U sljedećem članku ćemo pogledati PyMol. Python Molecular Graphics je program koji će nam omogućiti da manipuliramo i vizualiziramo molekule, a koje možemo instalirati u Ubuntu zahvaljujući njegovom Flatpak paketu. Ovo je jedan od rijetkih alata za vizualizaciju otvorenog koda koji su dostupni za korištenje u strukturnoj biologiji.
Što se tiče Py dijela naziva ovog programa, on se odnosi na činjenicu da je proširiv zahvaljujući programskom jeziku Python. Prema kojem, može se proširiti za obavljanje složene analize molekularnih struktura korištenjem biblioteka dostupnih za Python, kakvi jesu numpy ili pylab.
PyMOL je molekularni preglednik otvorenog koda koji je stvorio Warren Lyford Delano, a na tržištu ga je prodao Delano Scientific LLC, tvrtka posvećena stvaranju univerzalno dostupnih alata za znanstvene i obrazovne zajednice. Ovaj program je također prikladan za proizvodnju visokokvalitetnih 3D slika malih molekula i bioloških makromolekula. PyMOL ima sposobnost učitavanja, manipulacije i vizualizacije molekula iz raznih formata i izvora.. Programom se može lako upravljati putem grafičkog korisničkog sučelja koji se temelji na izborniku ili iz velikog broja tipkovni prečaci i/ili skripte. A tracer zraka Integrirano za generiranje slika visoke kvalitete za generirane prikaze.
Ovo je komercijalni proizvod, ali većina njegovog izvornog koda dostupna je iz njegovog spremišta na adresi GitHub besplatno pod dopuštenom licencom. Ovaj projekt održava Schrödinger i u konačnici ga financiraju svi koji steknu PyMOL licencu.
Opće karakteristike PyMOL-a
- Program nudi kvalitetnu grafiku. Ugrađeni uređaj za praćenje zraka unosi sjene i dubinu u bilo koju scenu. Možemo renderirati i eksterno.
- Stvaranje videozapisa može biti jednostavno kao i višestruko učitavanje PDB datoteke i pritisnite play.
- Slike se mogu kopirati i zalijepiti izravno u PowerPoint i Keynote. Mirne slike i renderirane sekvence mogu se generirati u PNG formatu i kao QuickTime video zapisi.
- Las proizvoljnih logičkih izraza olakšati pregled i uređivanje.
- značajke površinske interpretacije dobro, a podržane su i mrežaste površine.
- The crtići s PyMOL-om lako ih je stvoriti i prikazati.
- Program će nam omogućiti kontrolirajte ga iz naredbenog retka i iz GUI-ja.
- Strukture se mogu rezati, mutirati i ponovno sastavljati u hodu i pisati u standardne datoteke (PDB, MOL/SDF).
- Ova aplikacija se može instalirati na pregledavati, analizirati i pripremati grafičke slike proteina i eksperimentalne strukturne podatke (npr. kristalografska, NMR-bazirana i elektronska mikroskopija).
- Jedan od najboljih načina za kontrolu PyMOL-a je korištenje skripti za višekratnu upotrebu, koji se može napisati u naredbenom jeziku ili Pythonu.
- Višeplatformski kod. Ima jednu bazu koda i kompatibilan je s Unixom, Macintoshom i Windowsom, koristeći OpenGL i Python, uz mali skup vanjskih ovisnosti otvorenog koda.
- Razvoj korisničkog sučelja prvenstveno se usredotočio na mogućnosti, a ne na jednostavnost korištenja za nove korisnike.
- Tamo jedno monolitno programsko sučelje orijentirano na naredbe.
Ovo su samo neke od značajki ovog programa. Može biti detaljno se posavjetujte sa svima Wiki projekta.
Instalirajte PyMOL na Ubuntu putem Flatpaka
Ovaj program možete pronaći na adresi Flathub. Za instalirajte Python Molecular Graphics na Ubuntu putem Flatpaka, potrebno je ovu tehnologiju omogućiti u našoj opremi. Ako koristite Ubuntu 20.04, a nemate ga, možete nastaviti Vodič kolega je o tome napisao na ovom blogu.
Kada možete instalirati ovu vrstu paketa na svoje računalo, potrebno je samo otvoriti terminal (Ctrl + Alt + T) i u njemu upotrijebiti sljedeću naredbu za instalirajte program putem Flatpaka:
flatpak install --user https://flathub.org/repo/appstream/org.pymol.PyMOL.flatpakref
U slučaju da trebate ažurirajte program, kada je dostupna nova verzija, u terminalu je potrebno samo izvršiti naredbu:
flatpak --user update org.pymol.PyMOL
Nakon instalacije možemo pokrenite program iz izbornika Aplikacije ili bilo kojeg drugog pokretača aplikacija koji imamo na raspolaganju. Također možemo izvršiti u terminalu (Ctrl + Alt + T) naredbu:
flatpak run org.pymol.PyMOL
deinstalirati
U slučaju da želite deinstalirajte Python Molecular Graphics sa svog računala, trebat ćete samo otvoriti terminal (Ctrl + Alt + T) i izvršiti u njemu:
flatpak uninstall org.pymol.PyMOL
PyMOL je sposoban molekularni preglednik i renderer. Može se koristiti za pripremu brojki kvalitetne publikacije, za dijeljenje interaktivnih rezultata ili za generiranje unaprijed renderiranih animacija. Danas mnogi znanstvenici diljem svijeta rutinski koriste PyMOL za te zadatke. Korisnici koji žele saznati više o ovom programu ili kako funkcionira, mogu idite na web stranica ili Wiki projekta.