Στο επόμενο άρθρο θα ρίξουμε μια ματιά στο Avogadro. Αυτό είναι μια δωρεάν εφαρμογή ανοιχτού κώδικα, μοριακής επεξεργασίας για Gnu / Linux, Windows και MacOS. Είναι ένα πρόγραμμα που μπορεί να χρησιμοποιηθεί υπολογιστική χημεία, μοριακή μοντελοποίηση, βιοπληροφορική, επιστήμη υλικών και πολλά άλλα πεδία.
Η εφαρμογή χρησιμοποιείται στο VTK για δυνατότητες ανάλυσης και οπτικοποίησης. Υποστηρίζει επίσης την αναπαράσταση όγκου για δεδομένα σημείων ή γραμμές ροής για διανυσματικά πεδία. Προσφέρει ευέλικτη απόδοση υψηλής ποιότητας και ισχυρή αρχιτεκτονική προσθηκών. Είναι περίπου ένα απλό και εύχρηστο λογισμικό, έτοιμο για χρήση από μαθητές και ερευνητές. Το Avogadro είναι δωρεάν λογισμικό που μπορείτε να αναδιανείμετε και / ή να τροποποιήσετε σύμφωνα με τους όρους της Γενικής Άδειας Χρήσης GNU, που δημοσιεύθηκε από το Ίδρυμα Ελεύθερου Λογισμικού, είτε την έκδοση 2 της Άδειας είτε οποιαδήποτε μεταγενέστερη έκδοση.
Σε αντίθεση με άλλους διαδικτυακούς μοριακούς θεατές 2D / 3D, Το Avogadro χρησιμοποιεί το OpenGL απευθείας και προσφέρει πακέτα εγγενών επιτραπέζιων υπολογιστών. Αυτή η εφαρμογή χρησιμοποιεί ένα σύνολο προτύπων που επιτρέπουν στα προγράμματα υπολογιστών να χρησιμοποιούν λειτουργίες απόδοσης υλικού 2D / 3D (GPU). Το Avogadro υποστηρίζει τον πολυ-σπειροειδές υπολογισμό και επεξεργασία εκτός του κουτιού, διαθέτει διαδραστικά εργαλεία, εντολές και προσαρμοσμένα σενάρια Python.
Γενικά χαρακτηριστικά του Avogadro
- Πρόκειται για ένα πρόγραμμα πολλαπλών μορφών, έτσι μπορούμε να το χρησιμοποιήσουμε σε Gnu / Linux, Windows και Mac OSX.
- Είναι ένα ελαφρύ πρόγραμμα προσφέροντας υψηλή απόδοση.
- Παρά όλα όσα προσφέρει, έχει μερικά ελάχιστες απαιτήσεις υλικού.
- Το πρόγραμμα είναι μεταφραστεί σε διαφορετικές γλώσσες, όπως είναι; Κινέζικα, γαλλικά, γερμανικά, ιταλικά, ρωσικά, ισπανικά και μερικά άλλα.
- Η διεπαφή του είναι καθαρή και εύκολο στη χρήση.
- Περιλαμβάνει ένα μεγάλο σετ εργαλεία μέτρησης, ευθυγράμμισης, οπτικοποίησης, χειρισμού και σχεδίασης.
- Θα μας προσφέρει επίσης επεκτάσεις σε συνδυασμό με τον διαχειριστή επεκτάσεων.
- Θα μας επιτρέψει εισαγωγή από διάφορες εφαρμογές.
- Υποστηρίζει πολλές ανοιχτές μορφές.
- Θα είμαστε σε θέση συμβουλευτείτε τον περιοδικό πίνακα.
- Μπορούμε δημιουργήστε μοντέλα μορίων 2D και 3D.
- Σας επιτρέπει να εισαγάγετε, να δημιουργήσετε και να τροποποιήσετε προκαθορισμένες λειτουργικές μονάδες (DNA, RNA, Fragment, SMILES, Peptide, Polymer).
- Οπτικοποίηση ηλεκτροστατικών δυνατών χαρτών.
- Χρήση του ανάλυση ατόμων σε μόρια (Bader): QTAIM και WFN.
- Αλληλεπιδράσεις μορίων-επιφανειών.
- Μπορούμε χειριστείτε, μετρήστε και ευθυγραμμίστε με τα εργαλεία. Μπορούμε επίσης να βασιστούμε εργαλεία επιλογής, αυτόματης περιστροφής και αυτόματης βελτιστοποίησης.
- Η ομάδα Το Avogadro προσφέρει σε όλους τους χρήστες ένα σύνολο tutorials έτσι οι προγραμματιστές μπορούν να βοηθήσουν, να συντάξουν από την πηγή και να συνεισφέρουν τις επεκτάσεις σας. Δημοσιεύουν επίσης σαφή τεκμηρίωση API.
Εγκαταστήστε το Avogadro στο Ubuntu
Το Avogadro είναι διαθέσιμο ως πακέτο flatpak για το σύστημα Ubuntu. Πριν από την εγκατάσταση αυτού του προγράμματος, πρέπει να έχουμε ενεργοποιήσει αυτήν την τεχνολογία στο σύστημά μας. Εάν εξακολουθείτε να μην το έχετε και χρησιμοποιείτε το Ubuntu 20.04, μπορείτε να συνεχίσετε Ο οδηγός που ένας συνάδελφος έγραψε σε αυτό το blog πριν από λίγο.
Όταν έχετε ήδη ενεργοποιήσει αυτήν την τεχνολογία στο σύστημά σας, μπορείτε να προχωρήσετε στην εγκατάσταση. Απλώς πρέπει να ανοίξετε ένα τερματικό (Ctrl + Alt + T) και να εκτελέσετε την ακόλουθη εντολή σε αυτό εγκαταστήστε το Avogadro:
flatpak install flathub org.openchemistry.Avogadro2
Μετά την εγκατάσταση, μπορείτε εκτελέστε το πρόγραμμα ψάχνοντας για την στάμνα στην ομάδα μας. Μπορείτε επίσης να ανοίξετε το μοριακό πρόγραμμα επεξεργασίας Avogadro χρησιμοποιώντας την ακόλουθη εντολή στο τερματικό:
flatpak run org.openchemistry.Avogadro2
Καταργήστε την εγκατάσταση
να αφαιρέστε αυτό το πρόγραμμα, θα χρειαστεί να ανοίξουμε μόνο ένα τερματικό (Ctrl + Alt + T) και να εκτελέσουμε την εντολή σε αυτό:
flatpak uninstall org.openchemistry.Avogadro2
Το Avogadro είναι ένα προηγμένο πρόγραμμα προβολής και επεξεργαστής μορίων, το οποίο έχει σχεδιαστεί για χρήση σε πολλαπλές πλατφόρμες σε τομείς όπως η υπολογιστική χημεία, η μοριακή μοντελοποίηση, η βιοπληροφορική, η επιστήμη υλικών και συναφείς τομείς. Επί πλέον προσφέρει ευέλικτη απόδοση απόδοσης με ισχυρή αρχιτεκτονική plugin.
Αυτό το λογισμικό είναι ένα έργο ανοιχτού κώδικα, το οποίο στοχεύει να χρησιμοποιηθεί παγκοσμίως χωρίς περιορισμούς από όλους τους προγραμματιστές, ερευνητές και μαθητές που το θέλουν. Μπορεί λάβετε περισσότερες πληροφορίες σχετικά με αυτό το πρόγραμμα στη διεύθυνση ιστοσελίδα του έργου ή από το δικό σας σελίδα στο GitHub.