PyMOL, settu upp Python Molecular Graphics á Ubuntu með Flatpak

um PyMOL

Í næstu grein ætlum við að kíkja á PyMol. Python sameindagrafík er forrit sem gerir okkur kleift að meðhöndla og sjá sameindir, og að við getum sett upp í Ubuntu þökk sé Flatpak pakkanum. Þetta er eitt af fáum opnum sjónrænum verkfærum sem til eru til notkunar í burðarlíffræði.

Hvað varðar Py hluta nafnsins á þessu forriti, þá vísar það til þess að það er hægt að stækka þökk sé Python forritunarmálinu. Samkvæmt því, hægt að útvíkka til að framkvæma flókna greiningu á sameindabyggingum með því að nota bókasöfn sem eru tiltæk fyrir Python, eins og þeir eru Numpy eða pylab.

PyMOL er opinn uppspretta sameindaskoðari búinn til af Warren Lyford Delano og markaðssettur af Delano Scientific LLC, sem er fyrirtæki sem er tileinkað því að búa til alhliða aðgengileg verkfæri fyrir vísinda- og menntasamfélög. Þetta forrit hentar einnig til að framleiða hágæða þrívíddarmyndir af litlum sameindum og líffræðilegum stórsameindum. PyMOL hefur getu til að hlaða, meðhöndla og sjá sameindir frá ýmsum sniðum og heimildum.. Auðvelt er að stjórna forritinu í gegnum valmyndarbundið GUI eða frá miklum fjölda flýtilykla og/eða handrit. A er í boði raytracer samþætt til að búa til hágæða myndir fyrir myndaðar skoðanir.

dæmi um pymol

Þetta er verslunarvara, en megnið af frumkóða hans er fáanlegur frá geymslu þess á GitHub án endurgjalds samkvæmt leyfilegu leyfi. Þetta verkefni er viðhaldið af Schrödinger og að lokum fjármagnað af öllum sem öðlast PyMOL leyfi.

Almenn einkenni PyMOL

PyMOL Adanaced stillingar

  • The program býður upp á góða grafík. Innbyggt geislamerki kemur með skugga og dýpt í hvaða senu sem er. Við getum líka gert utanaðkomandi.
  • Búðu til myndskeið getur verið eins einfalt og að hlaða mörgum PDB skrár og ýttu á play.
  • Hægt er að afrita myndir og líma þær beint inn í PowerPoint og Keynote. Hægt er að búa til kyrrmyndir og gerðir raðir á PNG sniði og sem QuickTime myndbönd.
  • sem handahófskenndar rökfræðilegar tjáningar auðvelda áhorf og klippingu.
  • Hefur yfirborðstúlkanir gott, og möskvafletir eru einnig studdir.
  • Los teiknimyndir með PyMOL það er auðvelt að búa þær til og gera þær.
  • Forritið gerir okkur kleift stjórna því frá skipanalínunni og frá GUI.

PyMOL virkar

  • Hægt er að skera, stökkbreyta og setja saman mannvirki á flugu og skrifaðu í venjulegar skrár (PDB, MOL / SDF).
  • Þetta forrit er hægt að setja upp á skoða, greina og útbúa grafískar myndir af próteinum og tilraunauppbyggingargögnum (td kristölfræði, NMR-undirstaða og rafeindasmásjá).
  • Ein besta leiðin til að stjórna PyMOL er með endurnýtanlegum forskriftum, sem hægt er að skrifa á skipanamáli eða Python.
  • Kóði yfir vettvang. Það hefur einn kóðagrunn sem er samhæft við Unix, Macintosh og Windows, með því að nota OpenGL og Python, til viðbótar við lítið sett af opnum uppspretta ytri ósjálfstæði.
  • Þróun notendaviðmóts hefur einbeitt sér fyrst og fremst að getu, ekki auðveldi í notkun fyrir nýja notendur.
  • Hay eitt einhæft stjórnunarmiðað forritunarviðmót.

Þetta eru aðeins nokkrar af eiginleikum þessa forrits. Þau geta hafðu samráð við þau öll í smáatriðum frá wiki verkefnisins.

Settu upp PyMOL á Ubuntu í gegnum Flatpak

Þetta forrit er aðgengilegt á Flathub. Fyrir settu upp Python Molecular Graphics á Ubuntu í gegnum Flatpak, það er nauðsynlegt að hafa þessa tækni virka í búnaði okkar. Ef þú notar Ubuntu 20.04 og ert ekki með það geturðu haldið áfram Leiðbeiningin samstarfsmaður skrifaði á þetta blogg um það.

Þegar þú getur sett upp þessa tegund pakka á tölvunni þinni er aðeins nauðsynlegt að opna flugstöð (Ctrl + Alt + T) og nota eftirfarandi skipun í henni til að setja upp forritið í gegnum Flatpak:

setja upp með flatpak

flatpak install --user https://flathub.org/repo/appstream/org.pymol.PyMOL.flatpakref

Ef þú þarft uppfæra forritið, þegar ný útgáfa er tiltæk, í flugstöð er aðeins nauðsynlegt að framkvæma skipunina:

flatpak --user update org.pymol.PyMOL

Eftir uppsetningu getum við það byrja forritið úr forritavalmyndinni eða öðrum ræsiforritum sem við höfum tiltækt. Við getum líka framkvæmt í flugstöðinni (Ctrl + Alt + T) skipunina:

pymol sjósetja

flatpak run org.pymol.PyMOL

Fjarlægðu

Ef þú vilt fjarlægja Python Molecular Graphics af tölvunni þinni, þú þarft bara að opna flugstöð (Ctrl + Alt + T) og keyra í henni:

fjarlægja PyMOL

flatpak uninstall org.pymol.PyMOL

PyMOL er hæfur sameindaskoðari og flutningsmaður. Það er hægt að nota til að útbúa útgáfugæðatölur, til að deila gagnvirkum niðurstöðum eða til að búa til forútgefin hreyfimyndir. Í dag nota margir vísindamenn um allan heim reglulega PyMOL fyrir þessi verkefni. Notendur sem vilja vita meira um þetta forrit eða hvernig það virkar, geta fara í website eða wiki verkefnisins.


Innihald greinarinnar fylgir meginreglum okkar um siðareglur ritstjórnar. Til að tilkynna um villu smelltu hér.

Vertu fyrstur til að tjá

Skildu eftir athugasemd þína

Netfangið þitt verður ekki birt. Nauðsynlegir reitir eru merktir með *

*

*

  1. Ábyrgðarmaður gagna: Miguel Ángel Gatón
  2. Tilgangur gagnanna: Control SPAM, umsögn stjórnun.
  3. Lögmæti: Samþykki þitt
  4. Samskipti gagna: Gögnunum verður ekki miðlað til þriðja aðila nema með lagalegri skyldu.
  5. Gagnageymsla: Gagnagrunnur sem Occentus Networks (ESB) hýsir
  6. Réttindi: Hvenær sem er getur þú takmarkað, endurheimt og eytt upplýsingum þínum.