек немате и користите Убунту 20.04, можете да наставите Водич које је колега написао на овом блогу малопре.
Када ову технологију омогућите на свом систему, можете наставити са инсталацијом. Само треба да отворите терминал (Цтрл+Алт+Т) и покренете следећу команду у њему инсталирати Авогадро:
flatpak install flathub org.openchemistry.Avogadro2
Када се инсталација заврши, можете покрените програм тражи бацача у нашем тиму. Такође можете отворити Авогадро молекуларни уређивач користећи следећу команду у терминалу:
flatpak run org.openchemistry.Avogadro2
Деинсталирај
у уклоните овај програм, биће нам потребно само да отворимо терминал (Цтрл+Алт+Т) и извршимо наредбу у њему:
flatpak uninstall org.openchemistry.Avogadro2
Авогадро је напредни прегледник и уређивач молекула, који је дизајниран за употребу на више платформи у областима као што су рачунарска хемија, молекуларно моделирање, биоинформатика, наука о материјалима и сродним областима. Осим тога нуди квалитетно флексибилно приказивање са моћном архитектуром додатака.
Овај софтвер је пројекат отвореног кода, чији је циљ да га сви програмери, истраживачи и студенти који то желе користе широм света без ограничења. Моћи додатне информације о овом програму потражите на веб локација пројекта или од вашег страница на ГитХуб-у.