Pada artikel selanjutnya kita akan melihat Avogadro. Ini adalah gratis, sumber terbuka, aplikasi pengeditan molekuler untuk Gnu / Linux, Windows dan MacOS. Ini adalah program yang dapat digunakan di kimia komputasi, pemodelan molekuler, bioinformatika, ilmu material, dan banyak bidang lainnya.
Aplikasi digunakan dalam VTK untuk kemampuan analisis dan visualisasi. Ini juga mendukung representasi volume untuk data titik atau garis aliran untuk bidang vektor. Ini menawarkan rendering berkualitas tinggi yang fleksibel dan arsitektur plugin yang kuat. Adalah tentang perangkat lunak yang sederhana dan mudah digunakan, siap digunakan oleh mahasiswa dan peneliti. Avogadro adalah perangkat lunak gratis yang dapat Anda distribusikan ulang dan / atau modifikasi di bawah ketentuan Lisensi Publik Umum GNU, diterbitkan oleh Free Software Foundation, baik versi 2 dari Lisensi atau versi yang lebih baru.
Tidak seperti pemirsa molekuler 2D / 3D berbasis web lainnya, Avogadro menggunakan OpenGL secara langsung dan menawarkan paket desktop asli. Aplikasi ini menggunakan seperangkat standar yang memungkinkan program komputer menggunakan fungsi rendering perangkat keras 2D / 3D (GPU). Avogadro mendukung komputasi dan pemrosesan multi-threaded out-of-the-box, memiliki alat interaktif, perintah, dan skrip Python kustom.
Karakteristik umum Avogadro
- Ini adalah program multiplatform, jadi kita bisa menggunakannya di Gnu / Linux, Windows dan Mac OSX.
- Hal ini program ringan menawarkan kinerja tinggi.
- Terlepas dari semua yang ditawarkannya, ia memiliki beberapa persyaratan perangkat keras minimum.
- Programnya adalah diterjemahkan ke dalam berbagai bahasa, sebagaimana adanya; China, Prancis, Jerman, Italia, Rusia, Spanyol, dan beberapa lainnya.
- Antarmukanya jelas dan mudah digunakan.
- Termasuk satu set besar alat untuk pengukuran, penyelarasan, visualisasi, manipulasi dan gambar.
- Itu juga akan menawarkan kita ekstensi yang dibundel dengan pengelola ekstensi.
- Akan mengizinkan kita impor dari berbagai aplikasi.
- Mendukung banyak format terbuka.
- Kami akan mampu lihat tabel periodik.
- Kita bisa membangun model molekul 2D dan 3D.
- Memungkinkan Anda memasukkan, membuat, dan memodifikasi modul yang telah didesain sebelumnya (DNA, RNA, Fragmen, SENYUM, Peptida, Polimer).
- Visualisasi peta potensial elektrostatis.
- Penggunaan analisis atom dalam molekul (Lebih buruk): QTAIM dan WFN.
- Interaksi permukaan molekul.
- Kita bisa memanipulasi, mengukur, dan menyelaraskan dengan alat. Kami juga bisa mengandalkan alat seleksi, putar otomatis, dan pengoptimalan otomatis.
- Tim Avogadro menawarkan satu set file tutorial sehingga pengembang dapat membantu, mengumpulkan dari sumber dan menyumbangkan ekstensi Anda. Mereka juga menerbitkan dokumentasi API yang jelas.
Instal Avogadro di Ubuntu
Avogadro adalah tersedia sebagai paket flatpak untuk sistem Ubuntu. Sebelum menginstal program ini, kita harus mengaktifkan teknologi ini di sistem kita. Jika Anda masih belum memilikinya dan Anda menggunakan Ubuntu 20.04, Anda dapat melanjutkan Petunjuk yang ditulis oleh seorang rekan di blog ini beberapa waktu yang lalu.
Jika Anda sudah mengaktifkan teknologi ini di sistem Anda, Anda dapat melanjutkan penginstalan. Anda hanya perlu membuka terminal (Ctrl + Alt + T) dan menjalankan perintah berikut di dalamnya instal Avogadro:
flatpak install flathub org.openchemistry.Avogadro2
Setelah penginstalan, Anda bisa jalankan programnya mencari pelempar di tim kami. Anda juga dapat membuka editor molekuler Avogadro menggunakan perintah berikut di terminal:
flatpak run org.openchemistry.Avogadro2
Copot pemasangan
untuk hapus program ini, kita hanya perlu membuka terminal (Ctrl + Alt + T) dan menjalankan perintah di dalamnya:
flatpak uninstall org.openchemistry.Avogadro2
Avogadro adalah penampil dan editor molekul tingkat lanjut, yang dirancang untuk penggunaan lintas platform di bidang-bidang seperti kimia komputasi, pemodelan molekul, bioinformatika, ilmu material, dan bidang terkait. Apalagi menawarkan rendering kualitas yang fleksibel dengan arsitektur plugin yang andal.
Software ini merupakan proyek open source, yang bertujuan untuk digunakan di seluruh dunia tanpa batasan oleh semua developer, peneliti dan mahasiswa yang menginginkannya. Bisa dapatkan informasi lebih lanjut tentang program ini di situs proyek atau dari Anda halaman di GitHub.