Dans le prochain article, nous allons jeter un œil à Avogadro. C'est une application d'édition moléculaire gratuite et open source pour Gnu / Linux, Windows et MacOS. Ceci est un programme qui peut être utilisé dans chimie computationnelle, la modélisation moléculaire, la bioinformatique, la science des matériaux et de nombreux autres domaines.
L'application est utilisée dans VTK pour les capacités d'analyse et de visualisation. Il prend également en charge la représentation de volume pour les données ponctuelles ou les lignes de flux pour les champs vectoriels. Il offre un rendu flexible et de haute qualité et une puissante architecture de plug-ins. Il s'agit de un logiciel simple et facile à utiliser, prêt à être utilisé par les étudiants et les chercheurs. Avogadro est un logiciel libre que vous pouvez redistribuer et / ou modifier selon les termes de la licence publique générale GNU, publiée par la Free Software Foundation, soit la version 2 de la licence, soit toute version ultérieure.
Contrairement aux autres visualiseurs moléculaires 2D / 3D basés sur le Web, Avogadro utilise OpenGL directement et propose des packages de bureau natifs. Cette application utilise un ensemble de normes permettant aux programmes informatiques d'utiliser les fonctions de rendu matériel 2D / 3D (GPU). Avogadro prend en charge le calcul et le traitement multithreads prêts à l'emploi, dispose d'outils interactifs, de commandes et de scripts Python personnalisés.
Caractéristiques générales d'Avogadro
- C'est un programme multiplateforme, afin que nous puissions l'utiliser dans Gnu / Linux, Windows et Mac OSX.
- Est un programme léger offrant de hautes performances.
- Malgré tout ce qu'il offre, il en a configuration matérielle minimale.
- Le programme est traduit en différentes langues, comment sont; Chinois, français, allemand, italien, russe, espagnol et quelques autres.
- Son interface est claire et facile à utiliser.
- Comprend un grand ensemble de outils de mesure, d'alignement, de visualisation, de manipulation et de dessin.
- Il nous offrira également extensions fournies avec le gestionnaire d'extensions.
- Nous permettra importer à partir de diverses applications.
- Prend en charge de nombreux formats ouverts.
- Nous serons capables consulter le tableau périodique.
- Nous pourrons construire des modèles de molécules 2D et 3D.
- Vous permet d'insérer, de construire et de modifier des modules prédéfinis (ADN, ARN, Fragment, SMILES, Peptide, Polymère).
- Visualisation des cartes de potentiel électrostatique.
- Utilisation du analyse des atomes dans les molécules (Baigneur): QTAIM et WFN.
- Interactions molécule-surface.
- Nous pourrons manipuler, mesurer et aligner avec des outils. On peut aussi compter sur outils de sélection, de rotation automatique et d'optimisation automatique.
- L'équipe Avogadro offre à tous les utilisateurs un ensemble de Tutoriales afin que les développeurs puissent vous aider, compiler à partir des sources et contribuer à vos extensions. Ils publient également une documentation claire sur l'API.
Installez Avogadro sur Ubuntu
Avogadro est disponible en pack flatpak pour le système Ubuntu. Avant d'installer ce programme, nous devons avoir cette technologie activée dans notre système. Si vous ne l'avez toujours pas et que vous utilisez Ubuntu 20.04, vous pouvez continuer le guide qu'un collègue a écrit sur ce blog il y a quelque temps.
Lorsque cette technologie est déjà activée sur votre système, vous pouvez procéder à l'installation. Il vous suffit d'ouvrir un terminal (Ctrl + Alt + T) et d'exécuter la commande suivante pour installer Avogadro:
flatpak install flathub org.openchemistry.Avogadro2
Après l'installation, vous pouvez lancer le programme à la recherche du lanceur dans notre équipe. Vous pouvez également ouvrir l'éditeur moléculaire Avogadro à l'aide de la commande suivante dans le terminal:
flatpak run org.openchemistry.Avogadro2
Désinstaller
Pour supprimer ce programme, nous aurons seulement besoin d'ouvrir un terminal (Ctrl + Alt + T) et d'exécuter la commande qu'il contient:
flatpak uninstall org.openchemistry.Avogadro2
Avogadro est un visualiseur et éditeur de molécules avancé, conçu pour une utilisation multiplateforme dans des domaines tels que la chimie computationnelle, la modélisation moléculaire, la bioinformatique, la science des matériaux et des domaines connexes. En outre offre un rendu de qualité flexible avec une puissante architecture de plugins.
Ce logiciel est un projet open source, qui vise à être utilisé dans le monde entier sans restrictions par tous les développeurs, chercheurs et étudiants qui le souhaitent. Il se peut obtenir plus d'informations sur ce programme à site web du projet ou de votre page sur GitHub.