Bir sonraki makalede Avogadro'ya bir göz atacağız. Bu Gnu / Linux, Windows ve MacOS için ücretsiz, açık kaynaklı, moleküler düzenleme uygulaması. Kullanılabilecek bir programdır. hesaplamalı kimya, moleküler modelleme, biyoinformatik, malzeme bilimi ve diğer birçok alan.
Uygulama şurada kullanılır: VTK analiz ve görselleştirme yetenekleri için. Ayrıca, nokta verileri için hacim gösterimini veya vektör alanları için akış çizgilerini destekler. Esnek, yüksek kaliteli işleme ve güçlü bir eklenti mimarisi sunar. Hakkında öğrenciler ve araştırmacılar tarafından kullanılmaya hazır, basit ve kullanımı kolay bir yazılım. Avogadro, Lisansın sürüm 2'si veya daha sonraki herhangi bir sürümü olan Özgür Yazılım Vakfı tarafından yayınlanan GNU Genel Kamu Lisansı koşulları altında yeniden dağıtabileceğiniz ve / veya değiştirebileceğiniz ücretsiz bir yazılımdır.
Diğer web tabanlı 2D / 3D moleküler görüntüleyicilerden farklı olarak, Avogadro doğrudan OpenGL kullanır ve yerel masaüstü paketleri sunar. Bu uygulama, bilgisayar programlarının 2B / 3B donanım oluşturma işlevlerini (GPU). Avogadro, kullanıma hazır çok iş parçacıklı hesaplama ve işlemeyi destekler, etkileşimli araçlar, komutlar ve özel Python komut dosyalarına sahiptir.
Avogadro'nun genel özellikleri
- Öyle bir çoklu platform programı, böylece onu Gnu / Linux, Windows ve Mac OSX'te kullanabiliriz.
- It is hafif bir program yüksek performans sunar.
- Sunduğu her şeye rağmen, bazılarına sahiptir. minimum donanım gereksinimleri.
- Program farklı dillere çevrildioldukları gibi; Çince, Fransızca, Almanca, İtalyanca, Rusça, İspanyolca ve diğerleri.
- Arayüzü açık ve kullanımı kolaydır.
- Büyük bir set içerir ölçüm, hizalama, görselleştirme, manipülasyon ve çizim araçları.
- Bize de sunacak uzantı yöneticisi ile birlikte verilen uzantılar.
- Bize izin verecek çeşitli uygulamalardan içe aktar.
- Birçok açık formatı destekler.
- Yapabileceğiz periyodik tabloya bakın.
- Yapabiliriz 2D ve 3D molekül modelleri oluşturun.
- Önceden tasarlanmış modülleri eklemenize, oluşturmanıza ve değiştirmenize izin verir (DNA, RNA, Fragman, SMILES, Peptid, Polimer).
- Elektrostatik potansiyel haritalarının görselleştirilmesi.
- Kullanımı moleküllerdeki atomların analizi (Bader): QTAIM ve WFN.
- Molekül-yüzey etkileşimleri.
- Yapabiliriz araçları manipüle edin, ölçün ve hizalayın. Ayrıca güvenebiliriz seçme, otomatik döndürme ve otomatik optimize etme araçları.
- . Avogadro tüm kullanıcılara bir dizi öğreticiler böylece geliştiriciler yardımcı olabilir, kaynaktan derleyebilir ve uzantılarınıza katkıda bulunabilir. Ayrıca net API belgeleri yayınlarlar.
Avogadro'yu Ubuntu'ya yükleyin
Avogadro olarak mevcuttur flatpak paketi Ubuntu sistemi için. Bu programı kurmadan önce, bu teknolojiyi sistemimizde etkinleştirmeliyiz. Hala sahip değilseniz ve Ubuntu 20.04 kullanıyorsanız, devam edebilirsiniz. Rehber bir meslektaşın bu blogda bir süre önce yazdığı.
Bu teknolojiyi sisteminizde zaten etkinleştirdiyseniz, kuruluma devam edebilirsiniz. Sadece bir terminal açmanız (Ctrl + Alt + T) ve aşağıdaki komutu çalıştırmanız yeterlidir. Avogadro'yu yükle:
flatpak install flathub org.openchemistry.Avogadro2
Kurulumdan sonra şunları yapabilirsiniz: Programı çalıştır Ekibimizde sürahi arıyor. Avogadro moleküler düzenleyiciyi terminalde aşağıdaki komutu kullanarak da açabilirsiniz:
flatpak run org.openchemistry.Avogadro2
kaldırma
Daha bu programı kaldır, sadece bir terminal açmamız (Ctrl + Alt + T) ve içindeki komutu çalıştırmamız gerekecek:
flatpak uninstall org.openchemistry.Avogadro2
Avogadro, hesaplamalı kimya, moleküler modelleme, biyoinformatik, malzeme bilimi ve ilgili alanlar gibi alanlarda çapraz platform kullanımı için tasarlanmış gelişmiş bir molekül görüntüleyici ve düzenleyicidir. Daha ne güçlü bir eklenti mimarisiyle esnek kalitede işleme sunar.
Bu yazılım, isteyen tüm geliştiriciler, araştırmacılar ve öğrenciler tarafından dünya çapında kısıtlama olmaksızın kullanılmayı amaçlayan açık kaynaklı bir projedir. Yapabilir bu program hakkında daha fazla bilgi almak için proje web sitesi veya senden GitHub sayfası.