في المقالة التالية سوف نلقي نظرة على Avogadro. هذا هو تطبيق تحرير جزيئي مجاني ومفتوح المصدر لأنظمة Gnu / Linux و Windows و MacOS. إنه برنامج يمكن استخدامه في الكيمياء الحسابيةوالنمذجة الجزيئية والمعلوماتية الحيوية وعلوم المواد والعديد من المجالات الأخرى.
يستخدم التطبيق في فتك لقدرات التحليل والتصور. كما أنه يدعم تمثيل الحجم لبيانات النقطة أو خطوط التدفق لحقول المتجه. إنه يوفر تصييرًا مرنًا وعالي الجودة وبنية إضافية قوية. يتعلق الامر ب برنامج بسيط وسهل الاستخدام ، وجاهز للاستخدام من قبل الطلاب والباحثين. Avogadro هو برنامج مجاني يمكنك إعادة توزيعه و / أو تعديله بموجب شروط GNU General Public License ، التي تنشرها Free Software Foundation ، إما الإصدار 2 من الترخيص أو أي إصدار لاحق.
بخلاف أجهزة العرض الجزيئية ثنائية وثلاثية الأبعاد الأخرى المستندة إلى الويب ، يستخدم Avogadro برنامج OpenGL مباشرة ويقدم حزم سطح المكتب الأصلية. يستخدم هذا التطبيق مجموعة من المعايير التي تسمح لبرامج الكمبيوتر باستخدام وظائف عرض الأجهزة ثنائية الأبعاد / ثلاثية الأبعاد (وحدة معالجة الرسوميات:). يدعم Avogadro العمليات الحسابية والمعالجة متعددة الخيوط الجاهزة ، ويحتوي على أدوات وأوامر تفاعلية ونصوص Python النصية المخصصة.
الخصائص العامة لأفوجادرو
- وهو برنامج متعدد المنصات، لذا يمكننا استخدامه في Gnu / Linux و Windows و Mac OSX.
- هو برنامج خفيف تقديم أداء عالي.
- على الرغم من كل ما يقدمه ، إلا أنه يحتوي على بعض الحد الأدنى من متطلبات الأجهزة.
- البرنامج ترجمت إلى لغات مختلفة، كما هم؛ الصينية والفرنسية والألمانية والإيطالية والروسية والإسبانية وبعض الآخرين.
- واجهته واضحة وسهل الاستخدام.
- يتضمن مجموعة كبيرة من أدوات للقياس والمحاذاة والتصور والمعالجة والرسم.
- وسوف تقدم لنا أيضا ملحقات مجمعة مع مدير الامتدادات.
- سوف تسمح لنا الاستيراد من تطبيقات مختلفة.
- يدعم العديد من الصيغ المفتوحة.
- سنكون قادرين استشر الجدول الدوري.
- نستطيع بناء نماذج جزيئية ثنائية وثلاثية الأبعاد.
- يسمح لك بإدراج وبناء وتعديل الوحدات المصممة مسبقًا (DNA، RNA، Fragment، SMILES، Peptide، Polymer).
- تصور خرائط الجهد الكهروستاتيكي.
- استخدام تحليل الذرات في الجزيئات (بدر): QTAIM و WFN.
- التفاعلات الجزيئية السطحية.
- نستطيع التلاعب والقياس والمواءمة مع الأدوات. يمكننا أيضا الاعتماد عليها أدوات التحديد والتدوير التلقائي والتحسين التلقائي.
- فريق يقدم Avogadro لجميع المستخدمين مجموعة من الدروس حتى يتمكن المطورون من المساعدة والتجميع من المصدر والمساهمة في امتداداتك. كما يقومون بنشر وثائق API واضحة.
قم بتثبيت Avogadro على Ubuntu
أفوجادرو هو متاح كملف حزمة flatpak لنظام أوبونتو. قبل تثبيت هذا البرنامج ، يجب تمكين هذه التقنية في نظامنا. إذا كنت لا تزال لا تملكه وكنت تستخدم Ubuntu 20.04 ، فيمكنك المتابعة الدليل كتبه أحد الزملاء على هذه المدونة منذ فترة.
عند تمكين هذه التقنية بالفعل على نظامك ، يمكنك متابعة التثبيت. تحتاج فقط إلى فتح محطة طرفية (Ctrl + Alt + T) وتشغيل الأمر التالي فيها تثبيت Avogadro:
flatpak install flathub org.openchemistry.Avogadro2
بعد التثبيت ، يمكنك ذلك تشغيل البرنامج أبحث عن الرامي في فريقنا. يمكنك أيضًا فتح محرر Avogadro الجزيئي باستخدام الأمر التالي في الجهاز:
flatpak run org.openchemistry.Avogadro2
إلغاء
إلى قم بإزالة هذا البرنامج، سنحتاج فقط إلى فتح محطة طرفية (Ctrl + Alt + T) وتنفيذ الأمر فيها:
flatpak uninstall org.openchemistry.Avogadro2
Avogadro هو عارض ومحرر جزيئات متقدم ، وهو مصمم للاستخدام عبر الأنظمة الأساسية في مجالات مثل الكيمياء الحسابية والنمذجة الجزيئية والمعلوماتية الحيوية وعلوم المواد والمجالات ذات الصلة. ما هو أكثر يقدم عرضًا مرنًا للجودة مع بنية مكونة إضافية قوية.
هذا البرنامج هو مشروع مفتوح المصدر ، يهدف إلى استخدامه في جميع أنحاء العالم دون قيود من قبل جميع المطورين والباحثين والطلاب الذين يرغبون في ذلك. يمكن احصل على مزيد من المعلومات حول هذا البرنامج على موقع المشروع أو من الخاص بك صفحة على جيثب.