Nākamajā rakstā mēs apskatīsim Avogadro. Tas ir bezmaksas, atvērtā koda, molekulārā rediģēšanas lietojumprogramma Gnu / Linux, Windows un MacOS. Tā ir programma, kuru var izmantot skaitļošanas ķīmija, molekulārā modelēšana, bioinformātika, materiālzinātne un daudzas citas jomas.
Lietojumprogramma tiek izmantota VTK analīzes un vizualizācijas iespējām. Tas atbalsta arī punktu datu apjoma attēlojumu vai vektoru lauku plūsmas līnijas. Tas piedāvā elastīgu, augstas kvalitātes renderēšanu un jaudīgu spraudņu arhitektūru. Ir par vienkārša un viegli lietojama programmatūra, kas ir gatava lietošanai studentiem un pētniekiem. Avogadro ir bezmaksas programmatūra, kuru varat pārdalīt un / vai modificēt saskaņā ar GNU General Public License, ko publicējis Free Software Foundation, vai nu licences 2. versiju, vai jebkuru vēlāku versiju.
Atšķirībā no citiem tīmekļa 2D / 3D molekulārajiem skatītājiem, Avogadro tieši izmanto OpenGL un piedāvā vietējās darbvirsmas paketes. Šajā lietojumprogrammā tiek izmantots standartu kopums, kas ļauj datorprogrammām izmantot 2D / 3D aparatūras atveides funkcijas (GPU). Avogadro atbalsta daudzpakāpju skaitļošanu un apstrādi, izmantojot interaktīvus rīkus, komandas un pielāgotus Python skriptus.
Avogadro vispārīgās īpašības
- Tas ir daudzplatformu programma, tāpēc mēs to varam izmantot Gnu / Linux, Windows un Mac OSX.
- Tā ir viegla programma piedāvājot augstu veiktspēju.
- Neskatoties uz visu, ko tas piedāvā, tam ir daži minimālās aparatūras prasības.
- Programma ir tulkoti dažādās valodās, kādi tie ir; Ķīniešu, franču, vācu, itāļu, krievu, spāņu un daži citi.
- Tās saskarne ir skaidra un viegli lietojams.
- Ietver lielu komplektu instrumenti mērīšanai, izlīdzināšanai, vizualizēšanai, manipulēšanai un zīmēšanai.
- Tas mums arī piedāvās paplašinājumi kopā ar paplašinājumu pārvaldnieku.
- Ļaus mums importēt no dažādām lietojumprogrammām.
- Atbalsta daudzus atvērtos formātus.
- Mēs varēsim skatiet periodisko tabulu.
- Mēs varam veidot 2D un 3D molekulu modeļus.
- Ļauj ievietot, veidot un modificēt iepriekš izstrādātus moduļus (DNS, RNS, fragments, SMILES, peptīds, polimērs).
- Elektrostatisko potenciālo karšu vizualizācija.
- Izmantošana molekulu atomu analīze (Bader): QTAIM un WFN.
- Molekulu un virsmas mijiedarbība.
- Mēs varam manipulēt, izmērīt un saskaņot ar rīkiem. Mēs varam arī paļauties atlases, automātiskās pagriešanas un automātiskās optimizācijas rīkus.
- Komanda Avogadro visiem lietotājiem piedāvā konsultācijas lai izstrādātāji varētu palīdzēt, apkopot no avota un sniegt ieguldījumu jūsu paplašinājumos. Viņi arī publicē skaidru API dokumentāciju.
Instalējiet Avogadro uz Ubuntu
Avogadro ir pieejams kā flatpak iepakojums priekš Ubuntu sistēmas. Pirms šīs programmas instalēšanas mūsu sistēmā jābūt iespējotai šai tehnoloģijai. Ja jums to joprojām nav, un jūs izmantojat Ubuntu 20.04, varat turpināt Ceļvedis ka pirms kāda laika šajā emuārā rakstīja kolēģis.
Kad šī tehnoloģija jūsu sistēmā jau ir iespējota, varat turpināt instalēšanu. Jums vienkārši jāatver terminālis (Ctrl + Alt + T) un tajā jāpalaiž šāda komanda instalēt Avogadro:
flatpak install flathub org.openchemistry.Avogadro2
Pēc instalēšanas jūs varat palaist programmu meklēju krūzi mūsu komandā. Varat arī atvērt Avogadro molekulāro redaktoru, izmantojot šādu komandu terminālā:
flatpak run org.openchemistry.Avogadro2
Atinstalēt
līdz noņemt šo programmu, mums būs jāatver tikai termināls (Ctrl + Alt + T) un jāizpilda tajā esošā komanda:
flatpak uninstall org.openchemistry.Avogadro2
Avogadro ir uzlabots molekulu skatītājs un redaktors, kas paredzēts starpplatformu lietošanai tādās jomās kā skaitļošanas ķīmija, molekulārā modelēšana, bioinformātika, materiālu zinātne un ar to saistītās jomās. Kas vēl piedāvā elastīgas kvalitātes renderēšanu ar jaudīgu spraudņu arhitektūru.
Šī programmatūra ir atvērtā koda projekts, kura mērķis ir bez ierobežojumiem izmantot visiem izstrādātājiem, pētniekiem un studentiem, kuri to vēlas. Tā var iegūt vairāk informācijas par šo programmu vietnē projekta vietne vai no jūsu lapa vietnē GitHub.