No próximo artigo, daremos uma olhada em Avogadro. Esta é um aplicativo de edição molecular de código aberto gratuito para Gnu / Linux, Windows e MacOS. É um programa que pode ser usado em química computacional, modelagem molecular, bioinformática, ciência dos materiais e muitos outros campos.
O aplicativo é usado em VTK para recursos de análise e visualização. Ele também oferece suporte à representação de volume para dados de ponto ou linhas de fluxo para campos vetoriais. Ele oferece renderização flexível e de alta qualidade e uma poderosa arquitetura de plugins. Se trata de um software simples e fácil de usar, pronto para ser utilizado por alunos e pesquisadores. Avogadro é um software livre que você pode redistribuir e / ou modificar sob os termos da GNU General Public License, publicada pela Free Software Foundation, seja a versão 2 da Licença ou qualquer versão posterior.
Ao contrário de outros visualizadores moleculares 2D / 3D baseados na web, Avogadro usa OpenGL diretamente e oferece pacotes de desktop nativos. Este aplicativo usa um conjunto de padrões que permitem que programas de computador usem funções de renderização de hardware 2D / 3D (GPU) O Avogadro oferece suporte para computação e processamento multithread prontos para uso, tem ferramentas interativas, comandos e scripts Python personalizados.
Características gerais do Avogadro
- É uma programa de plataforma cruzada, para que possamos usá-lo em Gnu / Linux, Windows e Mac OSX.
- É um programa leve oferecendo alto desempenho.
- Apesar de tudo o que oferece, tem alguns requisitos mínimos de hardware.
- O programa é traduzido para diferentes idiomas, como são; Chinês, francês, alemão, italiano, russo, espanhol e alguns outros.
- Sua interface é clara e fácil de usar.
- Inclui um grande conjunto de ferramentas para medição, alinhamento, visualização, manipulação e desenho.
- Ele também nos oferecerá extensões agrupadas com o gerenciador de extensões.
- Nos permitirá importar de vários aplicativos.
- Suporta muitos formatos abertos.
- Seremos capazes consulte a tabela periódica.
- Nós poderemos construir modelos de moléculas 2D e 3D.
- Permite inserir, construir e modificar módulos predefinidos (DNA, RNA, fragmento, SMILES, peptídeo, polímero).
- Visualização de mapas de potencial eletrostático.
- Uso do análise de átomos em moléculas (Bader): QTAIM e WFN.
- Interações molécula-superfície.
- Nós poderemos manipular, medir e alinhar com ferramentas. Também podemos contar com ferramentas de seleção, rotação automática e otimização automática.
- A equipe Avogadro oferece a todos os usuários um conjunto de Tutoriales para que os desenvolvedores ajudem, compilem a partir da fonte e contribuam com suas extensões. Eles também publicam documentação de API clara.
Instale Avogadro no Ubuntu
Avogadro é disponível como um pacote flatpak para o sistema Ubuntu. Antes de instalar este programa, devemos ter essa tecnologia habilitada em nosso sistema. Se você ainda não o tem e usa o Ubuntu 20.04, pode continuar a guia que um colega escreveu neste blog há algum tempo.
Quando você já tiver essa tecnologia habilitada em seu sistema, poderá prosseguir com a instalação. Você só precisa abrir um terminal (Ctrl + Alt + T) e executar o seguinte comando nele para instale o Avogadro:
flatpak install flathub org.openchemistry.Avogadro2
Após a instalação, você pode execute o programa procurando o arremessador em nossa equipe. Você também pode abrir o editor molecular Avogadro usando o seguinte comando no terminal:
flatpak run org.openchemistry.Avogadro2
Desinstalar
Pára remova este programa, só precisaremos abrir um terminal (Ctrl + Alt + T) e executar o comando nele:
flatpak uninstall org.openchemistry.Avogadro2
Avogadro é um visualizador e editor avançado de moléculas, projetado para uso em plataforma cruzada em campos como química computacional, modelagem molecular, bioinformática, ciência de materiais e áreas relacionadas. O que mais oferece renderização de qualidade flexível com arquitetura de plugins poderosa.
Este software é um projeto open source, que pretende ser utilizado mundialmente sem restrições por todos os programadores, investigadores e alunos que o pretendam. Se pode obtenha mais informações sobre este programa em site do projeto ou de seu página no GitHub.