În articolul următor vom analiza Avogadro. Aceasta este o aplicație de editare moleculară gratuită, open source, pentru Gnu / Linux, Windows și MacOS. Este un program care poate fi folosit în chimie computationala, modelare moleculară, bioinformatică, știința materialelor și multe alte domenii.
Aplicația este utilizată în VTK pentru capabilități de analiză și vizualizare. De asemenea, acceptă reprezentarea volumului pentru datele punctelor sau liniile de flux pentru câmpurile vectoriale. Oferă o redare flexibilă, de înaltă calitate și o arhitectură puternică de plugin. Este despre un software simplu și ușor de utilizat, gata de utilizare de către studenți și cercetători. Avogadro este un software gratuit pe care îl puteți redistribui și / sau modifica sub termenii licenței publice generale GNU, publicată de Free Software Foundation, fie versiunea 2 a licenței, fie orice versiune ulterioară.
Spre deosebire de alte vizualizatoare moleculare 2D / 3D bazate pe web, Avogadro folosește direct OpenGL și oferă pachete de desktop native. Această aplicație utilizează un set de standarde care permit programelor de calculator să utilizeze funcții de redare hardware 2D / 3D (GPU). Avogadro acceptă calcule și prelucrări multi-thread out-of-the-box, are instrumente interactive, comenzi și scripturi Python personalizate.
Caracteristicile generale ale Avogadro
- Este a program multiplatform, deci îl putem folosi în Gnu / Linux, Windows și Mac OSX.
- Acesta este un program ușor oferind performanțe ridicate.
- În ciuda a tot ceea ce oferă, are unele cerințe minime de hardware.
- Programul este tradus în diferite limbi, așa cum sunt; Chineză, franceză, germană, italiană, rusă, spaniolă și altele.
- Interfața sa este clară și ușor de utilizat.
- Include un set mare de instrumente pentru măsurare, aliniere, vizualizare, manipulare și desen.
- De asemenea, ne va oferi extensii incluse în managerul de extensii.
- Ne va permite import din diverse aplicații.
- Suportă multe formate deschise.
- Vom fi capabili consultați tabelul periodic.
- Putem construiți modele de molecule 2D și 3D.
- Vă permite să inserați, să construiți și să modificați module prestabilite (ADN, ARN, Fragment, ZÂMBET, Peptidă, Polimer).
- Vizualizarea hărților de potențial electrostatic.
- Utilizarea lui analiza atomilor din molecule (Bader): QTAIM și WFN.
- Interacțiuni moleculă-suprafață.
- Putem manipulați, măsurați și aliniați cu instrumentele. Putem conta și pe instrumente de selecție, rotire automată și optimizare automată.
- Echipa de Avogadro oferă tuturor utilizatorilor un set de tutoriale pentru ca dezvoltatorii să vă ajute, să compileze din sursă și să vă contribuie cu extensiile. De asemenea, publică documentație API clară.
Instalați Avogadro pe Ubuntu
Avogadro este disponibil ca pachet flatpak pentru sistemul Ubuntu. Înainte de a instala acest program, trebuie să avem această tehnologie activată în sistemul nostru. Dacă încă nu îl aveți și utilizați Ubuntu 20.04, puteți continua Ghidul pe care un coleg l-a scris pe acest blog acum ceva timp.
Când aveți deja această tehnologie activată pe sistemul dvs., puteți continua instalarea. Trebuie doar să deschideți un terminal (Ctrl + Alt + T) și să rulați următoarea comandă în acesta instalați Avogadro:
flatpak install flathub org.openchemistry.Avogadro2
După instalare, puteți rulați programul căutând ulciorul din echipa noastră. De asemenea, puteți deschide editorul molecular Avogadro folosind următoarea comandă din terminal:
flatpak run org.openchemistry.Avogadro2
dezinstalare
la eliminați acest program, va trebui doar să deschidem un terminal (Ctrl + Alt + T) și să executăm comanda în acesta:
flatpak uninstall org.openchemistry.Avogadro2
Avogadro este un vizualizator și un editor de molecule avansat, care este conceput pentru utilizarea multiplataforme în domenii precum chimia computațională, modelarea moleculară, bioinformatica, știința materialelor și domeniile conexe. Mai mult oferă redare de calitate flexibilă cu arhitectură puternică de plugin.
Acest software este un proiect open source, care își propune să fie utilizat la nivel mondial fără restricții de către toți dezvoltatorii, cercetătorii și studenții care doresc acest lucru. Se poate obțineți mai multe informații despre acest program la site-ul proiectului sau de la dumneavoastră pagină pe GitHub.