ในบทความต่อไปเราจะมาดู Avogadro นี่คือ แอปพลิเคชั่นแก้ไขโมเลกุลโอเพนซอร์สฟรีสำหรับ Gnu / Linux, Windows และ MacOS. มันเป็นโปรแกรมที่สามารถใช้ใน เคมีคำนวณ, การสร้างแบบจำลองโมเลกุล, ชีวสารสนเทศศาสตร์, วัสดุศาสตร์และสาขาอื่น ๆ อีกมากมาย
แอปพลิเคชันนี้ใช้ใน วีทีเค สำหรับความสามารถในการวิเคราะห์และการแสดงภาพ นอกจากนี้ยังสนับสนุนการแสดงปริมาณสำหรับข้อมูลจุดหรือเส้นโฟลว์สำหรับฟิลด์เวกเตอร์ นำเสนอการแสดงผลคุณภาพสูงที่ยืดหยุ่นและสถาปัตยกรรมปลั๊กอินที่ทรงพลัง เกี่ยวกับ ซอฟต์แวร์ที่เรียบง่ายและใช้งานง่ายพร้อมให้นักศึกษาและนักวิจัยใช้งาน. Avogadro เป็นซอฟต์แวร์ฟรีที่คุณสามารถแจกจ่ายและ / หรือแก้ไขได้ภายใต้เงื่อนไขของ GNU General Public License ซึ่งเผยแพร่โดย Free Software Foundation ทั้งเวอร์ชัน 2 ของสิทธิ์การใช้งานหรือเวอร์ชันที่ใหม่กว่า
ซึ่งแตกต่างจากผู้ชมโมเลกุล 2D / 3D บนเว็บอื่น ๆ Avogadro ใช้ OpenGL โดยตรง และนำเสนอแพ็คเกจเดสก์ท็อปดั้งเดิม แอปพลิเคชันนี้ใช้ชุดมาตรฐานที่อนุญาตให้โปรแกรมคอมพิวเตอร์ใช้ฟังก์ชันการแสดงผลฮาร์ดแวร์ 2D / 3D (GPU). Avogadro รองรับการคำนวณและการประมวลผลแบบมัลติเธรดนอกกรอบมีเครื่องมือโต้ตอบคำสั่งและสคริปต์ Python ที่กำหนดเอง
ลักษณะทั่วไปของ Avogadro
- มันเป็น โปรแกรมหลายแพลตฟอร์มดังนั้นเราจึงสามารถใช้งานได้ใน Gnu / Linux, Windows และ Mac OSX
- มันเป็น โปรแกรมแสง นำเสนอประสิทธิภาพสูง
- แม้จะมีทั้งหมดที่มีให้ แต่ก็มีอยู่บ้าง ข้อกำหนดฮาร์ดแวร์ขั้นต่ำ.
- โปรแกรมคือ แปลเป็นภาษาต่างๆ, ที่พวกเขาเป็น; จีนฝรั่งเศสเยอรมันอิตาลีรัสเซียสเปนและอื่น ๆ.
- อินเทอร์เฟซชัดเจน และใช้งานง่าย
- รวมชุด เครื่องมือสำหรับการวัดการจัดตำแหน่งการสร้างภาพการจัดการและการวาดภาพ.
- นอกจากนี้ยังจะให้เรา ส่วนขยายที่มาพร้อมกับตัวจัดการส่วนขยาย.
- จะช่วยให้เรา นำเข้าจากแอพพลิเคชั่นต่างๆ.
- รองรับรูปแบบเปิดมากมาย.
- เราจะสามารถ ปรึกษาตารางธาตุ.
- เราทำได้ สร้างแบบจำลองโมเลกุล 2D และ 3D.
- ช่วยให้คุณสามารถแทรกสร้างและแก้ไขโมดูลที่ออกแบบไว้ล่วงหน้า (DNA, RNA, Fragment, SMILES, Peptide, Polymer).
- การแสดงแผนที่ศักย์ไฟฟ้าสถิต.
- การใช้ การวิเคราะห์อะตอมในโมเลกุล (Bader): QTAIM และ WFN
- ปฏิสัมพันธ์ระหว่างโมเลกุลกับพื้นผิว.
- เราทำได้ จัดการวัดและจัดแนวกับเครื่องมือ. นอกจากนี้เรายังสามารถวางใจได้ เครื่องมือเลือกหมุนอัตโนมัติและปรับแต่งอัตโนมัติ.
- ทีมงาน Avogadro เสนอชุดไฟล์ บทเรียน เพื่อให้นักพัฒนาสามารถช่วยรวบรวมจากแหล่งที่มาและสนับสนุนส่วนขยายของคุณ นอกจากนี้ยังเผยแพร่เอกสาร API ที่ชัดเจน
ติดตั้ง Avogadro บน Ubuntu
Avogadro คือ มีให้ในรูปแบบ แพ็ค flatpak สำหรับระบบ Ubuntu ก่อนที่จะติดตั้งโปรแกรมนี้เราต้องเปิดใช้งานเทคโนโลยีนี้ในระบบของเรา หากคุณยังไม่มีและคุณใช้ Ubuntu 20.04 คุณสามารถดำเนินการต่อได้ คู่มือ ที่เพื่อนร่วมงานเขียนไว้ในบล็อกนี้เมื่อสักครู่
เมื่อคุณเปิดใช้งานเทคโนโลยีนี้ในระบบของคุณแล้วคุณสามารถดำเนินการติดตั้งได้ คุณเพียงแค่ต้องเปิดเทอร์มินัล (Ctrl + Alt + T) และเรียกใช้คำสั่งต่อไปนี้เพื่อ ติดตั้ง Avogadro:
flatpak install flathub org.openchemistry.Avogadro2
หลังจากการติดตั้งคุณสามารถทำได้ เรียกใช้โปรแกรม กำลังมองหาเหยือกในทีมของเรา คุณยังสามารถเปิดตัวแก้ไขโมเลกุล Avogadro โดยใช้คำสั่งต่อไปนี้ในเทอร์มินัล:
flatpak run org.openchemistry.Avogadro2
ถอนการติดตั้ง
ไปยัง ลบโปรแกรมนี้เราจะต้องเปิดเทอร์มินัลเท่านั้น (Ctrl + Alt + T) และดำเนินการคำสั่งในนั้น:
flatpak uninstall org.openchemistry.Avogadro2
Avogadro เป็นโปรแกรมดูและแก้ไขโมเลกุลขั้นสูงซึ่งออกแบบมาสำหรับการใช้งานข้ามแพลตฟอร์มในสาขาต่างๆเช่นเคมีเชิงคำนวณการสร้างแบบจำลองโมเลกุลชีวสารสนเทศศาสตร์วัสดุศาสตร์และสาขาที่เกี่ยวข้อง มีอะไรอีก นำเสนอการแสดงผลคุณภาพที่ยืดหยุ่นพร้อมสถาปัตยกรรมปลั๊กอินที่มีประสิทธิภาพ.
ซอฟต์แวร์นี้เป็นโครงการโอเพ่นซอร์สซึ่งมีจุดมุ่งหมายเพื่อให้ใช้งานได้ทั่วโลกโดยไม่มีข้อ จำกัด สำหรับนักพัฒนานักวิจัยและนักศึกษาทุกคนที่ต้องการ มันสามารถ รับข้อมูลเพิ่มเติมเกี่ยวกับโปรแกรมนี้ได้ที่ เว็บไซต์โครงการ หรือจากไฟล์ หน้าบน GitHub.