在下一篇文章中,我们将介绍Avogadro。 这是 适用于Gnu / Linux,Windows和MacOS的免费,开源,分子编辑应用程序。 这是一个可以在 计算化学,分子建模,生物信息学,材料科学和许多其他领域。
该应用程序用于 VTK 用于分析和可视化功能。 它还支持点数据的体积表示或矢量场的流线。 它提供了灵活,高质量的渲染和强大的插件体系结构。 是关于 一个简单易用的软件,可供学生和研究人员使用。 Avogadro是免费软件,您可以根据自由软件基金会发布的GNU通用公共许可证的条款(许可证的版本2或更高版本)进行重新分发和/或修改。
与其他基于网络的2D / 3D分子查看器不同, Avogadro直接使用OpenGL 并提供本机桌面程序包。 此应用程序使用一组允许计算机程序使用2D / 3D硬件渲染功能的标准(GPU)。 Avogadro支持开箱即用的多线程计算和处理,具有交互式工具,命令和自定义Python脚本。
阿伏加德罗的一般特征
- 这是一个 多平台程序,因此我们可以在Gnu / Linux,Windows和Mac OSX中使用它。
- 是 一个轻量级的程序 提供高性能。
- 尽管提供了所有这些功能,但它还是有一些 最低硬件要求.
- 该程序是 翻译成不同的语言, 像他们那样; 中文,法文,德文,意大利文,俄文,西班牙文等.
- 界面清晰 且易于使用。
- 包括一大套 测量,对齐,可视化,操纵和绘图工具.
- 它还将为我们提供 与扩展程序管理器捆绑在一起的扩展程序.
- 会允许我们 从各种应用程序导入.
- 支持多种开放格式.
- 我们将能够 查阅元素周期表.
- 我们可以 建立2D和3D分子模型.
- 允许您插入,构建和修改预先设计的模块 (DNA,RNA,片段,微笑,肽,聚合物).
- 静电势图的可视化.
- 使用的 分子中原子的分析 (贝德):QTAIM和WFN。
- 分子-表面相互作用.
- 我们可以 使用工具进行操作,测量和调整。 我们也可以指望 选择,自动旋转和自动优化工具.
- 团队 Avogadro为所有用户提供了一套 教程 因此开发人员可以提供帮助,从源代码进行编译并贡献您的扩展。 他们还发布了清晰的API文档。
在Ubuntu上安装Avogadro
阿伏加德罗是 可作为 Flatpak包 适用于Ubuntu系统。 在安装此程序之前,我们必须在系统中启用此技术。 如果仍然没有使用Ubuntu 20.04,则可以继续 导游 一位同事不久前在此博客上写道。
在系统上已启用此技术后,可以继续进行安装。 您只需要打开一个终端(Ctrl + Alt + T)并在其中运行以下命令即可 安装Avogadro:
flatpak install flathub org.openchemistry.Avogadro2
安装完成后,您可以 运行程序 在我们的球队中寻找投手。 您也可以在终端中使用以下命令打开Avogadro分子编辑器:
flatpak run org.openchemistry.Avogadro2
卸载
至 删除该程序,我们只需要打开一个终端(Ctrl + Alt + T)并在其中执行命令:
flatpak uninstall org.openchemistry.Avogadro2
Avogadro是高级分子查看器和编辑器,旨在在计算化学,分子建模,生物信息学,材料科学和相关领域等领域用于跨平台使用。 更重要的是 通过强大的插件架构提供灵活的质量渲染.
该软件是一个开源项目,旨在在全球范围内不受所有需要的开发人员,研究人员和学生的限制而使用。 它可以 在以下位置获取有关此程序的更多信息 项目网站 或从您的 GitHub上的页面.