अगले लेख में हम PyMol पर एक नज़र डालने जा रहे हैं। पायथन आण्विक ग्राफिक्स है एक प्रोग्राम जो हमें अणुओं में हेरफेर और कल्पना करने की अनुमति देगा, और यह कि हम इसके फ़्लैटपैक पैकेज की बदौलत उबंटू में स्थापित कर सकते हैं। यह संरचनात्मक जीव विज्ञान में उपयोग के लिए उपलब्ध कुछ ओपन सोर्स विज़ुअलाइज़ेशन टूल में से एक है।
इस कार्यक्रम के नाम के पीई भाग के लिए, यह इस तथ्य को संदर्भित करता है कि यह पायथन प्रोग्रामिंग भाषा के लिए एक्स्टेंसिबल धन्यवाद है। जिसके अनुसार, पायथन के लिए उपलब्ध पुस्तकालयों का उपयोग करके आणविक संरचनाओं का जटिल विश्लेषण करने के लिए बढ़ाया जा सकता है, जैसे वो हे वैसे Numpy या पाइलैब।
PyMOL एक खुला स्रोत आणविक दर्शक है जिसे वॉरेन लियफोर्ड डेलानो द्वारा बनाया गया है और डेलानो साइंटिफिक एलएलसी द्वारा विपणन किया गया है, जो वैज्ञानिक और शैक्षिक समुदायों के लिए सार्वभौमिक रूप से सुलभ उपकरण बनाने के लिए समर्पित कंपनी है। यह कार्यक्रम छोटे अणुओं और जैविक मैक्रोमोलेक्यूल्स की उच्च गुणवत्ता वाली 3डी छवियों के उत्पादन के लिए भी उपयुक्त है। PyMOL में विभिन्न स्वरूपों और स्रोतों से अणुओं को लोड करने, हेरफेर करने और कल्पना करने की क्षमता है।. प्रोग्राम को मेनू-आधारित GUI के माध्यम से या बड़ी संख्या में से आसानी से नियंत्रित किया जा सकता है कीबोर्ड शॉर्टकट और / या स्क्रिप्ट। ए उपलब्ध है किरण अनुरेखक उत्पन्न दृश्यों के लिए उच्च गुणवत्ता वाली छवियां उत्पन्न करने के लिए एकीकृत।
यह एक व्यावसायिक उत्पाद है, लेकिन इसका अधिकांश स्रोत कोड इसके भंडार से उपलब्ध है GitHub एक अनुमेय लाइसेंस के तहत नि: शुल्क. इस परियोजना का रखरखाव श्रोडिंगर द्वारा किया जाता है और अंततः उन सभी द्वारा वित्त पोषित किया जाता है जो एक PyMOL लाइसेंस प्राप्त करते हैं।
पायमोल की सामान्य विशेषताएं
- कार्यक्रम गुणवत्ता ग्राफिक्स प्रदान करता है. एक अंतर्निर्मित किरण अनुरेखक किसी भी दृश्य में छाया और गहराई लाता है। हम बाहरी रूप से भी प्रस्तुत कर सकते हैं।
- वीडियो बनाएं एकाधिक लोड करने जितना आसान हो सकता है पीडीबी फाइलें और प्रेस प्ले।
- छवियों को सीधे PowerPoint और Keynote में कॉपी और पेस्ट किया जा सकता है. स्थिर छवियों और प्रस्तुत दृश्यों को पीएनजी प्रारूप में और क्विकटाइम वीडियो के रूप में उत्पन्न किया जा सकता है।
- लास मनमाना तार्किक अभिव्यक्ति देखने और संपादन को आसान बनाएं।
- के साथ खाता सतही व्याख्या अच्छा है, और जालीदार सतहें भी समर्थित हैं।
- L PyMOL . के साथ कार्टून वे बनाना और प्रस्तुत करना आसान है।
- कार्यक्रम हमें अनुमति देगा इसे कमांड लाइन से और GUI से नियंत्रित करें.
- फ्लाई पर संरचनाओं को काटा, उत्परिवर्तित और फिर से जोड़ा जा सकता है और मानक फाइलों को लिखें (पीडीबी, एमओएल / एसडीएफ).
