V příštím článku se podíváme na Avogadro. Tohle je bezplatná otevřená aplikace pro molekulární úpravy pro Gnu / Linux, Windows a MacOS. Je to program, který lze použít v výpočetní chemie, molekulární modelování, bioinformatika, věda o materiálech a mnoho dalších oborů.
Aplikace se používá v VTK pro možnosti analýzy a vizualizace. Podporuje také objemovou reprezentaci bodových dat nebo linií toku pro vektorová pole. Nabízí flexibilní, vysoce kvalitní vykreslování a výkonnou architekturu zásuvných modulů. Je o jednoduchý a snadno použitelný software připravený k použití studenty a výzkumnými pracovníky. Avogadro je svobodný software, který můžete redistribuovat a / nebo upravovat podle podmínek GNU General Public License, vydané Free Software Foundation, verze 2 licence nebo jakékoli pozdější verze.
Na rozdíl od jiných webových / 2D / 3D molekulárních prohlížečů Avogadro používá přímo OpenGL a nabízí nativní balíčky pro stolní počítače. Tato aplikace používá sadu standardů, které počítačovým programům umožňují používat hardwarové funkce 2D / 3D vykreslování (GPU). Avogadro podporuje out-of-the-box vícevláknový výpočet a zpracování, má interaktivní nástroje, příkazy a vlastní skripty Pythonu.
Obecná charakteristika přípravku Avogadro
- Jedná se o multiplatformní program, takže jej můžeme použít v Gnu / Linux, Windows a Mac OSX.
- To je světelný program nabízející vysoký výkon.
- Přes vše, co nabízí, některé má minimální hardwarové požadavky.
- Program je přeloženy do různých jazyků, jak jsou; Čínština, francouzština, němčina, italština, ruština, španělština a některé další.
- Jeho rozhraní je jasné a snadno se používá.
- Zahrnuje velkou sadu nástroje pro měření, zarovnání, vizualizaci, manipulaci a kreslení.
- Také nám to nabídne rozšíření dodávaná se správcem rozšíření.
- Umožní nám to import z různých aplikací.
- Podporuje mnoho otevřených formátů.
- Budeme moci konzultovat periodickou tabulku.
- Můžeme vytvářet 2D a 3D modely molekul.
- Umožňuje vložit, vytvořit a upravit předem navržené moduly (DNA, RNA, fragment, ÚSMĚVY, peptid, polymer).
- Vizualizace map elektrostatického potenciálu.
- Použití analýza atomů v molekulách (Bader): QTAIM a WFN.
- Interakce molekula-povrch.
- Můžeme manipulovat, měřit a sladit s nástroji. Můžeme také počítat nástroje pro výběr, automatické otáčení a automatickou optimalizaci.
- Tým Avogadro nabízí všem uživatelům sadu tutoriály aby vývojáři mohli pomoci, kompilovat ze zdroje a přispívat vašimi rozšířeními. Také publikují jasnou dokumentaci API.
Nainstalujte Avogadro na Ubuntu
Avogadro je k dispozici jako balíček flatpak pro systém Ubuntu. Před instalací tohoto programu musíme mít tuto technologii povolenou v našem systému. Pokud jej stále nemáte a používáte Ubuntu 20.04, můžete pokračovat Průvodce které před chvílí napsal kolega na tomto blogu.
Pokud již máte ve svém systému tuto technologii povolenou, můžete v instalaci pokračovat. Musíte pouze otevřít terminál (Ctrl + Alt + T) a spustit v něm následující příkaz nainstalujte Avogadro:
flatpak install flathub org.openchemistry.Avogadro2
Po instalaci můžete spusťte program hledám džbán v našem týmu. Molekulární editor Avogadro můžete také otevřít pomocí následujícího příkazu v terminálu:
flatpak run org.openchemistry.Avogadro2
Odinstalovat
na odebrat tento program, budeme muset pouze otevřít terminál (Ctrl + Alt + T) a provést v něm příkaz:
flatpak uninstall org.openchemistry.Avogadro2
Avogadro je pokročilý prohlížeč a editor molekul, který je navržen pro použití na různých platformách v oblastech, jako je výpočetní chemie, molekulární modelování, bioinformatika, věda o materiálech a související oblasti. Co víc nabízí flexibilní kvalitní vykreslování s výkonnou architekturou pluginu.
Tento software je projektem s otevřeným zdrojovým kódem, jehož cílem je celosvětové použití bez omezení všemi vývojáři, výzkumníky a studenty, kteří chtějí. Může získat více informací o tomto programu na webové stránky projektu nebo z vašeho stránka na GitHubu.