W następnym artykule przyjrzymy się Avogadro. To jest bezpłatna aplikacja do edycji molekularnej typu open source dla systemów Gnu / Linux, Windows i MacOS. Jest to program, którego można używać w chemia obliczeniowa, modelowanie molekularne, bioinformatyka, materiałoznawstwo i wiele innych dziedzin.
Aplikacja jest używana w VTK do analizy i wizualizacji. Obsługuje również reprezentację objętości dla danych punktowych lub linii przepływu dla pól wektorowych. Oferuje elastyczne, wysokiej jakości renderowanie i potężną architekturę wtyczek. Jest o proste i łatwe w użyciu oprogramowanie, gotowe do użytku przez studentów i naukowców. Avogadro jest wolnym oprogramowaniem, które możesz rozpowszechniać i / lub modyfikować zgodnie z warunkami Powszechnej Licencji Publicznej GNU, opublikowanej przez Fundację Wolnego Oprogramowania, w wersji 2 tej Licencji lub dowolnej późniejszej.
W przeciwieństwie do innych internetowych przeglądarek molekularnych 2D / 3D, Avogadro używa bezpośrednio OpenGL i oferuje natywne pakiety dla komputerów stacjonarnych. Ta aplikacja korzysta z zestawu standardów, które umożliwiają programom komputerowym korzystanie z funkcji renderowania sprzętowego 2D / 3D (GPU). Avogadro obsługuje gotowe wielowątkowe obliczenia i przetwarzanie, ma interaktywne narzędzia, polecenia i niestandardowe skrypty Pythona.
Ogólna charakterystyka Avogadro
- Jest to program wieloplatformowy, więc możemy go używać w Gnu / Linux, Windows i Mac OSX.
- Jest lekki program oferując wysoką wydajność.
- Mimo wszystko, co oferuje, ma trochę minimalne wymagania sprzętowe.
- Program jest przetłumaczone na różne języki, tak jak oni; Chiński, francuski, niemiecki, włoski, rosyjski, hiszpański i kilka innych.
- Jego interfejs jest przejrzysty i łatwy w użyciu.
- Zawiera duży zestaw narzędzia do pomiaru, wyrównywania, wizualizacji, manipulacji i rysowania.
- Zaoferuje nam również rozszerzenia w pakiecie z menedżerem rozszerzeń.
- Pozwoli nam import z różnych aplikacji.
- Obsługuje wiele otwartych formatów.
- Będziemy mogli skonsultuj się z układem okresowym.
- Możemy budować modele cząsteczek 2D i 3D.
- Umożliwia wstawianie, budowanie i modyfikowanie wstępnie zaprojektowanych modułów (DNA, RNA, fragment, SMILES, peptyd, polimer).
- Wizualizacja map potencjału elektrostatycznego.
- Korzystanie z analiza atomów w cząsteczkach (Bader): QTAIM i WFN.
- Interakcje cząsteczka-powierzchnia.
- Możemy manipulować, mierzyć i dopasowywać za pomocą narzędzi. My też możemy liczyć narzędzia wyboru, automatycznego obracania i automatycznej optymalizacji.
- Zespół Avogadro oferuje wszystkim użytkownikom zestaw plików Tutoriales aby programiści mogli pomóc, skompilować ze źródła i wnieść twoje rozszerzenia. Publikują również przejrzystą dokumentację API.
Zainstaluj Avogadro na Ubuntu
Avogadro jest dostępny jako pakiet flatpak dla systemu Ubuntu. Przed zainstalowaniem tego programu musimy mieć włączoną tę technologię w naszym systemie. Jeśli nadal go nie masz i używasz Ubuntu 20.04, możesz kontynuować Przewodnik które jakiś kolega napisał na tym blogu jakiś czas temu.
Jeśli masz już włączoną tę technologię w swoim systemie, możesz kontynuować instalację. Wystarczy otworzyć terminal (Ctrl + Alt + T) i uruchomić w nim następujące polecenie zainstaluj Avogadro:
flatpak install flathub org.openchemistry.Avogadro2
Po instalacji możesz uruchom program szukam miotacza w naszej drużynie. Możesz także otworzyć edytor molekularny Avogadro, używając następującego polecenia w terminalu:
flatpak run org.openchemistry.Avogadro2
Odinstaluj
do usuń ten program, będziemy musieli tylko otworzyć terminal (Ctrl + Alt + T) i wykonać w nim polecenie:
flatpak uninstall org.openchemistry.Avogadro2
Avogadro to zaawansowana przeglądarka i edytor molekuł, zaprojektowana do użytku na wielu platformach w takich dziedzinach, jak chemia obliczeniowa, modelowanie molekularne, bioinformatyka, materiałoznawstwo i pokrewne dziedziny. Co więcej oferuje elastyczne renderowanie jakości z potężną architekturą wtyczek.
To oprogramowanie jest projektem open source, który ma być używany na całym świecie bez ograniczeń przez wszystkich programistów, badaczy i studentów, którzy chcą. To może więcej informacji na temat tego programu można znaleźć pod adresem witryna projektu lub z twojego strona w serwisie GitHub.