במאמר הבא אנו נסתכל על אבוגדרו. זה יישום עריכה מולקולרית עם קוד פתוח בחינם עבור Gnu / Linux, Windows ו- MacOS. זוהי תוכנית שניתן להשתמש בה כימיה חישובית, דוגמנות מולקולרית, ביואינפורמטיקה, מדעי החומרים ותחומים רבים אחרים.
היישום משמש ב- VTK ליכולות ניתוח והדמיה. הוא תומך גם בייצוג נפח עבור נתוני נקודה או קווי זרימה עבור שדות וקטוריים. הוא מציע טיוח גמיש ואיכותי וארכיטקטורת תוספים חזקה. הוא בערך תוכנה פשוטה ונוחה לשימוש, מוכנה לשימוש סטודנטים וחוקרים. Avogadro היא תוכנה חינמית שתוכל להפיץ מחדש ו / או לשנות תחת תנאי הרישיון הציבורי הכללי של GNU, שפורסם על ידי קרן התוכנה החופשית, בגרסה 2 של הרישיון או בכל גרסה מאוחרת יותר.
שלא כמו צופים מולקולריים 2D / 3D מבוססי אינטרנט אחרים, Avogadro משתמש ישירות ב- OpenGL ומציע חבילות שולחן עבודה מקומיות. יישום זה משתמש במערכת סטנדרטים המאפשרת לתוכנות מחשב להשתמש בפונקציות עיבוד דו-ממדיות ותלת-ממדיות חומרה (GPU). Avogadro תומך בחישוב ועיבוד רב-הברגה מהקופסה, כולל כלים אינטראקטיביים, פקודות ותסריטי Python מותאמים אישית.
מאפיינים כלליים של אבוגדרו
- האם תוכנית מרובה צורותכדי שנוכל להשתמש בו ב- Gnu / Linux, Windows ו- Mac OSX.
- זה תוכנית אור מציע ביצועים גבוהים.
- למרות כל מה שהוא מציע, יש בו כמה דרישות חומרה מינימליות.
- התוכנית היא מתורגם לשפות שונות, כמו שהם; סינית, צרפתית, גרמנית, איטלקית, רוסית, ספרדית וכמה אחרים.
- הממשק שלו ברור ונוח לשימוש.
- כולל סט גדול של כלים למדידה, יישור, הדמיה, מניפולציה ורישום.
- זה גם יציע לנו הרחבות המצורפות למנהל התוספות.
- יאפשר לנו ייבוא מיישומים שונים.
- תומך בפורמטים פתוחים רבים.
- נוכל עיין בטבלה המחזורית.
- אנחנו יכולים לבנות מודלים דו-ממדיים ותלת-ממדיים.
- מאפשר לך להוסיף, לבנות ולשנות מודולים שתוכננו מראש (DNA, RNA, שבר, חיוכים, פפטיד, פולימר).
- ויזואליזציה של מפות פוטנציאליות אלקטרוסטטיות.
- שימוש ב ניתוח אטומים במולקולות (בדר): QTAIM ו- WFN.
- אינטראקציות מולקולה-משטח.
- אנחנו יכולים לתפעל, למדוד וליישר כלים. אנחנו יכולים גם לסמוך כלים לבחירה, סיבוב אוטומטי ואופטימיזציה אוטומטית.
- הצוות Avogadro מציע לכל המשתמשים קבוצה של Tutoriales כך שמפתחים יכולים לעזור, לקמפל מהמקור ולתרום את התוספים שלך. הם גם מפרסמים תיעוד ברור של API.
התקן את Avogadro באובונטו
אבוגדרו הוא זמין כ- חבילת Flatpak עבור מערכת אובונטו. לפני התקנת תוכנית זו, עלינו להפעיל את הטכנולוגיה הזו במערכת שלנו. אם עדיין אין לך את זה ואתה משתמש באובונטו 20.04, אתה יכול להמשיך המדריך שכתב עמית בבלוג זה לפני זמן מה.
כאשר הטכנולוגיה הזו כבר מופעלת במערכת שלך, תוכל להמשיך בהתקנה. אתה רק צריך לפתוח מסוף (Ctrl + Alt + T) ולהריץ את הפקודה הבאה אליו להתקין את Avogadro:
flatpak install flathub org.openchemistry.Avogadro2
לאחר ההתקנה, אתה יכול להפעיל את התוכנית מחפש את הכד בקבוצה שלנו. ניתן גם לפתוח את העורך המולקולרי Avogadro באמצעות הפקודה הבאה במסוף:
flatpak run org.openchemistry.Avogadro2
הסר את ההתקנה
כדי הסר תוכנית זונצטרך רק לפתוח מסוף (Ctrl + Alt + T) ולבצע את הפקודה בו:
flatpak uninstall org.openchemistry.Avogadro2
אבוגדרו הוא צופה ועורך מולקולות מתקדם, המיועד לשימוש חוצה פלטפורמות בתחומים כמו כימיה חישובית, דוגמנות מולקולרית, ביואינפורמטיקה, מדע חומרים ותחומים נלווים. מה עוד מציע עיבוד איכות גמיש עם ארכיטקטורת תוספים חזקה.
תוכנה זו היא פרויקט קוד פתוח, שמטרתו להשתמש ברחבי העולם ללא הגבלות על ידי כל היזמים, החוקרים והסטודנטים שרוצים. זה יכול לקבל מידע נוסף אודות תוכנית זו באתר אתר הפרויקט או משלך דף ב- GitHub.