У наступній статті ми збираємось поглянути на Авогадро. Це є безкоштовний додаток для молекулярного редагування з відкритим кодом для Gnu / Linux, Windows та MacOS. Це програма, яку можна використовувати в обчислювальна хімія, молекулярне моделювання, біоінформатика, матеріалознавство та багато інших галузей.
Додаток використовується в ВТК для аналізу та візуалізації можливостей. Він також підтримує подання обсягу для точкових даних або потокових ліній для векторних полів. Він пропонує гнучкий, якісний візуалізацію та потужну архітектуру плагінів. Є про просте та зручне програмне забезпечення, готове до використання студентами та дослідниками. Avogadro - це безкоштовне програмне забезпечення, яке ви можете розповсюджувати та / або модифікувати на умовах Загальної публічної ліцензії GNU, опублікованої Фондом вільного програмного забезпечення, версії 2 Ліцензії або будь-якої пізнішої версії.
На відміну від інших веб-2D / 3D молекулярних переглядачів, Avogadro використовує OpenGL безпосередньо і пропонує рідні настільні пакети. Ця програма використовує набір стандартів, що дозволяють комп'ютерним програмам використовувати функції 2D / 3D апаратного відтворення (GPU). Avogadro підтримує нестандартні багатопотокові обчислення та обробку, має інтерактивні інструменти, команди та власні скрипти Python.
Загальна характеристика Авогадро
- це мультиплатформна програма, тому ми можемо використовувати його в Gnu / Linux, Windows та Mac OSX.
- Це легка програма пропонуючи високу продуктивність.
- Незважаючи на все, що він пропонує, у нього є дещо мінімальні вимоги до обладнання.
- Програма є перекладено на різні мови, як вони є; Китайська, французька, німецька, італійська, російська, іспанська та деякі інші.
- Його інтерфейс зрозумілий і простий у використанні.
- Включає великий набір інструменти для вимірювання, вирівнювання, візуалізації, маніпуляцій та малювання.
- Це також запропонує нам розширення в комплекті з менеджером розширень.
- Дозволить нам імпортувати з різних додатків.
- Підтримує багато відкритих форматів.
- Ми зможемо зверніться до періодичної таблиці.
- Ми можемо будувати 2D та 3D молекулярні моделі.
- Дозволяє вставляти, будувати та змінювати заздалегідь спроектовані модулі (ДНК, РНК, Фрагмент, УСМІШКИ, Пептид, Полімер).
- Візуалізація карт електростатичного потенціалу.
- Використання аналіз атомів у молекулах (Bader): QTAIM та WFN.
- Взаємодії молекула-поверхня.
- Ми можемо маніпулювати, вимірювати та вирівнювати за допомогою інструментів. Ми також можемо розраховувати інструменти вибору, автоматичного обертання та автоматичної оптимізації.
- команда Avogadro пропонує всім користувачам набір Tutoriales для розробників, щоб допомогти, скомпілювати з джерела та внести свої розширення. Вони також публікують чітку документацію щодо API.
Встановіть Avogadro на Ubuntu
Авогадро є доступний як пакет з плоским пакетом для системи Ubuntu. Перш ніж встановлювати цю програму, ми повинні ввімкнути цю технологію в нашій системі. Якщо у вас його все ще немає, і ви використовуєте Ubuntu 20.04, можете продовжити Керівництво що колега писав у цьому блозі деякий час тому.
Коли ця технологія вже увімкнена у вашій системі, ви можете продовжувати встановлення. Вам просто потрібно відкрити термінал (Ctrl + Alt + T) і виконати в ньому таку команду встановіть Avogadro:
flatpak install flathub org.openchemistry.Avogadro2
Після установки ви можете запустити програму шукає глечик у нашій команді. Ви також можете відкрити молекулярний редактор Avogadro, використовуючи таку команду в терміналі:
flatpak run org.openchemistry.Avogadro2
Видаліть
в видалити цю програму -, нам потрібно буде лише відкрити термінал (Ctrl + Alt + T) і виконати в ньому команду:
flatpak uninstall org.openchemistry.Avogadro2
Avogadro - просунутий переглядач молекул і редактор, який призначений для міжплатформеного використання в таких областях, як обчислювальна хімія, молекулярне моделювання, біоінформатика, матеріалознавство та суміжні галузі. Що ще пропонує гнучкий якісний візуалізацію з потужною архітектурою плагінів.
Це програмне забезпечення - проект з відкритим кодом, метою якого є використання у всьому світі без обмежень усіх розробників, дослідників та студентів, які цього хочуть. Це може отримати більше інформації про цю програму за адресою веб-сайт проекту або від вашого на GitHub.