在下一篇文章中,我們將介紹Avogadro。 這是 適用於Gnu / Linux,Windows和MacOS的免費,開放源代碼,分子編輯應用程序。 這是一個可以在 計算化學,分子建模,生物信息學,材料科學和許多其他領域。
該應用程序用於 VTK 用於分析和可視化功能。 它還支持點數據的體積表示或矢量場的流線。 它提供了靈活,高質量的渲染和強大的插件體系結構。 是關於 一個簡單易用的軟件,可供學生和研究人員使用。 Avogadro是免費軟件,您可以根據自由軟件基金會發布的GNU通用公共許可證的條款(許可證的版本2或更高版本)進行重新分發和/或修改。
與其他基於網絡的2D / 3D分子查看器不同, Avogadro直接使用OpenGL 並提供本機桌面程序包。 此應用程序使用一組標準,這些標准允許計算機程序使用硬件2D / 3D渲染功能(GPU)。 Avogadro支持開箱即用的多線程計算和處理,具有交互式工具,命令和自定義Python腳本。
阿伏加德羅的一般特徵
- 這是一個 多平台程序,因此我們可以在Gnu / Linux,Windows和Mac OSX中使用它。
- 這是 一個輕量級的程序 提供高性能。
- 儘管提供了所有這些功能,但它還是有一些 最低硬件要求.
- 該程序是 翻譯成不同的語言, 像他們那樣; 中文,法文,德文,意大利文,俄文,西班牙文等.
- 界面清晰 且易於使用。
- 包括一大套 測量,對準,可視化,操縱和繪圖工具.
- 它還將為我們提供 與擴展程序管理器捆綁在一起的擴展程序.
- 將允許我們 從各種應用程序導入.
- 支持多種開放格式.
- 我們將能夠 查閱元素週期表.
- 我們可以 建立2D和3D分子模型.
- 允許您插入,構建和修改預先設計的模塊 (DNA,RNA,片段,微笑,肽,聚合物).
- 靜電勢圖的可視化.
- 用於 分子中原子的分析 (貝德):QTAIM和WFN。
- 分子-表面相互作用.
- 我們可以 操縱,測量和調整工具。 我們也可以指望 選擇,自動旋轉和自動優化工具.
- 團隊 Avogadro為所有用戶提供了一套 教程 因此開發人員可以提供幫助,從源代碼進行編譯並貢獻您的擴展。 他們還發布了清晰的API文檔。
在Ubuntu上安裝Avogadro
阿伏加德羅是 可作為 Flatpak包 適用於Ubuntu系統。 在安裝此程序之前,我們必須在系統中啟用此技術。 如果仍然沒有使用Ubuntu 20.04,則可以繼續 導遊 一位同事不久前在此博客上寫道。
在系統上已啟用此技術後,可以繼續進行安裝。 您只需要打開一個終端(Ctrl + Alt + T)並在其中運行以下命令即可 安裝Avogadro:
flatpak install flathub org.openchemistry.Avogadro2
安裝完成後,您可以 運行程序 在我們的球隊中尋找投手。 您也可以在終端中使用以下命令打開Avogadro分子編輯器:
flatpak run org.openchemistry.Avogadro2
卸載
至 刪除該程序,我們只需要打開一個終端(Ctrl + Alt + T)並在其中執行命令:
flatpak uninstall org.openchemistry.Avogadro2
Avogadro是高級分子查看器和編輯器,旨在在計算化學,分子建模,生物信息學,材料科學和相關領域等領域進行跨平台使用。 更重要的是 通過強大的插件架構提供靈活的質量渲染.
該軟件是一個開放源代碼項目,旨在在全球範圍內不受所有需要的開發人員,研究人員和學生的限製而使用。 它可以 在以下位置獲取有關此程序的更多信息 項目網站 或從您的 GitHub上的頁面.