Seuraavassa artikkelissa aiomme tarkastella Avogadroa. Tämä on ilmainen, avoimen lähdekoodin molekyylieditointisovellus Gnu / Linuxille, Windowsille ja MacOS: lle. Tätä ohjelmaa voidaan käyttää laskennallinen kemia, molekyylimallinnus, bioinformatiikka, materiaalitiede ja monet muut alat.
Sovellusta käytetään VTK analysointiin ja visualisointiin. Se tukee myös pistetietojen äänenvoimakkuutta tai vektorikenttien virtauslinjoja. Se tarjoaa joustavan, laadukkaan hahmonnuksen ja tehokkaan laajennusarkkitehtuurin. On noin yksinkertainen ja helppokäyttöinen ohjelmisto, joka on valmis opiskelijoiden ja tutkijoiden käyttöön. Avogadro on ilmainen ohjelmisto, jonka voit levittää ja / tai muokata Free Software Foundationin julkaiseman GNU General Public License -lisenssin ehtojen mukaisesti, joko lisenssin version 2 tai minkä tahansa myöhemmän version mukaisesti.
Toisin kuin muut verkkopohjaiset 2D / 3D-molekyylinäkymät, Avogadro käyttää suoraan OpenGL: ää ja tarjoaa alkuperäisiä työpöytäpaketteja. Tämä sovellus käyttää joukkoa standardeja, jotka sallivat tietokoneohjelmien käyttää laitteiston 2D / 3D-renderöintitoimintoja (GPU). Avogadro tukee valmiita monisäikeisiä laskelmia ja käsittelyjä, sillä on interaktiivisia työkaluja, komentoja ja mukautettuja Python-komentosarjoja.
Avogadron yleiset ominaisuudet
- Se on monitasoinen ohjelma, joten voimme käyttää sitä Gnu / Linuxissa, Windowsissa ja Mac OSX: ssä.
- Se on kevyt ohjelma tarjoaa korkean suorituskyvyn.
- Kaikesta tarjoamastaan huolimatta sillä on joitain laitteiston vähimmäisvaatimukset.
- Ohjelma on käännetty eri kielillesellaisina kuin ne ovat; Kiina, ranska, saksa, italia, venäjä, espanja ja jotkut muut.
- Sen käyttöliittymä on selkeä ja helppo käyttää.
- Sisältää suuren joukon työkalut mittaamiseen, kohdistamiseen, visualisointiin, manipulointiin ja piirtämiseen.
- Se tarjoaa myös meille laajennukset mukana laajennusten hallintaohjelmassa.
- Sallii meille tuonti eri sovelluksista.
- Tukee monia avoimia tiedostomuotoja.
- Pystymme katso jaksollista taulukkoa.
- Voimme rakentaa 2D- ja 3D-molekyylimalleja.
- Voit lisätä, rakentaa ja muokata ennalta suunniteltuja moduuleja (DNA, RNA, fragmentti, SMILES, peptidi, polymeeri).
- Sähköstaattisten potentiaalikarttojen visualisointi.
- Käyttämällä molekyylien atomien analyysi (Pahempi): QTAIM ja WFN.
- Molekyylin ja pinnan väliset vuorovaikutukset.
- Voimme manipuloida, mitata ja kohdistaa työkalujen kanssa. Voimme myös luottaa työkalujen valinta, kiertäminen ja optimointi.
- Joukkue Avogadro tarjoaa kaikille käyttäjille joukon tutorials jotta kehittäjät voivat auttaa, koota lähteestä ja lähettää laajennuksiasi. He julkaisevat myös selkeän API-dokumentaation.
Asenna Avogadro Ubuntuun
Avogadro on saatavana a flatpak-pakkaus Ubuntu-järjestelmälle. Ennen tämän ohjelman asentamista tämä tekniikka on oltava käytössä järjestelmässämme. Jos sinulla ei vielä ole sitä ja käytät Ubuntu 20.04 -ohjelmaa, voit jatkaa Opas jonka kollega kirjoitti tähän blogiin jonkin aikaa sitten.
Kun tämä tekniikka on jo käytössä järjestelmässäsi, voit jatkaa asennusta. Sinun tarvitsee vain avata pääte (Ctrl + Alt + T) ja suorittaa seuraava komento siinä asenna Avogadro:
flatpak install flathub org.openchemistry.Avogadro2
Asennuksen jälkeen voit Suorita ohjelma etsimässä syöttäjää joukkueestamme. Voit myös avata Avogadron molekyylieditorin käyttämällä seuraavaa komentoa terminaalissa:
flatpak run org.openchemistry.Avogadro2
uninstall
että poista tämä ohjelma, meidän tarvitsee vain avata pääte (Ctrl + Alt + T) ja suorittaa komento siinä:
flatpak uninstall org.openchemistry.Avogadro2
Avogadro on edistyksellinen molekyylien katsoja ja toimittaja, joka on suunniteltu alustojen väliseen käyttöön esimerkiksi laskennallisessa kemiassa, molekyylimallinnuksessa, bioinformatiikassa, materiaalitieteessä ja siihen liittyvillä aloilla. Lisäksi tarjoaa joustavan laadun renderoinnin tehokkaalla laajennusarkkitehtuurilla.
Tämä ohjelmisto on avoimen lähdekoodin projekti, jonka tavoitteena on, että kaikki kehittäjät, tutkijat ja opiskelijat haluavat käyttää sitä maailmanlaajuisesti rajoituksetta. Se voi saat lisätietoja tästä ohjelmasta osoitteessa projektin verkkosivusto tai omasta sivu GitHubissa.