PyMOL, sasisha Picha za Python Molecular kwenye Ubuntu kwa kutumia Flatpak

Katika makala inayofuata tutaangalia PyMol. Python Molecular Graphics ni mpango ambao utaturuhusu kuendesha na kuibua molekuli, na kwamba tunaweza kusanikisha kwa Ubuntu shukrani kwa kifurushi chake cha Flatpak. Hii ni mojawapo ya zana chache za taswira za chanzo huria zinazopatikana kwa matumizi katika biolojia ya miundo.

Kuhusu sehemu ya Py ya jina la programu hii, inarejelea ukweli kwamba ni shukrani kubwa kwa lugha ya programu ya Python. Kulingana na ambayo, inaweza kupanuliwa kufanya uchambuzi mgumu wa miundo ya Masi kwa kutumia maktaba zinazopatikana kwa Python, jinsi walivyo Nambari ya Pili au pylab.

PyMOL ni kitazamaji cha chanzo huria cha molekuli iliyoundwa na Warren Lyford Delano na kuuzwa na Delano Scientific LLC, ambayo ni kampuni inayojitolea kuunda zana zinazoweza kufikiwa kwa wote kwa jumuiya za kisayansi na elimu. Mpango huu pia unafaa kwa kutoa picha za ubora wa 3D za molekuli ndogo na macromolecules ya kibayolojia. PyMOL ina uwezo wa kupakia, kuendesha, na kuibua molekuli kutoka kwa miundo na vyanzo mbalimbali.. Programu inaweza kudhibitiwa kwa urahisi kupitia GUI ya menyu au kutoka kwa idadi kubwa ya njia za mkato za kibodi na / au maandishi. A mfuatiliaji wa ray Imeunganishwa ili kutoa picha za ubora wa juu kwa maoni yaliyotolewa.

Hii ni bidhaa ya kibiashara, lakini msimbo wake mwingi wa chanzo unapatikana kutoka kwa hazina yake kwa GitHub bila malipo chini ya leseni ya ruhusa. Mradi huu unadumishwa na Schrödinger na hatimaye unafadhiliwa na kila mtu anayepata leseni ya PyMOL.

Tabia za jumla za PyMOL

• Programu inatoa graphics ubora. Kifuatiliaji cha mionzi iliyojengewa ndani huleta vivuli na kina kwa tukio lolote. Tunaweza pia kutoa nje.
• Unda Video inaweza kuwa rahisi kama kupakia nyingi Faili za PDB na bonyeza play.
• Picha zinaweza kunakiliwa na kubandikwa moja kwa moja kwenye PowerPoint na Keynote. Picha tuli na mifuatano iliyotolewa inaweza kuzalishwa katika umbizo la PNG na kama video za QuickTime.
• the maneno ya kimantiki ya kiholela kurahisisha kutazama na kuhariri.
• Ina tafsiri za uso nzuri, na nyuso za matundu pia zinaungwa mkono.
• Los katuni zenye PyMOL ni rahisi kuunda na kutoa.
• Programu itaturuhusu idhibiti kutoka kwa safu ya amri na kutoka kwa GUI.

• Miundo inaweza kukatwa, kubadilishwa na kuunganishwa tena juu ya kuruka na uandike kwa faili za kawaida (PDB, MOL/SDF).
• Programu hii inaweza kusakinishwa kwa tazama, changanua na uandae picha za kielelezo za protini na data ya miundo ya majaribio (k.m. crystallographic, msingi wa NMR na hadubini ya elektroni).
• Mojawapo ya njia bora za kudhibiti PyMOL ni kupitia hati zinazoweza kutumika tena, ambayo inaweza kuandikwa kwa lugha ya amri au Python.
• Msimbo wa jukwaa la msalaba. Ina msingi mmoja wa msimbo na inaendana na Unix, Macintosh na Windows, kwa kutumia OpenGL na Python, pamoja na seti ndogo ya utegemezi wa chanzo wazi cha nje.
• Maendeleo ya kiolesura cha mtumiaji imezingatia uwezo, sio urahisi wa matumizi kwa watumiaji wapya.
• Kuna kiolesura kimoja cha programu chenye mwelekeo wa amri ya monolithic.

Hizi ni baadhi tu ya vipengele vya programu hii. Wanaweza wasiliana nao wote kwa undani kutoka kwa wiki ya mradi.

Sakinisha PyMOL kwenye Ubuntu kupitia Flatpak

Mpango huu unaweza kupatikana katika Flathub. Kwa sasisha Picha za Python Molecular kwenye Ubuntu kupitia Flatpak, ni muhimu kuwa na teknolojia hii kuwezeshwa katika vifaa vyetu. Ikiwa unatumia Ubuntu 20.04 na huna, unaweza kuendelea Mwongozo mwenzako aliandika kwenye blogi hii kuhusu hilo.

Wakati unaweza kufunga aina hii ya kifurushi kwenye kompyuta yako, ni muhimu tu kufungua terminal (Ctrl + Alt + T) na kutumia amri ifuatayo ndani yake. sasisha programu kupitia Flatpak:

flatpak install --user https://flathub.org/repo/appstream/org.pymol.PyMOL.flatpakref

Katika kesi unahitaji sasisha programu, wakati toleo jipya linapatikana, katika terminal ni muhimu tu kutekeleza amri:

flatpak --user update org.pymol.PyMOL

Baada ya ufungaji, tunaweza anza mpango kutoka kwa menyu ya Programu au kizindua programu kingine chochote ambacho tunacho. Tunaweza pia kutekeleza katika terminal (Ctrl + Alt + T) amri:

flatpak run org.pymol.PyMOL

Ondoa

Ikiwa unataka sanidua Python Molecular Graphics kutoka kwa kompyuta yako, unahitaji tu kufungua terminal (Ctrl + Alt + T) na uendeshe ndani yake:

flatpak uninstall org.pymol.PyMOL

PyMOL ni mtazamaji na mtoaji mwenye uwezo wa Masi. Inaweza kutumika kutayarisha takwimu za ubora wa uchapishaji, kushiriki matokeo shirikishi, au kutengeneza uhuishaji uliotolewa mapema. Leo, wanasayansi wengi karibu hutumia PyMOL mara kwa mara kwa kazi hizi. Watumiaji wanaotaka kujua zaidi kuhusu programu hii au jinsi inavyofanya kazi, wanaweza nenda kwa Tovuti au wiki ya mradi.