I nästa artikel ska vi ta en titt på Avogadro. Detta är en gratis, öppen källkod, molekylär redigeringsapplikation för Gnu / Linux, Windows och MacOS. Det är ett program som kan användas i beräkningskemi, molekylär modellering, bioinformatik, materialvetenskap och många andra områden.
Applikationen används i VTK för analys- och visualiseringsfunktioner. Den stöder också volymrepresentation för punktdata eller flödeslinjer för vektorfält. Det erbjuder flexibel rendering av hög kvalitet och en kraftfull plugin-arkitektur. Är om en enkel och lättanvänd programvara, redo att användas av studenter och forskare. Avogadro är fri programvara som du kan distribuera och / eller ändra under villkoren i GNU General Public License, publicerad av Free Software Foundation, antingen version 2 av licensen eller någon senare version.
Till skillnad från andra webbaserade 2D / 3D-molekylära tittare, Avogadro använder OpenGL direkt och erbjuder inbyggda skrivbordspaket. Denna applikation använder en uppsättning standarder som tillåter datorprogram att använda 2D / 3D-hårdvaruåtergivningsfunktioner (GPU). Avogadro stöder out-of-the-box multi-threaded beräkning och bearbetning, har interaktiva verktyg, kommandon och anpassade Python-skript.
Allmänna egenskaper hos Avogadro
- Det är en multiplatform-program, så att vi kan använda den i Gnu / Linux, Windows och Mac OSX.
- Det är ett lätt program erbjuder hög prestanda.
- Trots allt det erbjuder har det en del minimikrav på hårdvara.
- Programmet är översatt till olika språk, som de är; Kinesiska, franska, tyska, italienska, ryska, spanska och några andra.
- Dess gränssnitt är tydligt och lätt att använda.
- Innehåller en stor uppsättning verktyg för mätning, inriktning, visualisering, manipulation och ritning.
- Det kommer också att erbjuda oss tillägg tillsammans med tilläggshanteraren.
- Tillåter oss importera från olika applikationer.
- Stöder många öppna format.
- Vi kommer att kunna se det periodiska systemet.
- Vi kan bygga 2D- och 3D-molekylmodeller.
- Låter dig infoga, bygga och modifiera fördesignade moduler (DNA, RNA, fragment, SMILES, peptid, polymer).
- Visualisering av elektrostatiska potentiella kartor.
- Användning av analys av atomer i molekyler (Bader): QTAIM och WFN.
- Molekyl-yta-interaktioner.
- Vi kan manipulera, mäta och anpassa med verktyg. Vi kan också lita på verktyg för att välja, rotera automatiskt och automatiskt optimera.
- Teamet av Avogadro erbjuder alla användare en uppsättning handledning så att utvecklare kan hjälpa, kompilera från källan och bidra med dina tillägg. De publicerar också tydlig API-dokumentation.
Installera Avogadro på Ubuntu
Avogadro är tillgänglig som en flatpak pack för Ubuntu-system. Innan vi installerar detta program måste vi ha denna teknik aktiverad i vårt system. Om du fortfarande inte har det och du använder Ubuntu 20.04 kan du fortsätta Guiden som en kollega skrev på den här bloggen för ett tag sedan.
När du redan har aktiverat den här tekniken på ditt system kan du fortsätta med installationen. Du behöver bara öppna en terminal (Ctrl + Alt + T) och köra följande kommando i den till installera Avogadro:
flatpak install flathub org.openchemistry.Avogadro2
Efter installationen kan du kör programmet letar efter kannan i vårt team. Du kan också öppna molekylredigeraren Avogadro med följande kommando i terminalen:
flatpak run org.openchemistry.Avogadro2
avinstallera
till ta bort detta program, vi behöver bara öppna en terminal (Ctrl + Alt + T) och utföra kommandot i den:
flatpak uninstall org.openchemistry.Avogadro2
Avogadro är en avancerad molekylvisare och redigerare, som är utformad för plattformsanvändning inom områden som beräkningskemi, molekylär modellering, bioinformatik, materialvetenskap och relaterade områden. Vad mer erbjuder flexibel kvalitetsåtergivning med kraftfull plugin-arkitektur.
Denna programvara är ett open source-projekt, som syftar till att användas över hela världen utan begränsningar av alla utvecklare, forskare och studenter som vill. Det kan få mer information om detta program på projektwebbplats eller från din sida på GitHub.