I den næste artikel vil vi se på Avogadro. Dette er en gratis, open source, molekylær redigeringsapplikation til Gnu / Linux, Windows og MacOS. Det er et program, der kan bruges i beregningskemi, molekylær modellering, bioinformatik, materialevidenskab og mange andre områder.
Applikationen bruges i VTK til analyse- og visualiseringsfunktioner. Det understøtter også volumenrepræsentation for punktdata eller flowlinjer for vektorfelter. Det tilbyder fleksibel gengivelse i høj kvalitet og en kraftig plug-in-arkitektur. Er om en enkel og brugervenlig software, klar til brug af studerende og forskere. Avogadro er gratis software, som du kan omfordele og / eller ændre under vilkårene i GNU General Public License, udgivet af Free Software Foundation, enten version 2 af licensen eller en hvilken som helst senere version.
I modsætning til andre webbaserede 2D / 3D-molekylære seere, Avogadro bruger OpenGL direkte og tilbyder native desktop-pakker. Denne applikation bruger et sæt standarder, der gør det muligt for computerprogrammer at bruge hardware 2D / 3D-gengivelsesfunktioner (GPU). Avogadro understøtter out-of-the-box multi-threaded beregning og behandling, har interaktive værktøjer, kommandoer og brugerdefinerede Python-scripts.
Generelle egenskaber ved Avogadro
- Det er en multiplatform-program, så vi kan bruge det i Gnu / Linux, Windows og Mac OSX.
- Det er et let program tilbyder høj ydeevne.
- På trods af alt, hvad det tilbyder, har det noget minimumskrav til hardware.
- Programmet er oversat til forskellige sprog, som de er; Kinesisk, fransk, tysk, italiensk, russisk, spansk og nogle andre.
- Dens interface er klar og nem at bruge.
- Inkluderer et stort sæt værktøjer til måling, justering, visualisering, manipulation og tegning.
- Det vil også tilbyde os udvidelser bundtet med udvidelsesadministratoren.
- Tillader os import fra forskellige applikationer.
- Understøtter mange åbne formater.
- Vi kan se det periodiske system.
- Vi kan bygge 2D- og 3D-molekylmodeller.
- Giver dig mulighed for at indsætte, opbygge og ændre foruddesignede moduler (DNA, RNA, fragment, SMILER, peptid, polymer).
- Visualisering af elektrostatiske kort.
- Brug af analyse af atomer i molekyler (Bader): QTAIM og WFN.
- Interaktioner mellem molekyl og overflade.
- Vi kan manipulere, måle og justere med værktøjer. Vi kan også stole på valg, automatisk rotering og automatisk optimering af værktøjer.
- Holdet Avogadro tilbyder alle brugere et sæt tutorials så udviklere kan hjælpe, kompilere fra kilde og bidrage med dine udvidelser. De offentliggør også klar API-dokumentation.
Installer Avogadro på Ubuntu
Avogadro er tilgængelig som en flatpak-pakke til Ubuntu-system. Før vi installerer dette program, skal vi have denne teknologi aktiveret i vores system. Hvis du stadig ikke har det, og du bruger Ubuntu 20.04, kan du fortsætte Guiden at en kollega skrev på denne blog for et stykke tid siden.
Når du allerede har aktiveret denne teknologi på dit system, kan du fortsætte med installationen. Du skal bare åbne en terminal (Ctrl + Alt + T) og køre følgende kommando i den til installer Avogadro:
flatpak install flathub org.openchemistry.Avogadro2
Efter installationen kan du køre programmet på udkig efter kanden på vores hold. Du kan også åbne Avogadro molekylær editor ved hjælp af følgende kommando i terminalen:
flatpak run org.openchemistry.Avogadro2
afinstallere
til fjern dette program, vi behøver kun at åbne en terminal (Ctrl + Alt + T) og udføre kommandoen i den:
flatpak uninstall org.openchemistry.Avogadro2
Avogadro er en avanceret molekylviser og redaktør, der er designet til brug på tværs af platforme inden for områder som beregningskemi, molekylær modellering, bioinformatik, materialevidenskab og relaterede områder. Hvad mere er tilbyder fleksibel kvalitetsgengivelse med en kraftig plugin-arkitektur.
Denne software er et open source-projekt, der sigter mod at blive brugt over hele verden uden begrænsninger af alle udviklere, forskere og studerende, der ønsker det. Det kan få flere oplysninger om dette program på projektwebsted eller fra din side på GitHub.