PyMOL,使用 Flatpak 在 Ubuntu 上安装 Python Molecular Graphics

关于 PyMOL

在下一篇文章中,我们将看看 PyMol。 Python分子图形是 一个允许我们操纵和可视化分子的程序,并且由于其 Flatpak 包,我们可以在 Ubuntu 中安装。 这是少数可用于结构生物学的开源可视化工具之一。

至于这个程序名称中的Py部分,它指的是由于Python编程语言,它是可扩展的。 据报道, 可以扩展到使用 Python 可用的库来执行复杂的分子结构分析, 像他们那样 NumPy的 或pylab。

PyMOL 是由 Warren Lyford Delano 创建并由 Delano Scientific LLC 销售的开源分子查看器,Delano Scientific LLC 是一家致力于为科学和教育社区创建通用工具的公司。 该程序还适用于生成小分子和生物大分子的高质量 3D 图像。 PyMOL 能够加载、操作和可视化来自各种格式和来源的分子。. 该程序可以通过基于菜单的 GUI 或从大量 键盘快捷键 和/或脚本。 一个可用 光线追踪器 集成为生成的视图生成高质量的图像。

pymol 的例子

这是一个商业产品,但 它的大部分源代码都可以从它的存储库中获得 GitHub上 在许可许可下免费. 该项目由薛定谔维护,并最终由获得 PyMOL 许可证的每个人资助。

PyMOL 的一般特性

PyMOL Adanaced 设置

  • 该计划 提供高质量的图形. 内置光线追踪器可为任何场景带来阴影和深度。 我们也可以在外部渲染。
  • 创建视频 可以像加载多个一样简单 PDB文件 并按播放。
  • 图像可以直接复制粘贴到 PowerPoint 和 Keynote 中. 静态图像和渲染序列可以生成为 PNG 格式和 QuickTime 视频。
  • 任意逻辑表达式 使查看和编辑变得容易。
  • 帐户 表面解释 很好,并且还支持网格表面。
  • MGI 带有 PyMOL 的卡通 它们很容易创建和渲染。
  • 该计划将使我们 从命令行和 GUI 控制它.

PyMOL 工作

  • 结构可以即时切割、变异和重新组装 并写入标准文件(PDB、MOL/SDF).
  • 此应用程序可以安装到 查看、分析和准备蛋白质和实验结构数据的图形图像 (例如晶体学、核磁共振和电子显微镜).
  • 控制 PyMOL 的最佳方法之一是通过可重用的脚本,可以用命令语言或 Python 编写。
  • 跨平台代码. 它有一个与 Unix、Macintosh 和 Windows 兼容的单一代码库,使用 OpenGL 和 Python,此外还有一小组开源外部依赖项。
  • 用户界面的开发 主要关注功能,而不是新用户的易用性.
  • 干草 一个单一的面向命令的编程接口.

这些只是这个程序的一些功能。 他们能 从中详细咨询所有这些 百科 项目的.

通过 Flatpak 在 Ubuntu 上安装 PyMOL

该程序可以在以下位置找到 Flathub。 至 通过 Flatpak 在 Ubuntu 上安装 Python Molecular Graphics,有必要在我们的设备中启用这项技术。 如果你使用的是 Ubuntu 20.04 并且没有它,你可以继续 导游 一位同事在此博客上写道。

当您可以在您的计算机上安装此类软件包时,只需打开一个终端(Ctrl + Alt + T)并在其中使用以下命令即可 通过 Flatpak 安装程序:

使用 flatpak 安装

flatpak install --user https://flathub.org/repo/appstream/org.pymol.PyMOL.flatpakref

如果你需要 更新程序, 当有新版本可用时,在终端中只需要执行以下命令:

flatpak --user update org.pymol.PyMOL

安装完成后,我们可以 启动程序 从应用程序菜单或我们提供的任何其他应用程序启动器。 我们也可以在终端(Ctrl + Alt + T)中执行命令:

pymol 启动器

flatpak run org.pymol.PyMOL

卸载

万一你想要 从您的计算机上卸载 Python Molecular Graphics,您只需要打开一个终端(Ctrl + Alt + T)并在其中执行:

卸载 PyMOL

flatpak uninstall org.pymol.PyMOL

PyMOL 是一个功能强大的分子查看器和渲染器。 它可用于准备出版质量的图形、共享交互式结果或生成预渲染的动画。 今天,周围的许多科学家经常使用 PyMOL 来完成这些任务。 想要了解更多关于这个程序或它是如何工作的用户,可以 网站 或者 百科 项目的.


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