- इस एप्लिकेशन को स्थापित किया जा सकता है प्रोटीन और प्रयोगात्मक संरचनात्मक डेटा के चित्रमय चित्र देखें, विश्लेषण करें और तैयार करें (जैसे क्रिस्टलोग्राफिक, एनएमआर-आधारित और इलेक्ट्रॉन माइक्रोस्कोपी).
- पुन: प्रयोज्य स्क्रिप्ट के माध्यम से PyMOL को नियंत्रित करने के सर्वोत्तम तरीकों में से एक है, जिसे कमांड भाषा या पायथन में लिखा जा सकता है।
- क्रॉस-प्लेटफ़ॉर्म कोड. इसका एक एकल कोड आधार है और बाहरी ओपन सोर्स निर्भरता के एक छोटे से सेट के अलावा, ओपनजीएल और पायथन का उपयोग करते हुए यूनिक्स, मैकिंटोश और विंडोज के साथ संगत है।
- यूजर इंटरफेस का विकास ने मुख्य रूप से क्षमताओं पर ध्यान केंद्रित किया है, न कि नए उपयोगकर्ताओं के लिए उपयोग में आसानी पर.
- सूखी घास एक एकल अखंड कमांड-ओरिएंटेड प्रोग्रामिंग इंटरफ़ेस.
ये इस कार्यक्रम की कुछ विशेषताएं हैं। वे कर सकते हैं विस्तार से उन सभी से परामर्श करें विकी परियोजना का.
फ्लैटपाक के माध्यम से उबंटू पर PyMOL स्थापित करें
यह कार्यक्रम यहां उपलब्ध पाया जा सकता है Flathub. के लिए फ्लैटपाक के माध्यम से उबंटू पर पायथन आण्विक ग्राफिक्स स्थापित करें, हमारे उपकरणों में इस तकनीक का सक्षम होना आवश्यक है। यदि आप Ubuntu 20.04 का उपयोग करते हैं और आपके पास नहीं है, तो आप जारी रख सकते हैं पथप्रदर्शक एक सहयोगी ने इस ब्लॉग पर इसके बारे में लिखा था।
जब आप अपने कंप्यूटर पर इस प्रकार के पैकेज को स्थापित कर सकते हैं, तो आपको बस एक टर्मिनल (Ctrl + Alt + T) खोलना होगा और उसमें निम्न कमांड का उपयोग करना होगा Flatpak . के माध्यम से प्रोग्राम इंस्टॉल करें:
flatpak install --user https://flathub.org/repo/appstream/org.pymol.PyMOL.flatpakref
जरूरत पड़ने पर कार्यक्रम को अद्यतन करें, जब कोई नया संस्करण उपलब्ध होता है, तो टर्मिनल में केवल कमांड निष्पादित करना आवश्यक होता है:
flatpak --user update org.pymol.PyMOL
स्थापना के बाद, हम कर सकते हैं कार्यक्रम शुरू करें एप्लिकेशन मेनू या हमारे पास उपलब्ध किसी अन्य एप्लिकेशन लॉन्चर से। हम टर्मिनल (Ctrl + Alt + T) कमांड में भी निष्पादित कर सकते हैं:
flatpak run org.pymol.PyMOL
स्थापना रद्द करें
मामले में आप चाहते हैं अपने कंप्यूटर से Python Molecular ग्राफ़िक्स को अनइंस्टॉल करें, आपको केवल एक टर्मिनल (Ctrl + Alt + T) खोलने और उसमें निष्पादित करने की आवश्यकता होगी:
flatpak uninstall org.pymol.PyMOL
PyMOL एक सक्षम आणविक दर्शक और रेंडरर है। इसका उपयोग प्रकाशन-गुणवत्ता के आंकड़े तैयार करने, इंटरैक्टिव परिणाम साझा करने या पूर्व-रेंडर किए गए एनिमेशन उत्पन्न करने के लिए किया जा सकता है। आज, कई वैज्ञानिक इन कार्यों के लिए नियमित रूप से PyMOL का उपयोग करते हैं। उपयोगकर्ता जो इस कार्यक्रम के बारे में अधिक जानना चाहते हैं या यह कैसे काम करता है, कर सकते हैं के पास जाओ वेबसाइट या विकी परियोजना का.